北洋军 第三师的前身是 北洋常备军 第三镇。 从成立时起， 第三师 就是 北洋集团 的核心军事力量。进入民国后，它积极执行 北洋政府 的一系列决策，成为维护北洋政府统治的有力工具。 民国时期 ，许多重大的历史事件都与 第三师 密切相关。 袁世凯 去世后，北洋集团陷入分裂。第三师成为直系军阀的主力部队。在历次重大战役中，第三师以其强大的战斗力，击败各派军队，帮助直系掌握了中央政权。直系在掌权后，推行“武力统一”的政策，招致了各派政治势力的强烈反对。其内部也因争权夺利，日渐陷入分裂。在 第二次直奉战争 中， 第三师 与 奉军 战于 山海关 一线。 冯玉祥 趁机回师，发动 北京政变 ，致使前线直军军心动摇。直军在奉军的猛烈攻势下，全面溃败。第三师遭到毁灭性打击，其残部随 吴佩孚 退往 天津 。在奉军和 国民军 的联合进攻下，吴佩孚感到大势已去，遂乘军舰逃往南方。第三师残部在 塘沽 被彻底歼灭。
横空出世
北洋第三镇
光绪 二十八年（1902）， 袁世凯 在 保定市 编练 北洋军 ，开始组建一批新式军队。三十年， 日俄战争 ，袁世凯从直隶、 山东省 、 河南省 和 安徽 等地仓促募集大量人员补充进北洋常备军，将 武卫 和自强两军改编北洋军第三镇。北洋第三师由此创立。
刚创立之初，北洋第三镇大致编制情况如下：
一、第五协，统领 雷震春
（一）第九标，统带徐占凤
1、第一营， 管带 韩承
2、第二营，管带岳 成
3、第三营，管带丛金贵
（二）第十标，统带 唐天喜
1、第一营，管带张利方
2、第二营，管带殷 贵
3、第三营，管带阎永升
二、第六协，统领张永成
（一）第十一标，统带王振
1、第一营，管带刘恩鸿
2、第二营，管带回富兴
3、第三营，管带王金贵
（二）第十二标，统带张殿如
1、第一营，管带张慕韩
2、第二营，管带刘朝录
3、第三营，管带唐启吉
另有马、炮、工程和 重队。
陆军第三师
光绪 三十二年（1906），中央设立东三省 总督 职位，以 徐世昌 为首任总督。这时第三镇改由 曹锟 任 统制 ，率部移驻 奉天 。时值 东北 盗贼 横行，颇扰地方。于是第三镇奉命征讨，期久无功。这时候，有一名管带主动请缨，数月后基本肃清 长春市 一带土匪。曹 大喜，提拔该 管带 为统带。此人便是 吴佩孚 。曹吴组合由此诞生。
宣统 三年（1911），第三镇入关参与镇压反清武装，并抽调一部分兵力编成第五混成协，由 雷震春 任协统，随 第二军 军统 段祺瑞 赴湖北作战。民国元年（1912）改编成陆军第三师。是时，陆军 第三师 大致编制如下：
一、第五旅，旅长 唐天喜
（一）第九团，团长张慕韩
（二）第十团，团长荣道一
二、第六旅，旅长 张鸿逵
（一）第十一团，团长 王承斌
（二）第十二团，团长汪学谦
另有：骑兵第三团，团长李殿荣；炮兵第三团，团长 吴佩孚 。
民国二年，以第五旅为主扩编一 混成旅 ，开赴 察哈尔省 （后归入 第十师 ）。随即添募补充成新的第五旅，旅长 王承斌 。次年四月第三师驻扎 岳阳市 ，监视南方。曹锟将吴佩孚提为师部副官长。四年，护国战争爆发。第三师除组编的一混成旅进驻 湘西土家族苗族自治州 ，大部随 曹锟 入川征讨 护国军 。这次战争中，吴佩孚再显军事才能，很大程度上弥补了 张敬尧 等 北洋军 的失败。不过由于 蔡锷 率领的护国军讨袁坚决，第三师还是在 宜宾市 战败了，撤回 保定市 。
民国五年，创始人 袁世凯 病死。是时，陆军 第三师 大致编制如下：
师长曹锟，参谋长刘景元
一、第五旅，旅长汪学谦
（一）第九团，团长陈清源
（二）第十团，团长 张学颜
二、第六旅，旅长 吴佩孚
（一）第十一团，团长 张福来
（二）第十二团，团长 阎相文
另有：骑兵第三团，团长李殿荣；炮兵第三团，团长王用中。
威震天下
驻守衡阳
民国六年， 新疆生产建设兵团第三师 参与讨伐 张勋 ，战于 天坛 。随后，南方发起 护法运动 ，已升任直隶督军的 曹锟 让 吴佩孚 代理师长，移驻汉口。次年春，吴佩孚率第三师攻打 湖南 ，一路得胜，占领 岳阳市 、 长沙市 。这时候， 段祺瑞 执政的北京政府却任命皖系大将 张敬尧 为湖南督军。随后， 吴佩孚 率第三师攻占 衡阳 。由于直皖矛盾， 吴佩孚 与南方罢兵言和，在 衡阳 按兵不动，一晃三年。
民国八年，第三师大致编制如下：
师长吴佩孚，参谋长 李济臣
一、第五旅，旅长 张学颜
（一）第九团，团长
（二）第十团，团长殷本浩
二、第六旅，旅长 张福来
（一）第十一团，团长
（二）第十二团，团长 董政国
