根据《印发深 圳 市建筑工务署职能配置内设机构和人员编制的规定》（深府办[2004]72号）和《关于调整市建筑工务署体制的通知》（深编[2012]52号）规定，深圳市建筑工务署为市政府直属正局级 行政管理 类事业单位。
2020年12月，获得 广东省 委、省政府授予的广东省先进集体称号。
机构职能
深圳市建筑工务署为市政府直属正局级行政管理类事业单位。
主要职能有：负责市政府投资建设工程项目（ 水务 和 交通工程 项目除外）的资金管理、前期审批事项报批、招投标管理、预决算和投资控制管理，政府公共房屋本体结构性维修工程的监督管理，对部分适合的建设项目组织实施 代建制 。
内设机构
办公室（政研室）
负责文秘、政务会务、综合督办、机要保密、档案、收发、行政、后勤、协调联络、信访、宣传、信息公开、 公共关系 、绩效考核、人大建议政协提案办理、应急值班管理、对外接待等工作；负责保密委员会日常工作。
负责政府工程集中管理体制机制的政策、法规研究，推动政府工程集中管理的立法工作；负责 政府工程 高质量发展 研究，统筹、协调、推进全署制度、标准体系建立以及相关课题研究工作；负责全署 法律事务 的综合管理工作；负责项目总结、后评价的制度和规则的制定；负责统筹署 博士后 创新基地等工作。
人力资源 处（机关党委办公室、纪检监察室）
负责党务、纪检、监察、机构编制、人事、外事、教育培训、 社会保险 、工青妇、 计划生育 、离退休人员服务等工作。
综合计划处
负责会同 有关部门 编制政府投资项目年度投资计划；负责年度投资计划的编制、申报和调整；负责政府工程统计制度制定、统计数据收集填报、统计分析及直属单位统计工作的监督指导；负责财务制度制定、 财务管理 、会计核算、工程款支付审核及对直属单位财务工作指导及监督；负责部门预算管理及 内部审计 工作；负责 保函 管理等工作；负责工期进度、投资造价、质量安全管控项目推进有关事项统筹；负责内部审计工作委员会日常工作。
信息科技处
负责统筹全署信息化、科技推广和创新发展工作；负责拟定信息化年度发展规划、年度计划和相关标准规范并组织实施；负责新技术推广应用；负责统筹运维管理等工作；负责信息化管理委员会日常工作。
建设统筹处（重大办）
负责项目接收及分配（含市政府投资的未接收项目的对外沟通协调）；负责项目总体策划；负责新型建设管理模式的研究；负责统筹环保低碳、 建筑工业化 、 绿色建筑 、 海绵城市 、地下管廊等相关工作；负责项目工期、进度管理；负责项目建设统筹协调；负责统筹变更管理；负责项目策划委员会和技术管理委员会的日常工作。
负责开展工程督办制度建设；负责制定年度督办计划，开展重点项目专项督办和重大项目协调推进；负责跟踪协调市领导、人大、政协及署领导交办的 工程管理 有关事项；负责组织召开政府工程建设协调推进 联席会议 ；负责项目运营管理等工作。
招标合约处（造价办）
负责统筹全署工程建设项目的招标、合约管理工作；负责制订招标制度，编制和推行招标文件和合同范本；负责合同管理和承包商（ 分包商 ）管理；参建单位及人员 不良行为记录 和投标企业资信管理；负责招标 采购管理 委员会的日常工作。
负责统筹全署工程概算、预算、结算、决算等工程造价管理工作；负责研究国家、省、市造价政策；负责制定我署工程概算、预算、结算、决算等工程造价管理制度和标准；负责统筹开展项目建设标准研究；负责监督检查直属单位造价工作的推进和落实等工作。
材料设备处
负责统筹全署材料设备管理工作；负责材料设备集中采购与战略合作、材料品牌库管理；负责供应商及分包商评价与过程监督；负责材料设备应用指导与新材料设备的推广应用；负责材料设备管理委员会的日常工作。
直属机构
署工程设计管理中心
负责深圳市建筑工务署承担项目的设计管理工作。
署 工程管理 中心
主要负责政府投资建设工程项目（不含文体、教育类）的具体组织实施和后续运维管理工作，完成深圳市建筑工务署交办的其他任务。
署文体工程管理中心
主要负责政府投资建设的文体类工程项目及部分市政类项目的具体组织实施和后续运维管理工作，完成深圳市建筑工务署交办的其他任务。
署教育工程管理中心
主要负责政府投资建设的教育类工程项目及部分政策性住房项目的具体组织实施和后续运维管理工作，完成深圳市建筑工务署交办的其他任务。
获得荣誉
2020年12月，获得 广东省 委、省政府授予的广东省先进集体称号。