若昂三世（1502—1557） 葡萄牙 阿维什王朝君主。在他任内 耶稣会 的组织正式进入了 葡萄牙 。后者藉着在东方的优异表现迅速取代了圣方济各会，成为海外传教活动中的中坚力量。为了培养传教人才，他还在 1537年 的时候将数度易址的 里斯本大学 永久性的迁到了 科英布拉 ，并从 欧洲 各地聘请了大批的有水平的教师，改革了教育体制并增加了教师的补贴。 宗教裁判所 也是这位国王任内开始在葡萄牙设立的。因此他得到了“虔诚者”（o Piedoso）的雅号。
文化宗教
和父亲幸运的 曼努埃尔一世 热衷于享受新航路所带来的财富不同的是，若昂三世十分注重 天主教 在新发现地区的传播工作。
巴西开发
若昂三世在位期间，在海外发现方面有两件事情最为值得称道。一是葡萄牙人于1557年开始在澳门定居；另一件事就是巴西的 殖民化 。在曼努埃尔时期，巴西的主要作用就是 里斯本 派往 印度 的船队的中转站。还有就是向国内提供 香龙血树 和珍禽野兽。直到1530年正式的 殖民 活动才开始。就在这一年，第一批 甘蔗 被种植在了巴西的沼泽地上；第一台榨糖机也被组装了起来。1534年，若昂三世将巴西沿海地区分割成许多块 世袭 封地，赐给一些在国内没有什么土地的小贵族，以此鼓励移民和垦荒活动。到1548年，巴西沿海已经建立起来了十六个葡萄牙人聚居的村镇。除了巴西木以外，这个时候的特产又多了糖、棉花和烟叶。随着巴西的经济地位不断上升，1548年设立了总督制，第一任巴西总督托迈·德·索萨（Tomé de Sousa）于1549年带领着一千名移民和一批 耶稣会 教士来到了巴西。这批教士中有一个名叫曼努埃尔·德·诺布莱卡（Manuel de Nóbrega）的人在东南部的皮拉蒂宁卡村（aldeia de Piratininga）建立了 圣保罗 经院（Colégio de São Paulo）,这就是后来的圣保罗市。但是当时巴西的中心不在东南而在 东北 。 总督 托迈·德·索萨将 行政中心 设在了东北部的沿海城市 圣萨尔瓦多 （São Salvador ）。而经济中心则在邻近的伯南布哥（ Pernambuco ）地区。1584年有一位传教士曾经对伯南布哥的社会状况作了如下的描绘：“这里的人们富有，许多人有四万、五万甚至八万个克鲁扎多（cruzado， 葡萄牙 古货币单位；当时一个有钱人家的佣人每年才挣四个克鲁扎多）的家产；······ 这儿总共有十个到十二个糖厂老板，他们轮流设宴，每天聚在一起大吃大喝，挥霍钱财······ 总之，伯南布哥远比 里斯本 阔气。”
在 远东 的贸易日趋衰落的时候，巴西就这样开始靠着 甘蔗 和烟叶发展了起来。与葡萄牙人在 印度 的情况相反，在巴西没有任何既成的有组织的经济结构。于是以 甘蔗 种植园和榨糖厂为中心的大种植园经济便形成了。糖厂不仅是家庭、社会和经济生活的中心，而且还把移民永久的维系在了这片新的土地之上。在印度葡萄牙人想的是发笔横财早点衣锦还乡；在巴西葡萄牙人把这片土地看做是自己的第二个祖国。许多移民都是孑然一身闯荡新大陆的，安顿下来之后便迎娶当地 美洲原住民 女子为妻，从而印第安人开始进入文明社会；由于制糖业的迅速发展，劳动力日见匮乏，而印第安人由于体质不强，无法胜任繁重的工作，于是从前只是小打小闹的黑奴贸易兴盛了起来， 三角贸易 的雏形在此时形成了。
贸易大帝国
至此， 葡萄牙 的海外贸易帝国正式形成。整个帝国共分四大部分：北非帝国、东方帝国、 巴西帝国 和中南非洲帝国。除 北非 之外，东方的香料、瓷器，巴西的木材、 蔗糖 和烟叶，中南非洲的奴隶、宝石，都为葡萄牙带来了大量的财富。海外大发现对葡萄牙的影响具体说来有以下几条：
经济方面
葡萄牙人取代了 阿拉伯人 成为了 印度洋 贸易的实际控制者；这直接导致了 地中海 的衰落，而南 大西洋 取而代之成为东西方贸易的主要航道； 里斯本 发展成为 非洲 贸易和东方贸易的超级中转站 ，所有来自这些地方的商品都被运送到里斯本，在 几内亚 公司或是印度公司进行分配调度后才能发往 欧洲 各地；在贸易活动丰厚利润的吸引下，大批的农民涌入沿海城市寻找出海机会， 葡萄牙 的农业出现了衰落的迹象，国家开始依赖于海外贸易；在向其他欧洲国家出口许多异国商品的同时，本国也开始大量进口外国的产品。
社会方面
由于农业的衰落，农村劳动力的缺乏，依靠土地生存的教会和传统的贵族阶级不可避免地走向了没落 ；与此同时，从事商业活动的 资产阶级 和参与海外扩张的贵族或掌握钱财，或握有大权，成为了时代的宠儿；铺张浪费、盲目攀比的奢华之风也开始在社会上盛行；有钱人开始使用黑奴；在这片铺天盖地的铜臭味中， 中世纪 纯朴节俭的民风一去不复返了。
