1888年5月14日以旧的东京镇台为母体而改编，第1师团作为 大日本帝国 陆军历史上历史最悠久的师团而诞生了。1894年 中日甲午战争 （日方称之为： 日清战争 ）中，在我 辽东半岛 登陆，参加了进攻金州城和 旅顺 的战役。
简史
从满州到莱特，到全军覆灭
日俄战争 中，最初所属于第二军（军司令官： 奥保巩 （おく やすかた）大将。此人在当时并非长州藩军阀系，也不是萨摩藩军阀系，能在名将如云的当时崭露头角实属不易。并且指挥作战可以不要参谋长，是个不折不扣的将才，有机会再详述），参加了金州/南山的攻坚战。之后被配属于第3军（军司令官： 乃木希典 大将），再次回到前线参加攻克旅顺的战斗。具有对比性的是，在 中日甲午战争 中只花了一天就攻下的旅顺，在日俄战争中不仅仅是勉强攻下，而且 师团 的主力损失大半，几乎被打残了。
日本 的 明治天皇 末年到大正时期为止（1890年前后到1920年前后），担任首都 东京 的警卫工作。
1934年后，日军内部“皇道派”和“ 统制派 ”关系急剧恶化，统制派首脑人物陆军军务局长 永田铁山 少将 在办公室内被皇道派青年军官砍杀。
永田事件之后，统制派幕僚军官为了打击皇道派的嚣张气焰，于1935年12月趁陆军人事定期调整之际，把第1师团 师团长 、铁杆皇道派成员 柳川平助 调任台湾驻屯军司令官，接着又命令驻守东京长达30年之久的第1师团调往中国东北。第一师团是皇道派的大本营，这一决定无异火上浇油，一下子激怒了皇道派的少壮军官，促使他们加快了“异动”的步伐。
1936年1月， 冈田启介 内阁因政友会提出不信任案而倒台，日本政局出现动荡。同时，第1师团军法会议开始公审相泽 中校 。皇道派少壮军官错误分析了形势，认为公众舆论对公审持批评态度，趁此局势动荡之际， 政变 “有九成胜利的把握”。此外，第1师团将在3月开赴中国东北，因此政变必须在2月底之前发动。
1936年2月22日， 师团 前往满洲驻屯的命令被颁布，其中就有第1师团。有人认为，这是上层有意将那些叫嚣着“清君侧，绝对王权以及 昭和维新 ”的少壮派军官远远调离中央，是为了阻止军人参政。
1936年2月26日，皇道派的军官以第1师团的第1联队和第3联队为基干，集合了军官21人，军士94人，士兵1358人，分成若干队，按照预定计划，开始行动。举世震惊的“二·二六事件”爆发。叛乱士兵杀害了内大臣 斋藤实 、教育总监 渡边锭太郎 和大藏大臣 高桥是清 ，重伤 天皇 侍从长 铃木贯太郎 ，之后占据 永田町 一带达四天之久。
28日，在 天皇氏 的一再催促下，犹豫不决的军部终于下了镇压的决心。陆军次长 杉山元 得到天皇同意，发布了《奉敕命令》指示戒严司令官迅速使占据三宅坂的军官及部下撤离现场，归复各所属部队。奉敕命令随后正式传达给第1 师团 。戒严司令部决定29日完成镇压的准备工作，并开始讨伐叛军。
参加镇压政变的部队有 近卫师团 和第1师团各7000人，另外从 仙台市 和 宇都宫市 调来了第2、第14师团所属部队6000人，总数近24000人。
叛军此时已在严冬中坚持了3天，疲惫不堪，士气消沉。在听到广播、拾到传单后，纷纷脱离了叛军，返回原部队。策动叛乱的军官见大势已去，也未加以阻拦。这些军官随后被戒严部队拘捕，集中到陆军省大院。7月5日，军法会议判处在政变中起领导作用的矶部、香田等17名军官死刑。事变后，第1 师团 按原定部署被调往满洲。
抗日战争全面爆发后，第1师团的主力被部署在 孙吴 、 齐齐哈尔市 、 北安市 ，担任北部满洲的防御，参加了 察哈尔省 作战。1939年与 苏联 的诺门坎事件中，从第1师团中抽调了野炮兵第1联队以及各个步兵联队的速射炮部队。野战重炮兵第1联队在与苏蒙军作战中遭受严重损失，但是师团主力在正式与 苏联红军 交锋前，就受命停止了进攻。之后为了防卫苏军，继续驻屯在满洲。
1937年11月，第1师团留守部队和预备役人员组建第101师团，并投入 武汉会战 。
