马桂源（1843年（一说1813年）—1873年），祖籍 临夏回族自治州 ，寄籍 西宁市 。 中国 清代 同治 年间青海西宁地区的 回族 、 撒拉族 穆斯林起事领袖 。
马桂源是 中国伊斯兰教 华寺门宦创始人 马来迟 的四 世孙 ，幼承家学，受过清真寺经文教育。同治元年（1862年），清廷采取绥靖政策，解散西宁团练，保举马桂源为循化厅同知。同治四年（1865年），丹噶尔厅同知玉通因穆夫提门宦将起事，屠杀城内回族。马桂源与穆夫提门宦联合反清，利用西宁 知府 职权，支持 马文义起义 军事行动。然而，西宁府城在同治十年（1871年）失守，马桂源率余部转移至巴燕戎格厅。清军追击，再次退至扎巴什城。 同治 十二年（1873年）二月，马桂源在扎巴什东山被捕，同年三月被 凌迟 ，年仅31岁 。
人物背景
马桂源是清末时期 西宁市 回族的首领之一，与其兄马本源共同掌控了西宁的 军政 大权。他是老教教主，华门寺门宦创始人 马来迟 的四 世孙 ，宗教威望极高，具有深厚的宗教影响力，在 西北 的 回族 中，拥有广泛的信徒和支持者。但年纪轻，缺乏政治和军事经验 。
人物经历
掌控西宁
在 清代 ，西宁是 甘肃省 的一个府治。此地有众多 撒拉族 ，他们与回族一样皆信仰 伊斯兰教 ，然而因教派差异，时常发生冲突。1861年2月，巴燕戎格厅的撒拉族人与西宁城内的回民因辩论教义产生争端，进而引发械斗。这本属民间斗争，但当时的 陕甘总督 乐斌却认定是撒拉族联合回族谋反，令甘肃提督成瑞带兵镇压。由于 西宁市 的回民因官府“以穆制穆”的政策而敌视衙门，加上甘肃其他地方的回民响应陕西回民起义，在马桂源的堂叔 马文义 等人的煽风点火下，原本械斗的撒拉族和 回族 握手言和，将矛头指向官府衙门。马文义率领回民以红土坡、青沙山为基地，聚集民众武装造反。他们击败当地官军，占领从享堂峡到碾伯的大道，切断西宁到 兰州市 的通路，周边的回民、 撒拉族 纷纷起事响应。
1862年10月，接任西宁办事大臣的玉通在形势逼迫下，向朝廷保举马桂源为西宁 知府 ，其兄马本源为西宁镇标游击，代行总兵职务。自此，马桂源、马本源兄弟掌控了 西宁市 的 军政 大权。名义上是官府安抚了回民，实则是回民统治了官府。西宁由此进入长达十年的“三马统治”时代。1871年， 马文义 病逝，在马桂源安排下，西宁回军由其堂叔马永福接管。马永福性格懦弱，完全听从马桂源安排，而马桂源则成为西宁的地方长官和 回族 教主，掌控着西宁回民的军事力量 。
对抗清军
爱新觉罗·载淳 同治 十年（1871年）， 陕甘总督 左宗棠 进军 临夏回族自治州 。陕西回军在 崔伟 、 白彦虎 率领下进入 西宁市 ，时马尕三病逝，马桂源 叔父 马永福接任义军领袖。马永福带领 西宁市 义军头领64人先后到平番向 豫师 请降。不久，马桂源又以西宁府名义向豫师呈文“乞赐抚绥”。十一月，河州回军首领 马占鳌 致信马桂源，希望他代向左宗棠求抚。马桂源于十二月启程，在平番稍事停留，即抵 兰州市 ，到安定（今 定西市 ）向左宗棠交马占鳌的投诚禀词，并应邀到河州看望马占鳌。 同治 十一年（1872年）正月， 河州 马占鳌降清。当马桂源目睹马占鳌义军投降后的惨状，乃下决心继续抵抗 。
左宗棠收复 临夏回族自治州 的马占鳌后，出兵进攻马桂源所在的西宁。左宗棠此前击败实力最强的金积堡的 马化龙 的消息，令盘踞在西宁的 回族 头目胆寒。此时盘踞西宁的回族头目，除了当地土回，还有从 陕西省 逃来的回军首领 崔伟 、 禹得彦 、 白彦虎 等人。其中崔伟最想投降，他得知在金积堡投降的陈林被左宗棠安置在 平凉市 过上安定生活，欲通过陈林向左宗棠投降，可白彦虎不同意，因其深知自己作恶多端，不会被赦免。接替 马文义 的马永福性格懦弱，惧怕左宗棠，也想投降却不敢言。马桂源和马本源兄弟因不愿放弃在西宁经营十年的势力，决定对抗到底 。
1872年8月， 刘锦棠 从 湖南省 新招募三营步兵和两队骑兵补充 湘军 兵力，全军共四营8000人，加上辅助的客军四营2500人，总计1万多人。 左宗棠 命刘锦棠率18营大军进攻西宁。西宁位于湟水南岸，军队抵达需通过从碾伯到西宁湟水一带的河谷地带，两岸高山对峙，湟水从中流过，山路繁杂，地形险要。 白彦虎 等人带领回军在此修筑大量堡垒，并埋伏众多 陕西省 带来的回军。马桂源和马本源也派当地土回队伍支援。刘锦堂大军进入碾伯后，回军利用山谷有利地形，一方面坚守战略要点，一方面绕到清军后方截断粮道，使清军疲于应对。至同年10月， 青海省 气温骤降，且此地海拔颇高，来自南方的 湘军 极难适应这种气候。 左宗棠 紧急派出 刘明灯 率领马步6营和杨士俊率领马步11营增援刘锦堂。刘锦堂得到支援后，向回军发起猛烈攻击，回军节节败退，刘锦堂冲出河谷地带，直逼 西宁市 。
最终失败
马桂源十分担心会被清军围城，害怕陷入金积堡那种断粮的艰难困境，所以决定把防守的关键放在西宁的外围防线。接着，他率领回军的主力出城去迎战敌人。马桂源带兵出城之后，在西宁城内的西宁道 郭襄 之，长期被马桂源压制，虽然不敢公开反抗，可心里对马桂源充满了怨恨。就在这个时候，他趁机策反了原本就有投降想法的回军首领马永福，还联合城里的 汉人 官绅安排军队，关闭城门防守，不让马桂源再进城。这样一来，马桂源和马本源兄弟就陷入了两面作战的艰难境地，很快就支撑不住了，只好放弃 西宁市 ，逃往巴燕戎格 。
爱新觉罗·载淳 同治 十二年（1873年）三月，马桂源在清军的追击下被俘。经过审讯后，他们被施以 凌迟 之刑，年仅31岁 。