北魏 时期，南兖州 经历了多次行政变更。最初于正始四年（507年）侨置于 涡阳县 ，随后在 正光 年间迁至 小黄县 。
历史沿革
北魏时期
北魏正始四年（507 年），南兖州被设立在涡阳（现位于安徽省 蒙城县 东北部）。到了正光年间（520-525年），其治所迁移至小黄（现今的 亳州市 ）。这一时期，南兖州的行政区划发生了变化。
侯景之乱后
侯景之乱结束后，南兖州先后归附于 东魏 和 北齐 。其中，在武定八年五月份时，南兖州正式并入了北齐的版图。
北周时期
北周建德七年二月，为了加强对南兖州地区的管理，设立了南兖州 总管府 ，同时将州和总管府的治所都设在小黄。然而，到了北周 大象 元年（579年），由于南兖州地理位置靠近古代的“南亳”，因此为了纪念这一历史渊源，南兖州被更名为亳州。