1567年1月1日， 西班牙 国王 腓力二世 发布了一道敕令：不准使用 阿拉伯语 ，禁止戴面纱，禁止公共浴场 。同时，他下令拆除了有宗教和历史意义的阿尔布拉罕浴场。这导致整个阿普加拉斯地区的摩里斯科人全部武装起来。他们拥戴科尔多瓦哈里发的后裔，赫尔南多-德-巴洛尔为国王，领导摩里斯科战争 。战争持续到1569年11月19日，摩里斯科人战败。菲利普二世下令将低地的摩里斯科人全部驱逐 。
科尔多瓦条约
在谈16世纪 伊比利亚半岛 上的 摩尔人 问题之前，必须要提到15世纪的《科尔多瓦条约》。
阿拉伯人 曾在 中世纪 统治 西班牙 达8个世纪之久。阿拉伯人入侵西班牙初期，由于其主体是游牧部落和农夫， 伊斯兰教 并没有得到广泛传播。随着阿拉伯人的不断征服，像 叙利亚 ， 埃及 等文明程度更高的地区的学者来到西班牙，带来了伊斯兰文化。当阿拉伯人占领西班牙的时候，伊斯兰教已经成为了西班牙社会各阶层的凝聚剂，当地发展出了高度繁荣的伊斯兰文明。
可随着阿拉伯人内部的争权夺利和外部环境的恶化，他们在半岛上的势力日渐式微。此消彼长，而与之相对的 基督教 王国却开始了史无前例扩张和反攻，收复了大片失地。进入15世纪下半叶，穆斯林势力仅存在于半岛南部的一隅之地—— 格拉纳达王国 ，基督徒们夺回了半岛的绝大部分地区。当时统治 西班牙 的基督教国王是 伊莎贝拉一世 （ 伊莎贝拉一世 ）和费尔南多（ 斐迪南二世 ），他们一心要把异教徒彻底赶下海，屡次征伐格拉纳达王国。
1489年，山穷水尽的穆斯林同西班牙政府签订了《 科尔多瓦 条约》。1491年， 格拉纳达 城向西班牙双王投降，至此 伊比利亚半岛 的 收复失地运动 正式宣告结束。《科尔多瓦条约》规定：西班牙王国保证臣民的信仰自由，保留臣民自己的生活习惯； 摩尔人 （西班牙人对穆斯林的蔑称）犯罪，应根据伊斯兰教法处罚。
《科尔多瓦条约》的签订是为了处理 收复失地运动 后 西班牙 内部的宗教问题，事实上不少西班牙人本身也是为了生存而改信 基督教 的。此条约较为宽容的态度加上当时埃尔南多·塔拉韦拉大主教用 阿拉伯语 翻译圣经，通过在 阿拉伯人 中散发来转化当地 伊斯兰教 教徒的办法，曾一度取得了不错的效果。
然而到了1499年，随着 托莱多古城 大主教西斯内罗斯来到 格林纳达 ，情况发生了改变。他主张用强硬措施处理宗教问题，并且也得到了西班牙政府的认可和支持。于是西班牙政府便开始无视《 科尔多瓦 条约》，用暴力手段强制放下武器的 摩尔人 改信 基督教 ，居住在 格拉纳达 城的5万名穆斯林大部分被迫改宗。到了1502年， 西班牙 政府又颁布法律，要求 卡斯蒂利亚 地区的摩尔人要么改信 天主教 要么离开西班牙，大部分摩尔人选择了前者。其实受到西班牙政府宗教压迫的不止有摩尔人，其他宗教也未能幸免，例如坚持自己信仰的犹太人也被一并驱逐出境。
这并不是西班牙政府最后一次践踏《科尔多瓦条约》，在今后的大半个世纪里他们又多次违反条约。西班牙政府对穆斯林的压迫把穆斯林逼向了绝路，使普通穆斯林逐渐沦为海盗和暴徒，直至后来50万穆斯林被驱逐出境，西班牙政府才停止了对他们的压迫。
《阿拉贡净化宣言》和海盗泛滥
16世纪20年代 西班牙 阿拉贡王国 地区的一次叛乱中， 巴伦西亚 的摩里斯科人对西班牙政府和国王较为忠诚，许多 摩尔人 还参加西班牙王国对新大陆的征服。但西班牙政府为了讨好 教皇 以获得 罗马教廷 的支持，西班牙国王 查理五世 颁布了一条名为《 阿拉贡 净化宣言》的敕令。根据这道敕令，阿拉贡地区的所有穆斯林要么改宗 天主教 要么将被驱逐出西班牙。
为了国内的宗教统一和稳定，不能说西班牙政府这一举措有问题，但显得过于急切而粗暴。