1940年8月（昭和15年）第1 师团 的 歩[bù] 兵第3联队用于组建第28师团，第1师团成了三单位师团。、
1941年第1师团参与 关东军 特别大演习，成为第一批被加强 重武器 的精锐师团，全师团总兵力接近3万人，达到历史顶峰。
《日苏互不侵犯条约》， 日本 战略开始向南方转移，关东军部队开始逐步撤出满洲，调往其他战场。第1师团奉命调回日本本土。在满洲留守的第1师团部分部队和独立混成第73 旅团 合编成第123师团（1945年8月被 苏联红军 歼灭）。
1944年第1师团奉命前往 菲律宾 参与捷号作战计划，出动时，所有自动炮和装甲车均被未前往，炮兵也仅有满编时期的50%左右，全军总兵力约1.3万人，不足满编时的一半。
留守部队于1945年4月（昭和20年）被编为本土决战机动部队第201 师团 ，其兵力约2万人，装备兵力均强于参加 菲律宾战役 的第1师团。从这个意义上说，参加菲律宾战役的第1师团是顶着花架子，而保留在本土的机动部队第201师团才真正继承了第1师团的衣钵，是真正的精锐力量。
1944年11月1日，第1师团奇迹般的在 莱特岛 西岸的奥尔默克登陆，准备北上以卡里格拉为据点进攻塔克罗班。但是在东岸登陆的 美国军队 已经完全占领了塔克罗班地区。11月5日美军和第1师团在李蒙峡谷遭遇，在之后的50天内，第1师团和美军互有攻守，呈胶着状。然而最终第1师团因补给不利，无奈撤向李蒙峡谷的西侧的坎奇伯特山中。12月25日，第14方面军司令官的 山下奉文 大将下达了“自给自足，永久抗战”的命令。第1师团奉命转移到色布岛上。1945年1月，撤离该岛。 莱特岛 登陆时有1万3千名士兵的第1师团此时只剩下约800名士兵并投降。
师团编制
一、第1师团（昭和12年（1937年））
师团司令部（ 东京 ）
1、歩兵第1旅团（东京）
歩兵第1联队（东京）
歩兵第49联队（ 甲府 ）
2、歩兵第2 旅团 （佐仓）
歩兵第3联队（东京）
歩兵第57联队（佐仓）
3、骑兵第2旅团（ 习志野市 ）
骑兵第1联队（东京）
骑兵第15联队（习志野）
骑兵第16联队（习志野）
骑炮兵联队（习志野）
4、野战 重炮 兵第3旅团（ 国府 台）
野战重炮兵第1联队（国府台）
野战重炮兵第7联队（ 国府 台）
野炮兵第1联队（ 东京 ）
5、 师团 直属
横须贺 重炮兵联队（横须贺）（注：要塞炮兵）
高射炮 第2联队（国府台）
战车第2联队（习志野）
工兵 第1联队（ 东京 ）
重兵第1连队（东京）
主要武器装备（1937年）：
轻机枪 约360挺、重机枪约110挺、重掷弾筒约342个、十年式掷弾筒14个；
92式70mm 大队炮 18门、41式75mm联队炮12门、37mm 速射炮 24门、97自动炮18门、 轻战车 （坦克）30辆、轻 装甲车 7辆、 九五式75mm野炮 12门、105mm榴弾炮24门、四年式150mm榴弾炮12门。（不含 横须贺 要塞炮兵）。
二、 菲律宾战役 （1944年）
歩兵第1联队（东京）：扬田虎己大佐
歩兵第49联队（ 甲府 ）：小浦次郎大佐
歩兵第57联队（佐仓）：宫内良夫大佐
索第1联队（东京）：今田义男 少校
野炮 兵第1联队（东京）：熊川致长大佐
工兵 第1联队（东京）：原准一中佐
辎重兵第1联队（东京）：朝仓好信大佐
第1 师团 通信队
第1师团兵器勤务队
第1师团野战病院
第1师团防疫给水部
主要兵器为， 轻机枪 约260、重机枪约114、重掷弾筒约243、歩兵炮18、 速射炮 12、41式75mm 山炮 12、105mm 榴弹炮 18，38式75mm野炮9。
三、本土决战机动部队第201师团（1945年4月）
歩兵第501联队（ 东京 ）：染谷満蔵大佐
歩兵第502联队（ 甲府 ）：山下诚一中佐
歩兵第503联队（佐仓）：岩 武司 中校