另有骑兵第三团和炮兵第三团。
民国九年， 吴佩孚 率第三师顺 湘江 北上，沿途继续秋毫不犯。是时，夏日刚来，湘地略酷。途中，清风徐来，顿时凉爽，全军精神抖擞，齐声大唱第三师军歌，系师长 吴佩孚 亲自写就的《 满江红 》
北望满洲， 渤海 中风云大作。想当年，吉江辽沈，人民安乐。 长白山 前役藩篱， 黑龙江省 畔列城郭。到而今，倭寇任纵横，风云恶。
甲午 役，土地削。 甲辰 役，主权弱。江山如故， 古彝族 错落。何日奉命提锐旅， 第一次世界大战 恢复山河。却归来，永作蓬山游，念弥陀。
直皖战争
民国九年夏，第三师先后由水路经过 武昌 ，改 京汉铁路 经 郑州市 到 保定市 。由于直皖两系不和，国务总理 段祺瑞 胁迫大总统 徐世昌 罢免曹吴。七月， 直皖大战 爆发。 吴佩孚 亲自指挥，说服第十五师师长刘 倒戈皖系。随后，直军生擒皖系大将 曲同丰 ，最终大败皖系，把持北京政府。战后，吴佩孚率 第三师 主力移驻 洛阳市 ，潜心练兵。
民国十年，第三师大致编制如下：
师长吴佩孚
一、第五旅，旅长 张席珍
（一）第九团，团长刘焕臣
（二）第十团，团长陈开第
二、第六旅，旅长 杨清臣
（一）第十一团，团长马汝凇
（二）第十二团，团长 董政国
另有：骑兵第三团，团长张琢斋；炮兵第三团，团长栾 昌。
第一次直奉战争
皖系垮台后，直奉矛盾日益突出。国务总理 靳云鹏 都是因为两边沾关系才能上任，小心维系。脆弱的联盟还是破裂了。民国十一年春，奉系 张作霖 对曹吴宣战。 吴佩孚 随后挥师北上。直奉展开大战。 张福来 、 彭寿莘 等直系大将及数万士兵追随他们的 大帅 成功打败土匪出身的 奉军 ，成为一时 中国 实际主宰者。那时候，也是吴佩孚一生的辉煌顶点。欧美各国也都认为，统一中国者非吴莫可。
直奉战后，吴佩孚返回 洛阳市 。这时的第三师，人数已经远远超过一个师的编制。于是曹吴商量后将 萧耀南 、 王承斌 等改编成师。其余如 阎相文 ，率部打进 陕西省 ，逐走 陈树藩 ，做起陕西督军。后起之秀如 靳云鹗 、 寇英杰 、 刘玉春 等，皆民国名将。吴还在洛阳设立幼兵团，培养少年将才。后来 吴佩孚 寓居 北平市 什锦花园时， 蒋介石 有一次到北平参访，看到 张学良 递给他的宴席名单里没有吴的名字，问他怎么没有。张回道，不太方便吧。蒋严肃地说，吴佩孚虽然下野了，但是影响力还是很大的。不仅仅是那些 北洋政府 时期的旧部，还有现在全国各地的当年洛阳幼兵团培养出来的年轻将领们，都在看着我对他们的大帅的态度。我们不能不重视呀。
随风而逝
第二次直奉战争
或许由于 冯玉祥 的倒戈，或许由于师长吴佩孚的书生气， 第三师 没能逃脱同时代诸多军队的噩梦。
民国十三年（1924）末夏，代表直系的 江苏省 督军 齐燮元 打响了 江浙战争 ，此系 直奉战争 的序幕。 浙江省 督军 卢永祥 原是第三师协统，不过属于皖系。他的 属下 淞沪护军使 何丰林 不听 江苏省人民政府 的话惹恼了齐，于是这场预谋已久的战争爆发了。转瞬到了秋天，经过一番精心准备，在联合了 段祺瑞 、 孙中山 等势力后， 张作霖 终于鼓起勇气，对曹吴再次宣战。
这次，直军内部波涛汹涌。先是老师长 曹锟贿选 民国大总统成功，惹得天下侧目。 王承斌 和 冯玉祥 两个大部下已经密谋倒戈。王承斌在冯玉祥面前还比较有骨气，对不起大总统的事我不做，不过你尽管做好了，我不会对任何人说的。
于是，第三师的末日来了。师长兼两湖 巡阅使 、直鲁豫巡阅使 吴佩孚 尽管英勇地在前线大败奉军诸部，却由于北京政变，大意将军队交由忠心有足谋略欠缺的 张福来 统率，自己只带了少量 卫队 返京欲解救曹三哥。不想这举断送了威名赫赫的第三师。张福来与 彭寿莘 在奉军的攻打下全线崩溃，只好接受奉军改编。奉军毫不客气地宣布了这个一直以来令他们心惊胆战的宿敌的未来：解散第三师编号。
余光返照
民国十五年，在奉军与 国民军 的压力下，大直系空前团结。 江苏省 督军 齐燮元 牵头， 浙江省 督军 孙传芳 力捧， 安徽 、湖北、 河南省 、 福建省 、 江西省 、直隶、 山东省 、 山西省 、 陕西省 、 四川省 、 湖南省 、 甘肃省 等十四省的直系势力公举 吴佩孚 为十四省联军讨贼总司令。这个贼指 张作霖 ，不过吴佩孚喜欢称贼为 冯玉祥 。曾经的陆军第三师又恢复，不过很明显，这支恢复的第三师根本不是原来那个威震天下的第三师。所以，在次年的由南方所发动的北伐战争中在汀泗桥和贺胜桥被基本打垮。
随后，吴佩孚奔入四川。曾在 中国历史 舞台上叱咤风云的 北洋军 第三师悄然随风而逝。