1949年9月25日新疆和平解放，1950年1月1日新疆省高级人民法院成立，1955年 新疆维吾尔自治区 成立，新疆省高级人民法院随之改称新疆维吾尔自治区高级人民法院。
新疆共设置法院159个（地方法院115个、兵团法院44个），其中高级人民法院1个，高级人民法院分院2个（兵团分院、 伊犁州 分院），中级人民法院27个（地方13个、铁路1个、兵团13个），基层人民法院129个（地方96个、铁路3个、兵团30个）。
机构设置
办公室
政治部（含组织人事处、法官管理处、宣传教育处、机关党委）
立案庭
刑事审判第一庭
刑事审判第二庭
刑事审判第三庭
民事审判第一庭
民事审判第二庭
民事审判第三庭
行政审判庭
赔偿委员会办公室
审判监督第一庭
审判监督第二庭
审判监督第三庭
审判监督第四庭
执行局（含执行一庭、执行二庭、执行三庭）
研究室（少年审判庭）
司法警察总队
信息技术 处
司法行政装备管理处
督查局
老干部工作处
翻译处
审判管理办公室（审判委员会办公室、环境资源审判庭）
代表委员联络处
涉诉信访办公室
新疆法官培训中心
机关服务中心
主要职能
新疆维吾尔自治区高级人民法院主要职能包括：
1、依法审判法律规定由高级人民法院管辖的刑事、民事、行政等第一审案件。
2、依法审判法律规定由高级法院管辖刑事、民事、行政等第二审案件。
3、依照法律规定复核死刑案件。
4、审理 最高人民法院 指定再审的案件和本院管辖的其他再审案件。
5、审判最高人民法院交由审判的刑事、民事、行政案件。
6、依法行使司法执行权和司法决定权，对下级人民法院的执行案件进行业务上监督、指导和工作上的统一协调、指挥。
7、依法决定 国家赔偿 。
8、调查研究审判工作中的法律政策及疑难问题，总结审判经验；对相关法律法规草案提出司法建议。
9、领导全区人民法院的监察工作。
10、组织、指导全区法院的队伍建设、思想政治、教育培训、法制宣传、司法行政事务等工作。
所获荣誉
新疆维吾尔自治区 级精神文明单位。
2020年1月， 最高人民法院 授予新疆维吾尔自治区高级人民法院刑事审判第三庭“全国法院先进集体”称号。
2020年11月，《中央文明委关于表彰第六届全国文明城市、 文明村镇 、文明单位和第二届全国文明家庭、文明校园及新一届全国未成年人思想道德建设工作先进的决定》表彰为“第六届全国文明单位”。