十三衙门是以宦官为主导，服务于 清代 皇室及其家族的机构。 顺治帝 十一年（1654），因宦官 吴良辅 的建议而设立“十三衙门”，作为内廷机构，为皇帝及其家族服务，以宦官为主管。
十三个衙门是：司礼监、御用监、御马监、内官监（宣徽院）、 尚衣监 、尚膳监、 尚宝监 （尚宝司）、司设监、尚方监（尚方院）、惜薪司、钟鼓司（礼仪监、礼仪院）、兵杖局、织染局（经局）。
康熙 元年（1662），吴良辅等被诛，十三衙门被裁撤，复设内务府，改尚膳监为采捕衙门，改惜薪司为内工部。十六年（1677）改御用监为广储司，尚方院为 慎刑司 ，采捕衙门为 都虞司 ，内工部为营造司。二十三年（1684）又由掌仪司分立庆丰司，以后又陆续改宣徽院为 会稽司 ，礼仪院为掌仪司，总称司，宦官之权皆归内务府，遂成内务府七司体制，由流官主管。
历史沿革
背景
清朝 入关（1644年） 之前， 满族 贵族的内侍杂役主要由 包衣 （即家奴）承担，由于其特有的包衣制度，当时尚未使用 宦官 ，也就没有相关酌宦官制度。入关之后，清统治者为了巩固其统治地位，积极拉拢关内的 汉族 地主，收罗故明官吏，这其中也包括了明亡后流散在外的宦官。直至 康熙 年间，明季内监犹有在宫服役者。
清统治者入关（1644年）之后，虽然经历了由包衣向 宦官 的转变，但是并未设立专门的宦官机构，有关的宫禁事务一直都归 内务府 管辖。由于 清代 内务府的内部机构比较简单，不能满足皇室的日益增长的需要，加之当时的 顺治帝 受到 宦官 吴良辅 的煽动蛊惑，认为“内府事务殷繁，须各司分理”。
设立
因此于 十年 (1653) 六月，以内务府事繁，依明内监 二十四衙门 例加以精简设立，即 执事 官、 司礼监 、 御用监 、内官监（后改宣徽院）、司设监、 尚膳监 、 尚衣监 、 尚宝监 （后改尚宝司）、 御马监 、惜薪司、钟鼓司 （后改礼仪监、礼仪院）、直殿局、兵仗局。根据《清世祖实录》卷八十六记载，于清 十一年（1654年）十月 己卯 ，谕 礼部 设立十三衙门，其原设之 慎刑司 未曾议及。同年，裁 内务府 ，以十三衙门代行其事，掌皇家之衣、食、住、行建立专门的 机构十三衙门，与此同时裁撤内务府。
裁撤
十三衙门建立后， 吴良辅 深受 顺治帝 信任，权势越来越大，宦官干政时有发生，他在重修 高台庙 两年后的顺治十五年（1658）被论营私纳贿。这引起了 清朝 皇室的不满。
顺治十八 年（1661）正月初二，也就是顺治帝崩逝前五天“上 幸悯忠寺观内珰吴良辅祝发”。同年，圣祖（ 康熙 ）继位后，对宦官机构进行了较大力度的改革整顿，使 清代 的宦官制度逐步趋向完备和稳定。针对 顺治 出现的 宦官 乱政的现象，防止和避免宫禁事务被宦官长期独断，裁撤了十三衙门，恢复 内务府 ，遂为定制。
组成
十三衙门设： 司礼监 、 慎刑司 （尚方院）、 御用监 、 御马监 、内官监（宣徽院）、 尚衣监 、 尚膳监 、 尚宝监 （尚宝司）、司设监、兵仗局、惜薪司、钟鼓司（礼仪监、礼仪院）、织染局（经局）。
影响
清初 十三衙门的设置，标志着清代 宦官 制度的正式建立。十三衙门建立后，权势越来越大，宦官干政时有发生，这引起了 满族 统治者的不满， 顺治帝 在临终罪已遗诏中有所表现：“祖宗创业，未曾任用中官，且 明朝 亡国，亦因委用宦寺，朕明知其弊，不以为戒，设立内十三衙门，委用任使，与明无异，以致营私作弊，更逾往时，是朕之罪一也。”
康熙 为了增大对 宦官 的管理，增设 敬事房 。 康熙 在位期间，建立起一系列相关的管理制度，对有关 宦官 的选用、职衔、品级、员数、赏罚等作出了详细的规定。经过康熙年间的这次整顿， 清朝 的宦官管理制度已逐步定型，并对后其后 清代 宦官管理制度产生了重要影响。