1955年的“孙立人叛乱案”，当年台“监察院”成立5人调查小组，其调查报告在尘封56年之后，展出原件。“监察院副秘书长”许海泉受访指出，这是该调查报告原件第一次展出，既显出监察独立作为，也向历史负责。
原因
据 台湾 报纸称，孙被革职法办的主要原因是，孙兼任“台湾防卫总司令”及“陆军总司令”，其兵权仅次于 陈诚 ，成为 蒋经国 插手军队控制军权的一大障碍，加之孙被视为 蒋军 中的“亲美派将领”，与美关系密切，蒋担心他拥兵自重，在美国指使下另有图谋，对蒋氏父子统治不利，因而急欲去之。
功高震主
抗战军兴， 孙立人 参与 淞沪会战 ，在 吴淞江 一线的阻击战中身先士卒，为炮弹所伤，身受13处重伤， 昏迷 3天。后率部加入 中国远征军 入缅作战。 仁安羌 一役，他以一团兵力力战数倍日军，歼敌一个大队，解7000英军之围，获英王乔治6世授予“帝国司令” 勋章 ，为获得此勋章的外籍将领第一人。两次中缅印战役，孙立人和他的新一军战绩彪炳，歼灭日军3万3千人，成为率军级单位歼灭日军最多的中国将领，自此声名鹊起，被欧美军事家称作“ 东方隆美尔 ”。
1947年调 台湾 任编练司令，负责新兵训练。1949年7月，被任命为 东南军政长官公署 副长官兼台湾防卫司令。1950年3月，升任为“陆军总司令兼保安总司令”。1951年晋升为陆军二级 上将 。
孙立人 仕途虽然比较顺利，因他为英美派人物，但他也饱受嫉妒倾轧之苦，他非 黄埔 嫡系，与“参谋总长” 周至柔 、“海军总司令”桂永清、“空军总司令” 王叔铭 矛盾重重，更得不到蒋家父子的信任。他崇尚西方军事思想，抵制 中国国民党 的治军方法，反对 蒋经国 在军中建立“政工制度”，反对加强特务统治；对 蒋介石 “对攻大陆”的说法也不以为然，主张“先将 台湾 搞好再说”。这些导致他与蒋氏父子的矛盾加大。
蒋介石退台之初启用 孙立人 ，其实是利用他的影响寻求美援。后形势缓和后，孙的作用明显减弱，而他坐镇“陆军总司令部”，对蒋经国势力扩张妨碍甚大。因此，蒋介石打算在 孙立人 两任期满时的1954年将其免职。孙立人察觉后，想建立自己的势力圈，但效果不明显。1954年6月，孙立人被免去“陆军总司令”之职，调任有职无权的“台湾当局领导人办公室参军长”。1955年6月， 台湾 盛传 孙立人 的老部下郭廷亮、江云锦等预谋在 蒋介石 阅兵时发动“兵谏”。 中国国民党 特务系统立即行动，逮捕了郭廷亮等103名官兵，孙立人也被侦讯。8月3日，孙立人向蒋介石签署“ 辞职书 ”。8月21日，蒋介石下令免除孙立人“参军长”职务，并组织人调查“兵谏”案。两个月后，“调查委员会”做出结论，指责孙的部下郭廷亮“为 中共 工作”，利用孙的关系在军中联络军官，准备发动“兵谏”，孙未及时“举报”，亦未“采适当防范之措施”，“应负责任”。
蒋介石最后以“纵容部属武装叛国、窝藏匪谍密谋犯上”的罪名，将 孙立人 送往 台中市 软禁。这就是“孙立人事件”，亦称“孙立人兵变”，直到1988年5月，孙立人才被解除软禁。
性格孙立人长期接受美式教育，而且个性孤高自傲，一贯不耻官场的相互倾轧、阿谀逢迎，对于 蒋经国 的政工系统就更为厌恶。而且作为一个职业军人，孙并没有太多的政治权谋，不善协调各方关系，胸无城府，这也使他与蒋经国及黄埔系将领关系日渐紧张。 江南 （ 刘宜良 ）在《 蒋经国传 》中提到：“孙是个非常优秀的带兵官，但是位很坏的领袖。讲 人际关系 ，他和他的同僚几乎没有人可以合得来。任陆军总司令期间，每周军事汇报，从来未准时出席，其理由非常可笑：他不愿向 周至柔 总长敬礼，迟到即可避免，因为‘总统’已经在场。”甚至连 蒋经国 向他拜年，他都不见。