主要兵器（每个联队）：步枪2067、手枪136、重掷弾筒112、轻机枪108、重机枪48、冲锋枪96、41式75mm山炮4、120mm 迫击炮 16。
野战炮兵第216联队：胜沼静 中佐 。38式 野炮 （75mm）24、91式105mm榴弾炮24。
迫击第216联队： 田一中佐。步枪6、手枪142、120mm 迫击炮 36。
第201师团 速射炮 队：浜田春生少佐。步枪126、手枪1、1式机动47mm炮12
第201 师团 机关炮 队： 井胜美 大尉 。步枪128、4式双联装20mm 高射炮 9
第201师团工兵队：高木博少佐。步枪891、 轻机枪 2、 喷火器 16
第201师团辎重队：福瀬悦夫 少校
第201师团通信队：高桥俊夫大尉
第201师团兵器勤务队：
第201师团第4野 病院：
合计：24门105mm 榴弹炮 ，24门75mm野炮，36门120mm 迫击炮 ，还有9门双联高射炮，12门47mm 速射炮 ，336个 掷弹筒 ，16具火焰 喷射器 ，470多挺 机关枪 ，288支冲锋枪，8000多支步枪、手枪、 卡宾枪 。另外还有 装甲车 、 RPG7火箭炮 等各种武器。总兵力约2万人。
历任师长
1 三好重臣 （1888年5月14日----1890年6月7日）
2 山地元治 （1890年6月7日----1896年10月14日）
3 奥 保巩（1896年10月14日----1897年10月27日）
4 川村景明 （1897年10月27日----1901年4月2日）
5 伏见宫贞爱亲王 （1901年4月2日----1904年7月10日）
6 松村务本 （1904年7月10日----1905年2月6日）
7 饭田俊助（1905年2月6日----1906年2月3日）
8 闲院宫载仁亲王 （1906年2月3日----1911年9月6日）
9 木越安纲 （1911年9月6日----1912年12月26日）
10 一户兵卫 （1912年12月26日----1915年2月15日）
11 仙波太郎 （1915年2月15日----1916年8月18日）
12 本乡房太郎 （1916年8月18日----1917年8月6日）
13 河合 操（1917年8月6日----1921年1月6日）
14 西川虎次郎（1921年1月6日----1922年8月15日）
15 白川义则 （1922年8月15日----1922年10月20日）
16 石光真臣（1922年10月20日----1925年5月1日）
17 和田龟治（1925年5月1日----1928年8月10日）
18 英太郎（1928年8月10日----1929年7月1日）
19 真崎甚三郎 （1929年7月1日----1931年8月1日）
20 林 仙之（1931年8月1日----1933年3月18日）
21 森 连（1933年3月18日----1934年8月1日）
22 柳川平助 （1934年8月1日----1935年12月2日）
23 崛 丈夫（1935年12月2日----1936年3月23日）
24 河村 恭辅（1936年3月23日----1938年7月15日）
25 冈部直三郎 （1938年7月15日----1939年9月12日）
26 横山 勇（1939年9月12日----1941年10月15日）
27 中泽三夫（1941年10月15日----1944年3月1日）
28 服部晓太郎 （1944年3月1日----1944年8月3日）
29 片冈 薰（1944年8月3日----1945年8月15日）
东京师团
第1 师团 隶属东部军区。
防守地域： 东京 ， 茨城县 ， 埼玉县 ，千叶県， 神奈川 県，静冈県， 山梨县 。
驻守地域： 练马区 。
所属部队：第1联队、第31联队、第32联队、第34联队、第1特科队、第1战车大队、第1后方支援联队、第1高射大队、第1侦察队、第1工兵大队、第1通信大队、第1飞行队、第1防化队、第1音乐队。