巴特肯州（ 吉尔吉斯语 ：Баткен， 俄语 ：Баткенская）是 吉尔吉斯斯坦 的一个州，因首府得名，位于该国西南部，与 乌兹别克斯坦 和 塔吉克斯坦 接壤。该州成立于1999年10月13日，原属于 奥什州 。巴特肯州的行政中心为巴特肯市。
地理与行政区划
巴特肯州面积约为17,000平方千米，下辖3个区、4个市、5个镇和3个村。该州的地理位置特殊，其3/4的州界线为国界线， 西和县 西北 与塔吉克斯坦相邻，北部与乌兹别克斯坦毗邻。
人口
根据2003年的数据，巴特肯州的人口约为40万。首府巴特肯市在1999年3月的人口约为1.1万人。该州居住有包括 乌孜别克族 （2009 年为 14.7%）和 塔吉克族 （2009 年为 6.9%）在内的多个民族。
历史与事件
吉尔吉斯斯坦 紧急情况部2007年1月9日通报，位于吉南部的巴特肯州8日夜发生里氏6级地震。
据吉通社报道，地震发生在当地时间2007年1月8日23时21分(北京时间9日凌晨1时21分)，震中位于该州首府巴特肯市西南90公里处。
暂无人员伤亡和财产损失的报道。吉紧急情况部已命令巴特肯州相关部门进入紧急状态并成立专门委员会应对地震灾害。
2006年12月26日，吉尔吉斯斯坦 吉尔吉特-巴尔蒂斯坦 曾发生里氏7级地震，造成不少房屋受损。
当地时间2022年6月14日7时和7时50分左右，在 吉尔吉斯斯坦 巴特肯州和 塔吉克斯坦 索格特州接壤地区连续发生两起边防军交火事件，双方动用了 迫击炮 和 榴弹发射器 等武器。