在国民革命军的编制序列中，历史上曾先后出现过3个第69军。
这些军队在不同的历史时期和战争中，扮演了不同的角色，经历了不同的变迁。
第一次编制
该军前身是 北洋军阀 直系 孙传芳 所属“五省联军”江苏陆军第6师和皖军第3 混成旅 。1927年3月，国民革命军 北伐 到达苏、皖境内时，江苏陆军陈调元部第6师被改编为 国民革命军第三十七军 ；皖军第3 混成旅 王普部被改编为国民革命军第27军。1929年，第37、第27军依次缩编为第55、第57师。1930年，编入 陈调元 的第1 路军 。
1937年7月， 抗日战争 全面爆发后， 中国国民党 军队进行统一整编时，将第55、第57师合编为第69军。 阮肇昌 任军长，李松山任副军长，隶属第8集团军。下辖：第55师，李松山兼任师长；第57师，阮肇昌兼任师长。该军编成后，即参加了 淞沪会战 。在此次会战中，该军伤亡严重，无力补充兵员。战后，该军番号被撤消。
第二次编制
该军前身是河北地方保安团和河北民军。1937年7月，抗日战争全面爆发后国民党军队进行统一整编时，以冀北保安司令部3个 警备队 组成第181师；1938年1月以高树勋领导的河北民军编为新编第6师。1938年3月第181师与新编第69师等部合编为第69军，隶属第10军团。 石友三 任军长， 王清翰 任副军长。下辖：第181师，石友三兼任师长；新编第6师，高树勋任师长；骑兵第9师， 郑大章 任师长。该军组成后，先后参加了 徐州会战 、豫鲁皖边地区作战等。
1939年冬，将该军改隶冀察战区时进行编制调整，将原辖骑兵第9师调归第77军建制，另将独立第13旅、新编第4旅调归该军。此次整编后，该军参加了 百师大战 作战。在此期间，该军在 中国国民党 顽固派发动 第一次反共高潮 中，参加了进攻 八路军第129师 的作战。在 卫东战役 中，该军独立第13旅大部被歼灭后该旅番号撤消，残部经收容整理后改编为新编第3旅。
1940年4月，该军隶属第39 集团军 ， 石友三 升任集团军总司令兼第69军军长， 王清翰 任副军长。此时，该军下辖：第181师， 张作霖 任师长；新编第6师，高树勋任师长；新编第3旅，黄祯泰任旅长；新编第4旅，孟昭进任旅长。1940年夏，该军由 河北省 移防鲁西南担任游击任务。同年12月，军长石友三勾结 日寇 ，阴谋投敌叛国时，被新编第6师师长高树勋诱捕活埋。
1941年1月， 中国国民党 进行整编时，该军扩编为第69军和新编 第8军 两个军。其中，以第181师和新组建的暂编第28师合编，继续保留第69军番号， 毕泽宇 任军长兼 察哈尔省 省政府主席，米文和、 王清翰 人副军长。下辖：第181师， 张作霖 任师长；暂编第28师，米文和兼任师长。
1942年春，毕泽宇被免职，由米文和任军长，朱明轩任副军长，隶属第39集团军。辖第181师，张雨亭任师长；暂编第28师，米文和兼任师长。同年，该军先后在鲁西、 皖北 、豫北边界地区进行游击作战。1943年3月，该军调往鄂西，归第2 集团军 指挥，先后参加了 鄂西会战 和 常德会战 。在常德会战后，该军撤至 枣阳市 一带担任守备任务。
1945年3月，该军隶属 国民政府 中国国民党 军事委员会直辖，由第5战区代指挥，参加了 豫西鄂北会战 。 抗日战争 胜利后，该军番号被裁减，所辖第181师改隶第55军，暂编第28师被裁减。
第三次编制
该军前身是整编第17师和整编第15师各一部。1948年8月， 国民政府国防部 为加强在 西北 战场上的军事力量，以整编第17师第84旅和整编第15师第135旅合编为整编第13师，隶属整编 国民革命军第二十九军 。谢义锋任师长，下辖：整编第84旅，欧阳明任旅长；整编第135旅，唐明德任旅长。同年9月， 国民党军 在整编时废除整编师、整编旅番号。整编第13师改编为第69军，隶属西安绥靖公署。谢义锋任军长。原辖整编第84、整编第135旅依次改称为第84、第135师。9月下旬， 西安绥靖公署 将直辖第144师拨归第69军建制，江永烈任师长。1949年，该军改隶第5兵团，在 西北 战场上，先后参加了西北春季战役、陕中战役和 西南战役 等。在西南战役中，该军第135师被人民解放军歼灭于川西新津、 邛崃市 地区；第84师投诚，第144师起义，接受人民解放军的改编。
军部旧址
国民革命军 第69军军部旧址位于原 孔子庙 和 城隍庙 附近，现存砖窑31孔（县检察院占用）和大殿五楹（农机公司库房）。 窑洞 为民国11年(1922)陕西陆军第一混成旅旅长田德勤所建，旧称柳营。大殿建于 乾隆 三十三年(1768)，原为 大成殿 。69军军部于民国24年(1935)迁至该处，年底离开，曾是张学良将军的行营。张到此就逼蒋抗日问题和69军军长 王以哲 达成协议，并和中共代表李克农几次会谈，达成联蒋抗日协议，为“ 西安事变 ”作了准备。