上海医药工业研究院创建于1957年，曾隶属于化工部、国家医药局、国家药监局，2000年10月转制为国有重要骨干企业，先后隶属于中央企业工委、国务院国有资产监督管理委员会、中国国药 集团公司 ，2001年7月工商注册登记，注册资金3692万元，现为 中国医药投资有限公司 研究总院的成员企业。
公司规模
院集团在职职工2501人，其中， 中国工程院院士 2人，享受国务院特殊津贴专家73人，博士点5个，硕士点7个，博士后流动站1个，系国家 药学专业 一级学科单位，先后为国内医药工业界培养博士、硕士500余人。自2000年2月起，与 上海交通大学 共建“上海交大药学院”，学院在2004年全国药学院评估排序中已居第6位。2008年末，全院（合并报表）资产总额12.47亿元，负债总额2.69亿元， 所有者权益 9.78亿元；2008年 营业收入 达到9.11亿元，实现利润1.47亿元（年度目标值1亿元）。
根据国务院国资委确定的发展规划，上海医药工业研究院作为应用型科研院所，处于行业集中度甚低的医药行业，应当在自身做强做赢的基础上，为行业技术创新提供广泛服务。因此，上海医药工业研究院的主业确定为：创新药物及工艺的研发、药品生产、销售。
2010年4月，经报国务院批准，上海医药工业研究院整体并入 中国医药集团有限公司 ，成为其全资子企业。至此，国资委履行 股东 职责的企业由127户调整为126户。
2010年12月，由上海医药工业研究院、 四川抗菌素工业研究所 、 上海 现代制药 股份有限公司 、药物制剂 国家工程研究中心 、国家（上海）新药安全评价研究中心、 中国医药投资有限公司 信息中心等6家国内知名的科研与产业化机构整合而成的中国医药工业研究总院。
科研力量
研究院作为中央企业科研院所板块中唯一的医药科研院所，格局完备，成果众多，贡献突出，责任重大：
格局完备
现有科研部门5个(化学制药部， 生物制药 部， 中药制药 部，制药装备研究室， 药理学 研究室。国家重点实验室（创新药物与制药工艺重点实验室）（筹）1个。国家有关部委在研究院设立的国家级中心4个( 国家上海新药安全评价研究中心 ，国家医药工业 中国专利信息中心 ，国家药物制剂工程研究中心，国家药品包装材料检测中心)。
成果众多
院科研机构设置及科研方向涵盖了整个 药学 领域，1800余项科研成果推广到我国31个省、市、自治区转化为生产力。70年代以前国内医药行业吸纳的科研成果大多出自研究院。 改革开放 以来，研究院推出的溶血栓药物“高纯度尿激酶”、 抗肿瘤抗生素 “阿霉素”、一类新药“ 喃 丙胺 ”“头孢硫 ”“胶原酶”、 吡哆醇 恶唑 还原合成新工艺、依托泊 生产工艺、 维生素c 生产工艺等一系列创新性成果，有力推动了我国医药工业的升级换代，改变了对国外相关药物的进口依赖。申报专利总数568项，获授权专利117项，拥有新药证书265本。获国家科技发明奖14项， 国家科学技术进步奖 16项，省部级科技进步奖300余项。尤其是2005年以来，研究院连续4年获得 国家技术发明奖 、国家科技进步奖多项。沪深股市医药板块中30余家上市公司，以研究院输出的成果作为主要产品。
贡献突出
与海正集团、 浙江医药 集团、 华海药业 集团、 复旦大学 等知名企业和高校联建实验室、构建产学研联盟多个，为医药行业技术进步做出了重大贡献。如：“ 环类系列 抗肿瘤抗生素 ”使浙江海正医药迅速壮大；抗 高血压 普利制药 类新药使 华海 制药被国际制药界誉为“世界普利药物专家工厂”；抗肿瘤 化学 药物使 恒瑞医药 制药成为国内抗肿瘤化学药物领先企业；创新药物“头孢硫眯”在 白云山 制药独家生产，每年销售近3亿元；“王牌抗生素 万古霉素 ”技术在 浙江医药 转化为生产力，打破长达25年的国外垄断，3年出口定单8亿元；全合成麻黄素在浙江康裕产业化之后，使我国西部自然环境得到有效保护；环孢菌素A生产新工艺在 华东制药 应用，迫使进口产品降价1/3以上，等等。不久前，国家“十一五新药创制”重大专项第一批批准的6个企业创新药物孵化基地中，有4家企业来自研究院的技术成果支撑。
