王敦之乱，又称王敦之叛， 是南京地区有史以来发生的第一次大规模内战，战争爆发于晋元帝永昌元年（公元322年），结束于晋明帝太宁二年（ 公元324年 ）。
王敦之乱是因为司马睿为了维护皇权，开始削弱琅琊王氏的影响力，提拔其他士族人士以制衡王氏。这引起了 王敦 的不满，他作为琅琊王氏的重要成员，手握重兵，对司马睿的决策感到愤怒。王敦之乱在短短三年内，由两个不同皇帝对同一叛臣打的两场战争，第一仗由出身琅琊王氏的权臣王敦挑起战火，最后叛臣大获全胜，晋元帝含恨而死。第二仗晋明帝先发制人，将王敦打得落花流水。王敦亦因战局不利病发身亡，他的主要党羽无一幸免，全被消灭。
起因
王敦与堂弟 王导 都是 东晋 的开国功臣，当日仍是 琅邪王 的晋元帝 司马睿 初镇建康时仍没有威望， 江南 士族以至平民都无人理会他，王导与王敦则为他建立威望，建立起在南方较安定地方的一个朝廷。王导主掌政策事务，而 王敦 则掌握军事力量，对东晋建立有极大的贡献，当时的人更称“ 王与马 ，共天下。”可见王氏的地位和影响力。
但东晋建立后， 司马睿 希望减弱琅琊王氏的影响力，于是提拔 刘隗 、 刁协 等其他士族人士，用以制衡王氏势力。司马睿亦忌惮掌握军事大权的王敦，亦疏远了曾经极力扶持自己的 王导 。同时，王敦亦渐见专擅，如自行选置 属下 州郡官员，自行加任割据险处的何钦为将军，更意图安插亲信任州刺史。这些事都让 司马睿 感到厌恶，而王敦亦对司马睿的 反抗行为 大为不快。
同时，受司马睿重用的刘隗亦不喜欢见到王氏的坐大，要求司马睿削弱 王敦 ，并提议以宗室 司马承 任 湘州 刺史，出镇湘州，后王敦写信劝刘隗与他修好，刘隗亦拒绝。 司马睿 亦为防备王敦，让 刘隗 和 戴渊 以防备北方 胡人 为名领兵出镇，这都令王敦十分愤怒。 太兴 四年（321年） 河南省 刺史 祖逖 病逝，令王敦以为再无人可以在军事上威胁他，最终决意举兵动乱。
经过
举兵内向
永昌 元年（322年），王敦举兵向 建康 前进，以诛刘隗为名并上奏刘隗的罪状。王敦党羽 沈充 亦在 吴兴 举兵响应王敦。王敦到 芜湖 时又上奏另一位宠臣 刁协 的罪状。 司马睿 对 王敦 的行为十分愤怒，于是决意与他决战，要亲率六军与王敦对抗，并召命刘隗和戴渊回建康准备防卫王敦的进攻，又下令斩杀王敦就可封为五千户侯。在朝中任光禄勋的王敦兄长 王含 见此偷偷乘船投奔王敦。
王敦同时呼唤 梁州 刺史 甘卓 ，请他一同进攻，甘卓原本答应但最终甘卓都没有前来，更派 参军 孙双谏止王敦，王敦大惊并以 公爵 之位请求甘卓支持，甘卓对他的立场犹豫不决。王敦又请 司马承 任军司，但司马承拒绝，更派 主簿 邓骞 到 襄阳 劝 甘卓 反对王敦，支持朝廷。虽然邓骞多番规劝，但甘卓仍然不能决定立场。 王敦 见甘卓犹豫不决，害怕他在背后反对自己，于是派参军 乐道融 去请甘卓前来支持。但乐道融愤恨 王敦 目无君上，图谋夺位的行为，于是背叛王敦，要甘卓与他合作，袭击王敦的根据地 武昌 。 甘卓 听后终于有了决定，于是派 巴东 监军柳纯、 南平 太守 夏侯承 、 宜都 太守谭该等人称王敦叛逆，率兵讨伐，又派 参军 司马赞 和孙双到台城上报，甘卓因而获任命为 镇南大将军 、侍中、 都督 荆梁二州诸军事，荆州牧，梁州 刺史 ；罗英被派到到 广州 与 陶侃 相会，陶侃后即派参军高宝率兵北上。 武昌 城中传闻甘卓军已到，众人大惊而离散。
