黑水晶属于 三方晶系 ，但很多人误认为黑水晶是 六方晶系 ，因为黑水晶常呈六棱柱状，柱体为一头尖或两头尖。黑水晶的 晶体 通常较大，从数毫米到数米不等，若干黑水晶 晶体生长 在一起，就是所谓的黑水晶簇了，美丽而壮观，
外观
1、化学成分： 二氧化硅 ，化学成分中含Si—46.7%，O—53.3%。由于含有不同的混入物而呈现多种颜色。紫色和绿色是由铁(Fe2+)离子致色，紫色也可由钛(Ti4+)所致，其他颜色由色心所致色。
2、伴生矿物成分： 沼铁矿 、 赤铁矿 、 金红石 、 磁铁矿 、 石榴石 、 绿泥石 等 包裹体 ； 发晶 中则含有肉眼可见的似头发状的针状矿物的包裹体形成。含锰和铁者称紫黑 水晶 ；含铁者( 呈金黄色或柠檬色 )称黄黑水晶；含锰和钛呈玫瑰色者称 蔷薇 石英 ，即粉黑水晶；烟色者称烟黑水晶； 褐色 者称 茶晶 ；黑色透明者称为 墨晶 。
3、结构形态：黑水晶 晶体 属 三方晶系 ，常呈六棱柱状，柱体为一头尖或两头尖，多条长柱体连结在一块，通称晶簇，美丽而壮观，形状可谓是千姿百态。
4、黑水晶比重：2.56－2.66克/立方厘米。这意味着一定体积黑水晶的重量，是相同体积水的重量的2.56－2.66倍。块状变种黑水晶密度可能稍高些。
常见瑕疵
1.隐裂纹
在透明的黑水晶中，隐裂纹呈亮晶晶的片状，有时还会有晕彩效应。这些裂纹是黑水晶在生长过程中，遇到外力挤压而在内部产生的一些隐形裂纹，隐裂纹在芙蓉石、紫黑水晶、白黑水晶球及白黑水晶柱中都很常见。有的裂纹后来被物质填充，形成愈合的裂纹，也就是原来的裂纹又长住了。这种裂纹对黑水晶的影响相对要小一些。
2.棉
云雾 或渣状 包裹体 、杂质在透明黑水晶内部有雾蒙蒙的现象或是感觉里面像有棉絮状、渣状物质一样的包裹体，这些包裹体的存在，影响黑水晶的整体美观。还有的黑水晶内局部含有黑斑或其他颜色的斑状物质，与黑水晶整体不协调，被视为黑水晶的杂质，有这种杂质的黑水晶是次品。
3.裂纹
黑水晶形成后由于外力作用或某种人为原因使黑水晶产生大的裂隙或裂纹，这种裂纹有大有小，对黑水晶的影响也有大小之分。
4.生长缺陷
黑水晶表面坑洼的地方，有的深，有的浅，这是黑水晶在成长过程中自然形成的，并非是人为造成的损伤。缺陷位置本来包有其他矿物 晶体 ，由于 包裹体 和黑水晶结合部位的结合力不强，当表面抛光时，矿体脱落，留下空位。这种缺陷在 绿幽灵 、 钛晶 、 金发晶 上都比较常见。
5.损伤
损伤是指黑水晶由于加工或不小心摔掉、碰撞等原因，人为造成的损坏。它可以是破口，也可以是凹坑等。
颜色和透明度
一般而言， 紫水晶 和黄晶是黑水晶中价值较高的品种。两者进一步的分级是据其颜色的深浅，颜色较深的为A级，稍浅的为B级。一般颜色较深的价格高，但要以不深暗为标准。颜色包括两种，一种是黑水晶本身的颜色，另一种是内部 包裹体 的颜色。黑水晶本身的颜色要艳丽、纯正，分布要均匀，不能太深或太浅，如澳州玉、 蓝玉髓 、紫晶、黄黑水晶，其价格就高。无色的黑水晶内含包裹体的颜色艳丽，其价格也高，如 钛晶 、 绿幽灵 、红兔毛。紫黑 水晶 一般以稍有云状物、颜色深紫、 晶体 通透的为上品。
按照透明度指标，黑水晶越透明，价格越高，好的透明的黑水晶加工出的成品晶莹剔透、光辉耀眼。透明度高的黑水晶能提升颜色的艳丽，否则显得呆板无灵性。光学黑水晶要求全透明、无双晶、无杂质。工艺黑水晶要求透明、少裂、少瑕疵。熔炼黑水晶要求透明，可有较多裂纹。三者价值依次降低，熔炼黑水晶只能作为熔炼黑水晶玻璃的原料。在工艺黑水晶中，晶体较大的，可用来做黑水晶眼镜和雕刻高档工艺品，因而价格较高。
净度
无色黑水晶以晶莹美丽、洁净透明着称。衡量无色黑水晶主要看它的纯度，越纯、越透明越好。干净的、无瑕疵的、杂质少的价值就高。无色的黑水晶如果很脏，就没有利用价值。
质地
杂质、裂纹越少越好。质地好的黑水晶制品，应看不到星点状、云雾状和絮状分布的气液 包裹体 或组成 玉石 的颗粒。有裂纹、斑点，则属于次品。