科技方面
在航海活动的带动下， 天文学 、数学、地图绘制技术等等都得到了长足的发展； 地理学 、 植物学 、 动物界 、医药学等方面的知识也在此背景下大大丰富了起来；欧洲人认识了新的人种、新的民族、新的风俗习惯、新的宗教形式，开阔了眼界； 葡萄牙 文化在此时打上了深深的海洋的烙印，而 葡萄牙语 也开始成为一门世界性的语言。
文艺方面
伊比利亚半岛 国家的航海活动是在 文艺复兴 的背景下进行的，反过来航海活动的发现又为文艺复兴运动注入了活力。建筑上的表现就是“曼努埃尔式”装潢的出现。文学上，记述航海活动的游记性质的散文开始流行起来，其中最著名的当属 费尔南·平托 （Fernão Mendes Pinto）记述其 远东 之行的《游记》。因为这本书大大褒扬了 中国 和 日本 的文明和富饶程度，致使 葡萄牙 人都不愿意相信；还拿作者的名字开玩笑：Fernão Mendes Pinto 变成了Fernão, Mentes?— Minto!（意即：费尔南，你撒谎吧？—对，我就是在撒谎！）。另外就是文艺复兴时代最伟大的葡萄牙诗人路易斯·德·卡蒙斯（Luís de Camões，澳门译做 路易·德贾梅士 ）了。根据当时流传在社会上的几本东方游记，再加上自己远航到 印度 和澳门的经历，他写出了歌颂 达·伽马 远航印度事迹的长篇史诗《 卢济塔尼亚人之歌 》（Os Lusíadas）。除了达·伽马的事迹之外，他还借诗中人物之口，讲述了从阿丰索·恩里克斯开国以来的 葡萄牙帝国 历史，字里行间洋溢着无比的爱国热情。据说这部史诗最精彩的篇章就是在印度和澳门写就的。至今澳门东方 葡萄牙 协会旁边的 澳门白鸽巢公园 里面，还留有当年他曾经避过雨的山洞，旁边立有纪念碑。他逝世的日期六月十日（1580年）如今被定为葡萄牙及葡人社区日（Dia de Portugal e das Comunidades Portuguesas），供全世界的葡萄牙人纪念那段辉煌的过去。比 路易·德贾梅士 稍早的吉尔·文森特（Gil Vicente）被称为“ 葡萄牙 戏剧之父”，写出了许多讽刺社会现状的戏剧作品。 意大利 诗人 弗兰齐斯科·彼特拉克 发明的 十四行诗 （Soneto）也在这个时候传入了 葡萄牙 ，被卡蒙斯等人发扬光大，一直到十九世纪也仍然是葡萄牙文坛的主流。
危机
但是，在这片繁荣背后隐藏着危机。早在曼努埃尔时代就出现端倪了。从 达·伽马 远航开始，海外发现活动便不再是某个大商人或某个王子所能负担得起的了，庞大的远洋船队，军队的粮饷和弹药等等，都必须从国库拿钱。而这些付出并没有得到完全的回报。葡萄牙人总是在世界各地碰到驻军被杀害、商行被焚烧、舰船被击沉的厄运。开始时他们的巨舰 火炮 还能形成威慑力，但是时间一久兵员不足的劣势便暴露无遗。在 印度 的几个要塞总是受到当地人或 阿拉伯人 的围攻，日后 马六甲 等地也受到了荷兰人的骚扰。要维系这些要塞的所有开支都必须从海外贸易的收益中支出。东方商品的成本一下子就高了起来。这还是能为王国带来收益的地方；超级鸡肋 北非 更是困难重重，几个据点不断受到 摩尔人 的压力。后来为了节约开支，全力经营巴西等地，若昂三世在1541年至1550年间放弃了许多北非的土地，只留下了 休达 等几个最先占领的地区。除了海外战争开支，由于国内农业萧条和奢侈的社会风气而造成的大量的进口也将葡萄牙人辛苦赚来的钱财化为了乌有。武器、服装、布匹、家具、纸张、地毯、马匹、车辆等等都需要进口，到了后来甚至造船的木材也必须用香料来换了。表面上 葡萄牙 垄断了东方的 香料贸易 ，但是实际上这种垄断没有导致任何国内生产上的进步： 16世纪结束时，葡萄牙的工业生产与13世纪相差无几。土耳其人停止侵略之后， 近东 局面稳定了下来， 地中海 的贸易又开始兴盛了。通过陆路运输到 意大利 的胡椒在欧洲市场上对通过长途海路运输的葡萄牙胡椒形成了严重的威胁， 因为胡椒经常会在潮湿的船舱里面霉烂变质。于是王国渐渐变得入不敷出。16世纪中叶，葡萄牙所亏欠的内债 外债 加起来竟有五十万克鲁扎多之巨。除了经济上的损失之外，人员的损失也相当惊人。 从 里斯本 启程时一千至一千二百人的船队，到达 果阿邦 之后往往只剩下二百人左右 。除了在路上的死亡之外，在 印度 、 马六甲 和澳门也有不少定居的葡萄牙人因为难于适应潮湿闷热的气候而患病身亡。
1557年，若昂三世还未来得及实行有效的措施来扭转这种困难的局面就身故了。由于其子先其而亡，王位由他年仅三岁的孙子 塞巴斯蒂昂一世 继承。香料帝国即将走向它的尽头了。