莆田港，原名秀屿港口岸， 位于 湄洲岛 北部水域及其相关海岸线，包括莆田海关、莆田检验检疫局、莆田边检站和莆田海事局四个口岸查验单位。1999年正式对外开放，2016年成为全国进境粮食指定口岸，2017年更名为莆田港口岸，自2019年1月8日起，正式对国际航行船舶开放。根据国家规定，莆田港口岸设有查验通关生活办公、口岸无害化处理、船舶搜救及维修维护、防油防污、船舶安全通航等配套设施，由海关总署组织相关部门验收。
港口更名
国务院批复同意 秀屿港 口岸更名为 莆田 港口岸并扩大对外开放
莆田口岸扩大对外开放的申报工作，经莆田市委市政府5年多的积极努力，国务院日前批复 福建省人民政府 同意福建秀屿港口岸更名为莆田港口岸并扩大对外开放。
国务院批复文中，同意东吴港区和 湄洲岛 北部水域及其相关海岸线扩大对外开放，同意秀屿港口岸更名为莆田港口岸，并为莆田海关、莆田检验检疫局、莆田边检站和莆田海事局四个口岸查验单位共新增编制90名。批复要求 莆田市 要按照国家相关规定，建设和完善口岸现场的查验通关生活办公、口岸无害化处理、船舶搜救及维修维护、防油防污、船舶安全通航等配套设施，并由海关总署组织相关部门验收合格。
莆田 口岸扩大对外开放申报工作获得国务院同意批复，是莆田对外开放、加快美丽莆田建设的一个重要成果，也是莆田积极融入“ 一带一路 ”建设的结晶。这对于莆田进一步发展临港工业产业和口岸港口经济，发挥莆田优越港口条件，推动跨省跨市区域经济联动，弘扬 妈祖 文化，都具有重要深远的意义。
港口介绍
唐朝 以前，今 木兰溪 下游还是一片 海湾 ，今莆田城关以南便是海域。梁陈时期，在今莆城南边有 莆田市 最早的港口莆田港，唐代，港口南移，成为白湖港，港址在今 城厢区 阔口村 ，同时另开发有江口港和 秀屿港 ； 宋代 ，增加宁海港（在今 莆田县 黄石镇 ）、 枫亭港 、吉了港，白湖巷为当时 兴化 最大的港口；元代至明中期，白湖港逐渐荒废，宁海港开发成为最主要的港口；明中期以后，宁海港荒废， 涵江港 取代宁海港的地位，同时形成 三江口港 ； 清代 初期，由于“截界迁民”， 秀屿区 、吉了等港口荒废。清代后期，三江口港成为 兴化市 最大的港口。
秀屿港区
秀屿港位于 莆田市 莆头村，现为 东庄镇 所在地，兴起于 南梁 、陈年间，宋代称“黎屿”、明清谓“ 小屿 ”，后改秀屿。秀屿原为一个 小岛 ， 宋代 筑有石步长300米，明代改筑石桥长500米；明代起 秀屿港 是 莆田 、 仙游县 和 惠安县 三县货物的吞吐口岸， 明朝 廷在这里设小屿巡检司，秀屿港的海运由莆禧河泊所管理，当时秀屿港的开发已有相当规模，具有“人烟万三，居民约千余家”。 清代 ，秀屿港一度荒废。
民国17年(1928年)， 涵江区 人 林柏青 重建秀屿港码头和仓库；民国23年， 英国 万吨级货轮“新亚号”驶入秀屿港；民国27年，前下(莆田前沁、下屿)、山腰( 惠安县 辖)两盐场均在 秀屿区 设 转运站 ；民国28年， 秀屿港 码头、仓库均被日军飞机炸毁，秀屿港再度荒废。
1976年9月，交通部、铁道部、石油化工部对全国港口进行普查，把 秀屿港 选定为国家可兴建停泊5～10万吨级 轮船 的 深水港 址。1979年，秀屿港开始外贸运输业务，并对港区的土地平整开发。1980年，秀屿港第一座3000吨级的 中盐集团 码头竣工；1984年，建成煤炭码头；1985年，完成三千吨级商业码头的主体工程，同时兴建望山生活区；1986年初， 秀屿港 建滩造陆工程竣工。1987年4月，秀屿港三千吨级码头仓库工程。1988年5月，秀屿港2幢容量3000吨的粮食仓库建成。
至1991年， 秀屿港 基础设施用地开发，已有二条港口主干道，共长2.5公里。码头3个，配套用地5000平方米仓库及2万平方米堆场各1个。同时建成 莆田市 市区通往秀屿港区的35公里的 二级公路 ，还有水、电等设施先行工程。至此，港区内开发用地总面积达15万平方米，建筑占用面积5.3万平方米。港内负10米以上深水域有100平方公里。
东吴港区
东吴港（吉了港），古称鸡了港，鸡了城，位于湄洲湾中枢，今 福建省 莆田市 东埔镇 东吴村南城自然村南宫前。 宋代 地名“系蓼”， 熙宁 四年(1071年)创建，名“系蓼城”，时商贸盛行， 海船 聚泊城下。明洪武二十年(1387年)为防倭在此设吉了巡检司，重新修建寨城，周150丈，高1.8丈、厚1丈、建垛308个，警埔8个，开城门，建门楼2座。 清代 划界废毁，现存寨墙一段长116米、宽2.9米、高3.3米。
