为了进一步弘扬 吴阶平 院士的高尚医德和治学精神， 吴阶平医学基金会 决定在 吴阶平医学奖 下设立吴阶平医药创新奖。
吴阶平医药创新奖主要奖励年龄在59周岁以下，在医学、药学研究和应用领域取得创新性成就的优秀中青年医药工作者。计划每年评出4-6名获奖者。
奖项历史
2012年开始吴阶平医药创新奖与吴阶平医学奖同期举行颁奖大会。
奖励设置
吴阶平医药创新奖根据国家科学技术发展规划及医药卫生工作重点关注的领域设置评奖学科，每年评选一次，每次评选出4-6位获奖者。
吴阶平医药创新奖接受个人和社会各界捐款，所接受款项由 吴阶平医学基金会 管理、专款专用。
推荐和评审
吴阶平医药创新奖的推荐、评审遵循公开、公平、公正的原则，不受任何组织或个人的干扰。
吴阶平医学基金会每年根据候选人的专业领域聘请有关专家组成评审委员会，成员不少于15人。
吴阶平医学奖 评审委员会办公室负责吴阶平医药创新奖的评选组织工作。
吴阶平医药创新奖候选人由具有推荐资格的推荐人推荐。
吴阶平医药创新奖推荐人资格：
一、 中国科学院院士 （ 生命科学 和医学学部）； 中国工程院院士 （医药卫生学部）
二、中华医学会各专科分会主任委员
三、医（药）科大学校长；国家 重点大学 医学院（部）院长（主任）
四、全国重点医学专业学会会长、理事长
五、国家重大科技计划首席科学家（医药卫生）
吴阶平医药创新奖评选程序和时间安排：
一、每年年初，评审委员会办公室（以下简称评审办公室）将本年度推荐评选通知发送至具有推荐资格的推荐人。
二、由具有资格的推荐人独立或联名推荐1位候选人（推荐书由网上下载。每位推荐人每年只限推荐1位候选人）。
三、推荐书一式两份，以信函方式于当年评选通知要求的时间寄送评审办公室。
四、评审办公室对推荐材料进行形式审核，并将合格的推荐材料提交评委进行评审。
五、当年8月中旬前后，召开吴阶平医药创新奖评审会议。参加评审会议的评委人数不能少于全体评委的2/3。会议以无记名投票形式产生获奖者。
六、 吴阶平医学基金会 将评选结果提请当年 吴阶平医学奖 评审委员会终审会议确认。
七、吴阶平医药创新奖与吴阶平医学奖同期举行颁奖大会。
八、评选程序和时间安排可根据当年的具体情况做适当调整。
监督与管理
吴阶平医药创新奖的评审工作接受社会监督。
反对 学术腐败 。凡剽窃、侵夺他人的发明、发现及其他科学技术成果，或者以其他不正当手段获得吴阶平医药创新奖，一经发现并得到证实，将撤销其奖励，追回奖章、证书和奖金。
参与吴阶平医药创新奖评审活动的有关人员，在评审活动中应按照本条例的规定认真履行职责，自觉抵制弄虚作假，徇私舞弊的行为，杜绝评审活动中的不正之风。
吴阶平医药创新奖评审委员会委员和有关工作人员对推荐人和候选人的相关信息及评审情况严格保密。
获奖情况
免疫学专家、 清华大学医学院 院长、 中国科学院院士 董晨 ， 皮肤病 与 性病学 专家、 中南大学 副校长 陈翔 ，天然药物化学专家、中国人民解放军海军 军医大学 药学院副院长 张卫东 ，消化病学及消化内镜学专家、中国人民解放军总医院第一医学中心 消化内科 主任 令狐恩强 ，中西医结合临床与 药理学 专家、 北京中医药大学 副校长 王伟 ，军事预防医学和生物医学工程学专家、 中国人民解放军军事科学院 军事医学研究院 王升启 。
浙江大学医学院附属第二医院 呼吸病学专家 沈华浩 、 中国医学科学院肿瘤医院 胸部肿瘤专家 王洁 ， 中山大学肿瘤防治中心 放射治疗学（ 鼻咽癌 ）专家马骏、 武汉大学中南医院 泌尿外科学专家 王行环 、 首都医科大学 神经外科学专家 吉训明 五位教授，获得2020年度吴阶平医药创新奖。
张玉 教授、 杨正林 教授、 侯立军 教授、 徐瑞华 教授、 雷光华 教授分别获得2021年度吴阶平医药创新奖。
2022年度吴阶平医药创新奖的获奖者分别是： 流行病学 专家、中国人民解放军海军 军医大学 流行病学教研室曹广文， 重症医学 专家、中国医学科学院 北京协和医院 杜斌 ，消化肝病学专家、 空军军医大学 第一附属医院 韩英 ，药剂学专家、 中国科学院上海药物研究所 李亚平 ，消化内镜及普通外科学专家、 复旦大学 附属中山医院周平红。