王敦 所派的南蛮 校尉 魏乂率军二万进攻 长沙郡 治所 长沙市 ，因长沙城城池不稳固而又缺乏军需储备，众人都十分恐惧，有人更劝 司马承 投靠陶侃或退守 永州市 或 桂阳县 ，但司马承坚持要婴城固守。 甘卓 写书司马承要出兵 口断绝 王敦 归路，藉以解除长沙之围，但司马承劝他直接攻击王敦。同时王敦亦派甘卬向甘卓求和，甘卓再次犹豫，在猪口停驻了数十日仍不前进。
被召还 建康 防守的 刘隗 回京时受到百官在道上欢迎，意气自若。入宫后与 刁协 要求 司马睿 因王敦叛乱而尽诛王氏，但遭到拒绝，刘隗因而有惧色。同时 王导 亦率宗族子弟二十多人请罪，都被司马睿原谅。王导任前锋 大 都督 ， 戴渊 任 骠骑将军 ， 周札 为 右将军 、都督石头诸军事。又命 王廙 劝止 王敦 ，但王敦不听，更留下王 自行任用。王敦逼近建康时，刘隗被指 守 金城 ，周札守 石头城 ，司马睿亲自领军在城郊准备迎战。
建康陷落
王敦兵临 石头城 ，打算进攻金城，打击刘隗。但部将杜弘认为 刘隗 死士 众多，不易攻克，建议先攻石头城；又认为周札少有恩德，士众不服他，易于攻克，而石头城一旦被击破，刘隗就会退走。王敦听从并进攻石头城，周札开城门投降。王敦因而占据石头城。 司马睿 于是命刘隗、 戴渊 、 刁协 、 王导 、 周顗 、 郭逸 和 虞潭 等率军进攻 石头城 ，但都被王敦军打败。太子 司马绍 知道诸军兵败后打算亲率将士决一死战，但被太子中庶子 温峤 谏止。
王敦 在 石头城 中拥兵，不入宫朝见司马睿，更放纵士卒四处抢掠，当地大乱，官员都逃走，只余下安东将军 刘超 率众与两名侍中侍奉司马睿。司马睿亦只好脱下戎服，派使者向王敦求和。同时，兵败的刁协和 刘隗 回宫见司马睿，司马睿流着泪劝二人快点逃走避祸，更给予二人人马让他们逃走。但刁协因年老而不能骑马，亦对人无恩情， 刘奭 召募刁协随从时竟然全都推辞。刁协行到江乘时被杀，首级被送到王敦那里；刘隗则领家属北逃至 后赵 。
不久在 吴兴 响应 王敦 的 沈充 攻破 吴国 ，杀害吴国内史 张茂 。
专掌朝政
司马睿 后命令百宫到 石头城 见 王敦 。及后任命王敦为 丞相 、 都督 中外诸军、 录尚书事 、 江州 牧、封 武昌 郡公；王敦假意辞让。及攻破 建康 ，王敦责备说："不听我的话，几乎灭族。" 王导 仍然不理睬，王敦没办法。王敦见太子为人勇敢而有略，朝野中人都支持他，王敦于是打算以不孝为名废了他，以免日后阻碍自己专政，但遭到 温峤 的大力反对，其他人亦同意温峤，王敦无法得逞。但王敦却因 周顗 和 戴渊 二人有很高的名声和才能而十分忌惮，将二人杀害。 王敦 亦更置百官及军镇，影响数百人，但决策朝令夕改，只是随心而作。不久 王敦 即回到武昌，并遥控朝政。后又自行加领宁、益二州 都督 。
