胡安娜三世（1528年11月16日－1572年6月9日），是1555年至1572年期间纳瓦拉王国的女王。她与旺多姆公爵 安托万·德·波旁 结婚，并生下了波旁的亨利——未来的 纳瓦拉王国 国王亨利三世与首位波旁王朝法国国王 亨利四世 。胡安娜三世是法国胡格诺运动的精神和政治领袖，也是 法国宗教战争 的关键人物。
婚姻
神圣罗马 皇帝 查理五世 曾提议让胡安娜和他的继承人腓力（后来的 腓力二世 ）结婚，以巩固自己在纳瓦拉的统治。
1541年在舅舅法兰西国王 弗朗索瓦一世 的政治考量下，她被安排同于利希-克里维斯-贝格公爵威廉五世结婚，他是 亨利八世 前妻 克里维斯的安妮 的弟弟；但是胡安娜坚持反对这场婚姻，甚至在结婚典礼时被 安内 强制抬进去参加仪式。在结婚前，她指示两位她的臣子签署两份文件，表明这场婚姻违背她的意愿，并且将来也不会让步。四年后，威廉和皇帝达成和议，废止和法兰西的同盟并得到海尔德公国，同时以胡安娜被强迫结婚为由宣布和她的婚姻无效。
弗朗索瓦一世在1547年过世。1548年，胡安娜再嫁给旺多姆公爵 安托万·德·波旁 。1555年她继承了父亲的 纳瓦拉王国 王位。
宗教战争
当1559年 法国 与 西班牙 的和平条约签订后，大量操 法语 的加尔文宗传教士，从 日内瓦 来到法国传教，迅速产生了一大批被称为“胡格诺派”的法国新教徒。胡安娜保护她辖下的胡格诺臣民，1560年自己也皈依了新教，并感化其丈夫安托万一同成为胡格诺。安托万很快被视为新教徒的领导人之一（实际发挥领导功效的是安托万之弟──刚强的孔代亲王 路易一世·德·波旁 ）。
但是，个性摇摆且爱慕虚荣的安托万不久被王室及 天主教 狂热派领袖 吉斯家族 收买，转而反对自己的家庭和胡格诺派（胡安娜被迫逃离丈夫），结果在1562年的鲁昂围攻时中流弹死亡。胡安娜成为寡妇之后，立刻下令在王国内驱逐天主教神父、禁止在贝阿恩举行天主教仪式。面对 教皇 的威胁，她毫不妥协，并挫败了好几次阴谋与叛乱，譬如教皇曾计画将胡安娜绑架到并转送到 西班牙 的 宗教裁判所 囚禁；之后又宣布没收她的领地财产、主张 纳瓦拉王国 可被任何人侵略并统治，以消灭“异端”的胡安娜（幸好以上宣布受到法王 查理九世 及王太后 凯瑟琳·德·梅第奇 的抵制而无效）。1567年她颁布一项法令，在纳瓦拉王国确立了加尔文宗信仰。
1568年，她决心联合拉罗歇尔的新教徒并带著家人前往拉罗歇尔避难，成功将拉罗歇尔打造为新教徒的大本营，而自己则为其中的灵魂人物。她同时将一支由加斯科涅人和贝阿恩人组成的四千军队派往夏朗顿，并将自己年仅14岁的儿子亨利派往前线，作为小叔孔代亲王 路易一世·德·波旁 的助手；在部队临行前，她亲手替儿子整理戎装。1569年孔代战死后，亨利与孔代之子被确认为新教军的合法领袖。
1570年给予胡格诺重大优待的圣日耳曼和约签订后，她应王太后 凯瑟琳·德·梅第奇 的邀请前往宫廷谈判，为的是她儿子亨利将与国王 查理九世 的妹妹 玛格丽特公主 结婚，以此政治婚姻作为和约的条件之一。1572年2月到达 巴黎 之后，胡安娜病倒了，6月9日去世，享年45岁。