兼性厌氧菌是一类既可以进行有氧呼吸，也能够进行无氧呼吸或发酵的微生物。在 氧气 充足时，它们会通过有氧呼吸来产生 ATP （三磷酸腺 ），但当氧气缺乏时，它们的呼吸方式就会变为无氧呼吸。常见的兼性厌氧菌包括 葡萄球菌 属、 链球菌 属、 大肠杆菌 、 斯特菌 奥奈达湖 希瓦氏菌 、 弧菌属 等。一些 真核生物 ，比如像酵母菌这样的真菌亦属兼性厌氧菌之列。
特性
兼性厌氧菌不论在有氧或无氧环境中都能生长，但以有氧时生长较好，无氧时仅维持生存。在有氧的环境下，它们进行有氧呼吸并大量繁殖，而在无氧的环境下，它们进行无氧呼吸但一般不繁殖。因此，若要提高兼性厌氧菌的生长量，应通入适量的 氧气 。
病原性
对人和动物致病的大多数 病原菌 属于兼性厌氧菌，许多肠道细菌，如 大肠杆菌 等也属此类。这些菌种在有氧环境中进行有氧呼吸，在缺氧条件下发酵 葡萄糖 生成 乙醇 和 二氧化碳 ，因此在人体内部的各种环境中都能生存和繁殖。