责任重大
经过国家严格评审，研究院与国内其他9家科研院所、高校，从参与竞争的20余家知名高校、科研院所中脱颖而出，自2009年起，共建国家中长期发展规划16项重大专项之一的“新药创制重大专项”中最体现技术创新综合实力的“综合性新药研究开发技术大平台”，研究院是其中唯一的应用型科研院所。同时，研究院还获得“新制剂与新释药系统”“药物安全评价技术平台”两个单元技术平台的建设资助，显现了研究院技术创新的整体实力和丰富积淀。
公司业务
主要产业
下属二级生产企业的整合于2009年初完成，整合之后的上市公司 上海 现代制药 股份有限公司 ，既是研究院科研成果的中试放大基地，服务于研究院的技术创新事业；同时，作为业绩良好的公众公司，也对医药行业、尤其是创新活跃的中小型企业，具有示范带动作用。该公司2004年6月上市，2006年2月完成股改，公司总资产8.7亿元，在 上海市 2008年度120家 医药企业 利润排序中居第6位，并进入上海市工业企业500强、中国制药企业100强名单，“现代”商标被认定为上海市著名商标。
该公司产品主要聚焦心血管治疗药、抗感染药、 内分泌系统 治疗药等三类药物，“ 阿奇霉素 ”“ 依那普利 ”等主干产品在国内市场占据较大份额，口服缓控释制剂药物在国内该领域居技术领先地位。公司两个专业平台“建立具有 过程控制 的新型 药物制剂专业 及工艺技术平台”和“ 上海 国药现代 药物集成创新技术平台”，在国家“重大新药创制”十一五计划项目评审中入选，为公司创新示范能力和行业示范效应的进一步形成提供了机遇。
公司管理
院长致辞
斗转星移五十余载，栉风沐雨；沧海桑田跨越世纪，春华秋实。当上海医药工业研究院进入21世纪10年代的时候，我们回眸来路，检阅收获；我们思源寻根，感动感恩；我们超越昨天，奋发奋进——回眸来路，一卷绚烂的图画铺展在面前。自从1957年建院以来，我们不懈探索， 路蓝缕，把上海医药工业研究院初步建设成为国内医药行业富有特色和影响力的应用型科研院所和科技型 医药企业 。
思源寻根，一曲拼搏进取的大合唱回旋耳边。我们不会忘记，以 雷兴翰 、 童村 为代表的老一辈科学家爱国爱院，培植了“求真、创新、合作、争强”和“爱国、爱院、敬业、奉献”的好传统，奠定、承担起医工院在国内医药工业界的位置和使命；我们不会忘记，以 许文思 、 周后元 、侯惠民等院士为代表的科学家，承前启后，光前裕后，推出了一系列重要成果，培养了一批中青年科技精英；我们还不会忘记，历届院党政领导班子呕心沥血、不辱使命，把我院事业不断推向新境界；我们更不会忘记，工作在研发、产业、教育、管理、服务等等岗位上的全体员工，默默实践，发光发热……
超越昨天，一部企业发展史翻开了崭新篇章。按照国务院国资委的要求和我院“一三四发展战略”，我们将努力把我院建设成为国内领先的 高科技 医药企业 ，对医药行业发挥技术辐射作用和创新示范作用，我们这一代医工院人责无旁贷。
顾后瞻前，感慨万千；弦歌不辍，任重道远。
让我们自豪着、感动着、创造着，去拥抱新的辉煌灿烂！
一个目标：成为国内领先的高科技医药企业集团。发展战略
三个支撑体系：技术创新体系、自主成果产业化体系、 人力资源 培育体系。
四个着力点：特色发展、技术领先、市场拓展、文化创新。