曲阜师范学院于1956年12月成立孔子研究会，1979年1月24日成立孔子研究室，1983年2月8日经 山东省教育厅 批准，扩充为孔子研究所，属系一级建制。
性质
孔子 研究所是 曲阜师范大学 的一个科学研究机构，也是目前全国专门研究孔子的学术单位。研究方向是：在 马克思列宁主义 、 毛泽东思想 指导下，分析研究孔子、 儒家 的思想遗产，探讨建设具有中国特色的 社会主义 和孔子学说的关系，批判地继承、发展其积极因素，为社会主义物质文明和精神文明建设服务，同时，也为促进国内外孔子研究学术活动的发展做出贡献。具体目标是把孔子研究所建设成为孔子研究中心、孔子研究的资料中心、孔子研究人员培训中心。
研究内容
曲阜师范大学 孔子 研究所承担的研究课题主要有：①孔子思想、孔子弟子思想，儒学发展史、孔子研究史、鲁国史等专题研究；②《阙里丛书》等古籍的整理、校点、注释工作；③搜集、整理、编辑孔子研究资料和信息；④编辑《 齐鲁学刊 》“孔孟学研究”专栏。自1980年到1992年，该所先后发起召开过6次省和全国性的孔子学术讨论会，每次参加会议的专家学者都在百人以上。从1983年起，孔子研究所在校刊《齐鲁学刊》开辟“孔孟学研究”专栏，至1992年底共刊出55期，发表论文232篇。从1979年到1990年底，该所研究人员共发表学术论文411篇，出版专著44部。其中11篇获省级优秀论文奖，4部获省级优秀著作奖。
孔子研究所先后接待了 新加坡 、 日本 、 法国 、 荷兰 、 挪威 、 瑞典 、 苏联 、 美国 、 加拿大 、 德国 、 韩国 、 新西兰 、 黎巴嫩 、 澳大利亚 、 西班牙 、 阿根廷 、 香港特别行政区 等几十个国家和地区的专家学者，并多次为外国留学生和修学团讲课。
师资力量
该所现有专职研究工作人员17人，其中教授2人，副教授4人，讲师7人，助教4人。还有兼职研究人员18人，其中教授3人，副教授5人，讲师4人，助教6人。所内设“孔子思想”、“儒学发展史”、“ 鲁国 文化”、“文献情报”4个研究室。收藏专业图书2万余册，其中线装古籍2000余册，藏有《 四库全书 》、《四部丛刊》、《 丛书集成初编 》、《 四部备要 》等大型丛书。订有报刊杂志180余种，与之建立交流关系的单位150余家。拥有的图书资料基本能够满足研究工作的需要。