北非海盗迅速对处于困境的阿拉贡穆斯林伸出援手。在著名的海盗领袖 巴巴罗萨·海雷丁 的帮助下，大批 西班牙 穆斯林乘坐 美商海盗船 逃到了 马格里布 。
不少满怀对西班牙政府仇恨的西班牙穆斯林加入了北非海盗的行列，或对海盗建议可供发动报复性攻击的合适目标。那些原住民对西班牙海岸线了如指掌，他们和 北非 海盗的合作使西班牙蒙受了巨额经济损失和人口损失。
西班牙政府开始尝到了自己种下的恶果。
战争
即便 摩尔人 放弃了 伊斯兰教 ，西班牙政府依旧没有停止对他们的迫害。1567年，由于 荷兰 新教徒爆发的叛乱， 西班牙 国内的宗教狂热气氛变得更加热烈。摩里斯科人，也就是被 西班牙 政府强迫改信 天主教 的西班牙穆斯林，对西班牙政府来说仍然是一个未解决的问题。
西班牙政府非常担心摩里斯科人仍在秘密信仰伊斯兰教，他们是 奥斯曼帝国 在西班牙王国内部安插的第五纵队。西班牙政府对自己国内的臣民越来越警惕，年复一年出台各类严厉法令考验摩里斯科人的宗教忠诚。
1567年1月1日， 西班牙 国王 腓力二世 发布了一道敕令，旨在彻底消灭 伊斯兰教 在西班牙留下的最后文化痕迹：不准使用 阿拉伯语 ，禁止面纱和公共浴场。对一直遭受猜忌和刺激，又负担重税的摩里斯科人来说，这是压垮他们的最后一根稻草。
摩里斯科人被不宽容和顽固不化的西班牙政府逼入绝境。1567年圣诞夜，阿尔普哈拉的摩里斯科山民登上了 格林纳达 的 阿尔汗布拉宫 的宫墙，以安拉的名义号召起义。
一时之间， 西班牙 南部到处有摩里斯科人揭竿而起，参与叛乱的摩里斯科人多达10余万。这是一场肮脏丑陋的战争，被文化和信仰的鸿沟阻隔的双方不共戴天，长期受压迫，心怀不满的摩里斯科人和抱着极大恐惧的基督徒都使出了残酷的招数。
勇敢的穆斯林起义军在西班牙南部屡次重创前来讨伐的政府军，大量西班牙平民基督徒被摩里斯科人俘获并卖往 阿尔及利亚 ，以换来枪支弹药。 奥斯曼帝国 也派遣了几千名穆斯林海盗和 近卫军 进入 西班牙 ，帮助摩里斯科人作战。 西班牙 政府军十分不适应西班牙南部山区，整队整队的官兵在阿尔普哈拉的崇山峻岭被穆斯林困饿至死，他们屡战屡败士气日渐低落。
鉴于国内的穆斯林起义军日益强大的局势，西班牙国王 腓力二世 从 尼德兰 和 意大利 调回了精锐部队，任命了他的私生子弟弟 唐·胡安 作 讨逆军 的总司令，同时授予 西班牙军队 从摩里斯科人那里获取战利品的许可。唐·胡安没有进入山区和穆斯林作战，他的战术是通过封锁和劫掠迫使摩里斯科人投降。
唐胡安 一边让 西班牙 官军在山口设置关卡防止起义的摩里斯科人获得任何补给，一边放纵基督徒屠戮摩里斯科人的村镇制造恐慌情绪。 菲利普二世 国王还特地来到 科尔多瓦 督战。 西班牙 官兵军纪废弛畏战如虎，不过他们在抢劫时异常凶猛。在西班牙乱军的努力下，待售的摩里斯科奴隶挤满了西班牙各大城市的大街小巷。
尽管西班牙政府竭尽全力的镇压，穆斯林起义军仍旧坚持到了1570年11月30日才被 唐·胡安 完全镇压下去。摩里斯科人战争结束后，50万摩里斯科人遭到放逐， 西班牙 南部山区一些地方化为无人区。 讨逆军 总司令唐·胡安不无悲伤地写道：这是世界上最悲惨的事件，因为被放逐的人出发时，淫雨霏霏，风雪交加，以至于这些的可怜的人依偎在一起悲叹。不能否认，目睹一个王国的臣民被统统赶走，是人们所能想象到最令人悲惨可怜的事。
从《 科尔多瓦 条约》最初的执行情况看， 西班牙 宗教问题本身是有望和平解决的。但西班牙政府的背信弃义，不仅没有平息当地宗教冲突，反而进一步推波助澜把摩里斯科人逼上绝路，最终演变成了海盗和大规模叛乱问题。