碱基配对 是 脱氧核糖核酸 双螺旋结构和 核糖核酸 （单链）的基础，同时也是复制、 转录 和翻译过程的重要基础。
原理及应用
碱基配对是指 核酸 链间的 6-氨基嘌呤 和 尿嘧啶 （RNA）或 胸腺嘧啶 （DNA）以及鸟嘌呤和 胞嘧啶 通过专一性 氢键 相互结合的现象。这一现象是分子杂交技术的核心原理之一。当两个核酸链上的 碱基 按照特定规则配对时，它们会形成稳定的 核苷酸碱基对 （base pair，bp），这种配对关系常用于衡量DNA分子的大小，例如人体 线粒体 DNA的长度约为16,569bp。在碱基配对过程中，两条核酸链上相对应的碱基被称为互补碱基（complementary base），而如果这两条链的碱基序列呈反向平行配对，则它们被称作互补链（complementary strand）。其中，与 核糖核酸 互补的 脱氧核糖核酸 称为互补DNA（cDNA）。