甘卓 知道 王敦 得胜并杀害周顗等人后，又得到王敦命 台城 所发的驺虞幡，声言害怕他攻击 武昌 会逼王敦劫持皇帝，于是决心撤回 襄阳市 。 都尉 秦康和 乐道融 劝甘卓分兵截断彭泽湖口，断绝王敦在 武昌 和 建康 两批的军队的接触支援，让王敦士众自动离散。但甘卓十分坚决，断然拒绝。
同时，攻打 长沙市 的魏乂手下捕捉了 司马承 派出求援的 周该 和 周崎 ，魏乂向周崎说 王敦 已击败朝廷军队，主掌 建康 朝政，而甘卓亦已回襄阳，援军不会再来，要周崎去劝降，瓦解军心。周崎假意答应但却和城中人说援军快到，鼓励继续坚守，最终遭到杀害，周该亦被拷问至死。及 北魏 乂攻击转猛，又将 王敦 送来的朝廷文章射入城内，城内的人知到朝廷战败都十分惆怅的惋惜。两军攻守一百多日后， 衡阳市 太守 刘翼 战死，士卒死伤枕藉，最终都被攻破，捕掳司马承等人，又杀害谯王长史 虞悝 。魏乂又以槛车送 司马承 和 陵县令 易雄 到 武昌 ， 王廙 受 王敦 之命在途中杀害司马承。易雄到 武昌 后仍然意志高亢，没有惧色，王敦畏惧他言辞刚正，将他释放，但王敦不久即派人将他暗杀。
甘卓 到 襄阳 后，家人都劝他防备王敦，但甘卓不听，命手下士兵解甲耕作，每听到防备王敦的谏言都会大怒。襄阳 知府 周虑受了王敦的密令，假称湖中有很多鱼，要甘卓将手下士兵都派去捕鱼。及 后周 虑领兵在甘卓寝室袭击甘卓，并将 他杀死 ，斩下头颅送交 王敦 ，又杀害甘卓的几名儿子。后王敦任命 周抚 代替甘卓的位置。
王敦 掌握朝政后，四方的 朝贡 大多都进了他的府第，同时将相州牧的任命皆由他掌握，所任用的都是他的亲信或琅琊王氏的族人。同时又以 沈充 和 钱凤 为谋主，二人的计谋都会听从。又任用诸葛瑶、 邓岳 、周抚、 李恒 、谢雍等人，更纵容沈充等人胡作非为。王敦堂弟 王棱 多次劝谏王敦，却遭到王敦暗杀。同年 司马睿 忧愤成疾，最终病死，由太子 司马绍 继位。
图谋篡位
太宁元年（323年）， 王敦 谋求篡位，讽谏朝廷征召自己，司马绍于是手诏征召王敦。 王敦 及后移镇 姑孰 。司马绍因畏惧 王敦 ，想以 郗鉴 作为外援，于是任命郗鉴为 兖州 刺史 ， 都督 扬州江西诸军事，并镇守 合肥 。王敦忌惮郗鉴，表他为 尚书令 还朝，途中王敦与郗鉴相会，二人意见不合，不再见面但仍强留郗鉴。王敦党众劝王敦杀死郗鉴，但王敦不肯。及后郗鉴回朝，与司马绍共谋讨伐王敦。
王敦侄儿 王允之 受王敦喜爱，经常跟随着王敦。一次王敦在夜里与亲近的人一起喝酒，王允之称醉倒下，王敦则与 钱凤 商讨叛逆篡位的事，王允之于是听到全部内容，及后当场呕吐大作。钱凤走后， 王敦 再看王允之，见他呕吐得衣身都沾污了，以为他己醉得不省人事，不再怀疑。及后王允之要求去见当时在朝中任廷尉的父亲 王舒 ，到后则将王敦的图谋告诉父亲， 王舒 于是与 王导 一同报告 司马绍 ，暗中作好准备。
此时王敦集团继续为篡位作准备，如 周札 一族在当时十分强盛，共有五人获封侯，是最大势力的 江南 士族，王敦因而十分忌惮 周氏 。王敦于此时患病，钱凤劝他铲除周氏，王敦同意。又因 周嵩 因王敦在上一年杀害其兄 周顗 而怀恨在心，称王敦的指定继承人 王应 不宜领兵，令王敦十分厌恶。最终 王敦 于次年诬陷周嵩与侄儿周 与当时一名施行法术的道士李脱图谋不轨，将他们收捕处死。另 王敦 又派 参军 贺鸾与在 吴国 的 沈充 一同尽杀周札的家人，又进兵 会稽郡 ，周札在对战中遇害。王敦又杀害冉曾、公乘雄等数名 司马睿 的腹心。