鸡了港与海峡东岸的鹿了港（今台湾鹿港）相对，都是古代的著名港口。鸡了港（东吴港）开港于宋代，位于东埔镇东吴村南城自然村南宫前。明初改称吉蓼港，曾为吉蓼巡检司驻地和南日水寨兵船驻扎港；清初沿海截界，居民悉迁涉 涵江区 ，港口荒废，复界后易称吉了港，港务渐兴；民国年间，公路运输业兴起，该港货运量减少，唯 渔船 时有与 台湾省 通航；建国后改称东吴港。
莆田市 民间至今还在用的一句口头禅：一日行鸡了，三日讲不了。意思是一天去鸡了城回来，所见所闻三天都说不完。说明鸡了城当时的繁华景象。
三江口港区
三江口港 位于 涵江区 新浦村 。兴起于明代中期， 清代 后期成为 兴化市 最大港口，清 光绪 二十五年(1899年)， 日本 轮船 “纪摄丸”号驶入 三江口港 ，这是兴化港口接纳的第一艘外轮。 中国抗日战争 时期， 福州市 、 厦门市 等大港口均被日军封锁，三江口港盛极一时， 涵江区 成为闽中经济中心，号称“小上海”。中华人民共和国成立后，三江口港作为省内的转运港，于1979年12月重新办理外运业务。1985年， 三江港 被列为 湄洲湾 的中转疏运港。
1987年4月，作为 秀屿港 配套工程， 三江口港 建成2座500吨级泊位码头；同时，开始港口周围土地的开发，拆迁扩建货场，并配套1万伏高压线路和 萩芦溪 引水工程，及涵江至三江口公路的扩建工程。至1991年，建有500吨级浮码头1个，驳船码头3个(有三江口、美尾、桥兜)，仓库3个，堆货场3处。港区总体面积6738平方米，港区水域面积18万平方米，另有两个附属港区，其中一个是上游1.5公里的桥兜港区，水域面积为1.6万平方米。
枫亭港区
枫亭港区位于 湄洲湾 西北部，地处 仙游县 枫亭镇 枫慈溪入海口北岸的霞桥。 宋代 ， 枫亭港 是 兴化市 重要贸易港口。民国17年，涵江林伯青重建 秀屿区 港码头后，枫亭港成为自秀屿入 仙游 海运的中转站；民国28年， 秀屿港 被日机炸毁，枫亭港成为 莆田市 南部的贸易港口。1980年，枫亭港区划入湄洲湾 航运 建设的配套附属港；1985年，开发牛头湾为新港区，成为枫亭港区的主要口岸；1987年，建成牛头湾港区500吨级泊位码头1座，作为秀屿港的配套工程，至1991年，枫亭港区有霞桥、陡门、牛头湾三个港口，霞桥、陡门两码头是50吨级泊位，还有配套仓库4个，牛头湾至沧溪公路2.5公里。
各小港区
涵江港
涵江港 位于涵江市区。兴起于 唐朝 ，宋时称端明港，元代继白湖、 宁海县 两港成为 兴化市 的主要口岸。明代 永乐 年间(1403～1424年)，曾盛极一时； 清代 ， 三江口港 兴起， 涵江港 成为商业码头。中华人民共和国成立后，涵江港的 航运 业务为三江口港所取代。港区有海岑前和新开河两条港道，建有码头8个，共9个泊位，全长380米，有仓库17座。
文甲港
文甲港 位于 湄洲湾 口北岸与 平海湾 交界处的忠门镇文甲村，为 湄洲岛 至大陆的渡口，码头以客运为主，有简易码头1座，长54米，轮渡站房1座，用地面积300平方米。
宫下港
湄洲岛宫下港 位于湄洲岛 宫下村 ，与 文甲港 隔海峡相望，为湄洲岛通往文甲进入大陆的口岸，有简易斜坡客运码头1座，长82米，交通船小码头1座，长28米。
江口港
江口港 位于 萩芦溪 下游出海口的右岸，面对福清 桥尾村 ，水域面积9万平方米，有80米长的码头1座，泊位3个。
南日港
南日岛 港 位于南日岛山初村，水域面积13.68万平方米，有码头3处：万隆客运码头，占地面积310平方米；海军新码头，占地面积102平方米；坑口码头，占地面积220平方米。
石城港
石城港 位于 埭头镇 东端石城村，港口有东际下码头(南码头)和后江码头(北码头)2座，均为客运码头，水域面积12万平方米。
东潘港
东潘码头 位于 平海湾 顶西部的东潘村，有盐运码头1座，长200米，泊位3个，水域面积3万平方米。
前海港
前海港 位于 东峤镇 莆田盐场内，为盐场的食盐运输港之一。水域面积9000平方米，设有码头，利用自然海岸线进行装卸作业。
后海港
后海港 位于 东峤镇上塘村 ，为莆田盐场惟一通往三江口的直线港，有石砌岸线长100米，1982年，兴建后海围垦工程后，后海港不再使用。