北京中医药大学国学院是全国高等中医药院校第一家国学院， 以传承、弘扬中医药文化与中华优秀传统文化为使命， 旨在展现中医药文化魅力，提升中医药文化 软实力 ，在当前国家提倡弘扬中华优秀传统文化的大势中，可以说是应运而生。特聘学诚法师、 张继禹 道长、 楼宇烈 教授、 钱超尘 教授等为荣誉教授，著名国学专家、中医药文化学者 张其成 教授出任首届院长。
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北京中医药大学国学院下设八个教研机构：国学课程教学中心、儒释道医药研究所、 易学 与 中医学 研究所、中医典籍与汉语文化研究所、中医哲学研究所、中医与中华文明研究所、中医与艺术研究所、中医对外传播研究所等。国学院立足于以中医药文化为特色的中华优秀传统文化研究，承担全校国学通识课，开展中医药文化与中华传统文化的科普宣传，开设中医国学讲座、论坛，中医文化、养生文化、佛医、道医、儒医培训班。