北京市第二中学 （通州校区）位于长安街延长线东端，通州新城区的中心，古老而文明的 京杭大运河 畔，是 通州区 实施引入名校“优质办学资源”战略，与有着丰厚教育教学资源的北京二中联姻后，首批重点建设的一所十二年制公立学校。
2020年5月，入选 北京市 中小学科技教育示范学校名单。
历史变迁
北京二中 始建于1724年，最早前身是 清代 左翼 宗学，至今已有282年历史。悠久的历史使二中拥有着深厚的文化底蕴和优良传统，培养出一大批像 舒乙 、 刘绍棠 、 从维熙 、 瞿弦和 这样的杰出人才。在新的世纪，二中继续继承、保持和发扬“敬业乐群”的学校精神，倡导“稳健务实、民主宽松、团结奉献、创新进取”的办学风格，在民主自由的学术氛围中，形成“团结、奉献、务实”的群体精神和“争创一流”的群体意识。 北京市第二中学 以“坚持学生全面发展，倡导学生个性发展，实现学生的可持续发展”为办学理念，在社会上有很高的知名度和良好的声誉。在 国际奥林匹克竞赛 中，有两位同学获得 金牌 ；多位同学获得 北京市 “金帆奖”、“银帆奖”。多年来，二中为高等学校输送了大批高质量的学生，不仅高考升学率多年稳定在100%，每年均有95%左右的学生升入一批 重点大学 ，其中每年约有五分之一的学生考入 清华大学 、 北京大学 等著名学府。
建校伊始，学校就提出了依托名校，博采众长，办好分校，超常发展的目标。为了实现这一目标，学校创造性地继承和弘扬了 北京市第二中学 悠久的历史文脉与办学理念，以“一切为了学生的未来发展”为办学指导思想，以“以人为本，求实创新，和谐奋进”为办学宗旨，以“培养健全人格和终生学习能力”为办学目标，以“团结、进取、求是、创新”为校训，努力把北京二中通州分校打造成为以数字化为突破口的现代化学校和国际交流学校。
师资实力
学校现有教学班37个，在校生1500余人，教职工210余人，其中高级职称教师13人， 中级职称 教师44人，研究生22人。学校未来的发展规模是48—52个班，学生约2300人。2005年9月1日，北京二中通州分校改、扩建工程正式、全面启动。经系统研究后，各级领导及施工单位确定我校改、扩建工程需进行总体规划，分步推进实施，并在两期工程分别完工后最终达到总占地面积70120平方米、 建筑面积 40324平方米的建筑规模。
学校建筑
从2006年8月30日北京二中通州分校落成暨开学典礼至今，该校程已基本完成了。其中包括对现有建筑——教学楼、报告厅及操场等改、扩建工程，已装修了10324平方米的教学楼；新建了食舍楼；装修后的报告厅可容纳500余人，能够承担学校集会和进行小型演出活动；操场铺设了400米标准 塑胶跑道 ，为师生提供了体育锻炼和进行课余活动的场地。
设备实力
我校目前共有物理实验室、化学实验室、生物实验室各两个、劳技教室、美术教室、音乐教室、地理教室各一个。为突出“数字化办学模式”的特色和“无疆校园”的目标，我校在一期工程建设期间，铺设了覆盖全校的校园网络，共有近百个信息点，配备了 交换机 和终端设备，建立一流计算机房两个、电子备课室及 阅览室 各一个。现有教室均装有多媒体设备，内有教师控制台、银幕、投影机、实物展台等全套多媒体设备。
发展前景
随着北京二中通州分校一期工程的圆满完成，现在，我校二期工程建设已处于正式启动中，并计划征地、拆迁土地2000平方米。届时，我校新建面积将达到28564平方米，其中新建 高中 教学楼14429平方米、新建体育馆2021平方米，二期工程的竣工将为学校发展提供一流的硬件保证。
学校在打造一流硬件环境的同时，更加大力度提高软件建设的质量。学校以 北京市第二中学 的规章制度为蓝本，结合我校实际制定了完善的管理制度。依托北京二中优质教育资源，开展形式多样的教学活动，促进教学和教师专业化发展，实现学校教学的良好开端。开学不久，钮小华校长为我校全体教师做了一次以更新教育理念为专题的报告会，钮校长生动形象的发言，博得了全校师生的热烈掌声，许多教师从中受到了很大启发。
自2006年9月开学以来，二中本部先后派出300多人次教师对我校进行了学科教学指导活动，从教学目标、教学重难点、教学方式、教学内容及板书、小结等方面给予把关和指导。为了使我校青年教师尽快成长为教学的骨干，二中安排市、区级骨干教师做我校青年教师的师父。9月底在二中本部举行了隆重的拜师仪式，不仅使青年教师有了更好的学习和提高机会，而且使他们在教学中有了较高的起点，并充满了自信。
学校在发展中，不仅依托名校，还博采众长。结合区域办学特点，我校先后四次邀请 通州区 教研中心的教研员，对任课教师的 课堂教学 进行有针对性的视导。2006年10月学校成功承办了由 北京市 教工委组织的名师讲堂活动，全校师生有幸目睹了顾德希、 吴正宪 、陶昌洪三位特级教师现场授课的大家风采。学校在请进来的同时还创造条件使老师有机会走出去，学校先后多次组织教师到二中本部、通州三中、四中学习、听课。这一系列的教学活动对打开教师的教学思路，提升对课堂教学的认识水平，提高课堂教学的驾驭能力非常有益处。
北京二中通州分校虽成立仅有短短的两年时间，但在全体师生的共同努力下，已取得了令人欣喜的成绩：教师和学生在各级各类比赛中共有986人次获奖，学校被定为 北京市 “十一五”重点课题实验校，学校自主承担的教科研课题《探究与名校合作交流，促教师专业发展的有效模式》被确定为区级重点课题。
因为年轻，所以具有活力；因为年轻，所以更具发展潜力。北京市二中学通州分校正张开她强健而富有激情的翅膀，携青春而富有朝气的二中学子翱翔于知识的天空，共创北京市二中学通州分校美好的未来。
所获荣誉
2015年4月13日，学校入选北京市第二批中小学学校文化建设示范校名单。
2017年12月15日，学校被 北京市教育委员会 、首都精神文明建设委员会办公室认定为第二批北京市中小学文明校园。
2018年1月16日，学校入选2017年国防教育特色学校名单。
2020年9月25日，学校被教育部认定为“2020年全国青少年校园篮球特色学校”。
2023年3月27日，学校被 北京市教育委员会 认定为北京市中小学科技教育示范学校。 同日，学校入选北京市教育委员会公布的北京市中小学艺术教育特色学校名单。