河道总督是 清代 主管 黄河 、运河或 海河水系 的河工行政首脑。
明朝时期
明永乐九年（1411年）遣尚书主持治河，后有时派遣侍郎、 都御史 ， 成化 七年（1471年）设河道总督（简称河督、总河），驻扎 山东省 济宁市 ，首任总河为 工部侍郎 王恕 。明初黄河为患较轻，朝廷以管理 漕运 的 都督 兼管河务。遇有 洪灾 ，临时派遣总河大臣一员前往治理，事毕即撤，并非常设。 正德 四年（1509年）规定以都御史充任。 嘉靖 十三年（1534年），以都御史加工部尚书或侍郎职衔， 隆庆 四年（1570年）加提督 军务 ， 万历 五年（1577年）改总理河漕兼提督军务，八年（1580年）废。万历三十年（1602年），朝廷将河、漕再次分职，此后直至明亡再未复合。
清朝时期
清置河道总督专官，掌管 黄河 、 京杭大运河 及 永定河 堤防、 疏浚 等事。治所在 济宁市 ，首任河督 杨方兴 。 康熙 十六年（1677年），总河衙门由山东济宁迁至江苏 淮安市 （今江苏 淮安市 ）。河道总督驻扎清江浦，一旦 武陟县 、 中牟县 一带堤工有险，往往鞭长莫及。 雍正 二年（1724年）四月，设副总河，驻河南武陟，负责河南河务，以兵部左侍郎 嵇曾筠 为首任副总河。两年后，黄河险段由 河南省 逐渐下移至 山东省 ，朝廷又将山东与河南接壤的 曹县 、 定陶区 、 单县 、 城武 等处河务交由副总河管理。雍正七年（1729年）改总河为 总督 江南 河道提督 军务 （简称江南河道总督或南河总督，管辖 江苏省 、 安徽 等地 黄河 、 淮河 、运河防治工作），副总河为总督河南、山东河道提督军务（简称 山西省 河道总督或河东总督，管辖河南、山东等地黄河、运河防治工作），分别管理南北两河。遇有两河共涉之事，两位河督协商上奏。遇有险工，则一面抢修，一面相互知会。总河则演变成南河总督，仍驻 淮安市 ；副总河演变为 河东 总督，驻扎 开封市 。
江南河道总督
江 南河 道总督全称总督江南河道提督军务，简称南河河道总督、南河总督，是 清代 设在 清江浦 （今 江苏 省 淮安市 ）的高级官员，品级为 从一品 或 正二品 ，负责江苏河道的 疏浚 及堤防。
清初只在 济宁市 设河道总督。1677年（ 康熙帝 十六年）， 靳辅 出任总河，因考虑到 淮安 是 黄河 、 淮河 、 京杭大运河 交汇处，是治河工程最重要处，而总河署所在的山东济宁距此路途遥远，往返不便，为便于及时掌握水情河势，就近指挥，于是在淮安城西北的 淮安市 原户部分司旧衙署设立行馆。 雍正 七年(1729年)，正式分设 江南 河道 总督 （简称南河总督），驻节 清江浦 ；以及 河南省 、 山东省 河道总督（东河总督），驻 济宁 。次年又增设直隶河道总督（ 北河总督 ），归 直隶总督 兼领。时 南河 总督 辖有4道、24厅、24营，河督署规模庞大。历任河督中，政绩比较显著的有 张鹏翮 、 徐端 、 黎世序 等。