晋室反击
王敦的病愈来愈严重，于是矫诏让王应任 武卫 将军，作为自己副手，又任命 王含 为 骠骑将军 ， 开府仪同三司 。 钱凤 一次问王敦一旦他身故，是否应一致拥戴王应，将所有事交给他。王敦说今天做的不是非常的事，不是常人可以担当，而 王应 年少，不能担当大事。说他死了以后，上计是解兵回归朝廷；中计则是退守 武昌 ，拥兵自守；下计则是谋反动乱，颠覆朝廷。钱凤却认为下计才是最好的计谋，与 沈充 决定在 王敦 死后发动叛乱。及后 丹阳 尹出缺，王敦表 温峤 为丹阳尹，意图借此监视朝廷动静；但温峤却向 司马绍 报告王敦的图谋，更与 庾亮 一同策划讨伐王敦的计划，令王敦大怒。
司马绍知道王敦病重的消息后，一方面派人去问候王敦，另一方面却微服到 芜湖 观察王敦的营垒，又向大臣询问王敦的起居。后问光禄勋 应詹 应否讨伐，应詹劝他讨伐，于是决定了进攻，加 司徒 王导 为 大都督 ，领 扬州 刺史 ；以温峤和 卞敦 守 石头城 ，应詹守 朱雀桥 ， 郗鉴 都督 从驾诸军事。另亦召命 临淮 知府 苏峻 、 兖州 刺史 刘遐 、 徐州市 刺史 王邃 、 河南省 刺史 祖约 、 扬州市 太守 陶瞻 一同入 建康 保卫建康并助讨 王敦 。
王导带领子弟为 王敦 发丧，而 司马绍 亦假称王敦已死，下诏讨伐王敦的党羽；众人都以为王敦已死，士气增强。王敦接诏后大怒，但因病重而不能领兵，于是命 王含 为元帅，命 钱凤 与 冠军将军 邓岳 及 周抚 领兵攻向建康，并以诛杀奸臣 温峤 为名号。王含水陆并进，领五万兵到 江宁 南岸，逼近 建康 ，众人惊惧，温峤移驻北岸，并烧毁朱雀桁，令王含不能渡过 秦淮河 攻击。 王导 期间曾试图劝降王含，但王含没有回答。后司马绍率诸军出屯南皇堂。并在一夜招募壮士，派将军 段秀 和中军 司马 曹浑 等率千兵渡过秦淮河，攻其不备。后即在清晨在 越战 与 王含 交战，大破王含军，并斩将领何康。
王敦 知道 王含 兵败后大怒，更试图要起身领军反攻，但因病重而不能起身。 钱凤 后亦到 江宁区 南岸，与司马绍所率诸军交战，频频战败。王敦知自己不久人世，向 少府 羊鉴 和 王应 要求在他死后要先置文武百官才办丧事。不久 王敦 病逝，王应秘不发丧，用蜡处理尸体并埋在屋中就与诸葛瑶等纵情声色。
司马绍 亦曾派人以 司空 之位引诱 沈充 归降，但沈充拒绝，领兵攻向 建康 。早前宗正卿 虞潭 因病回 会稽郡 ，听闻沈充起兵后即在 余姚市 起兵讨伐沈充，司马绍于是任命虞潭为会稽内史。前安东将军 刘超 和 宣城市 内史 钟雅 亦起兵讨伐 王敦 ；义兴人周蹇亦杀王敦任命的 知府 刘芳 ， 祖约 亦驱逐王敦任命的 淮南 太守任台。沈充及后带领一万多兵与王含军会合， 司马 顾 献计沈充，上计建议他引湖水灌入建康，乘 水势 以 水军 入城；中计建议他集合兵众，全力进攻；下计为杀死 钱凤 归降，但沈充都不接纳。及后 刘遐 和 苏峻 等军来到， 沈充 与钱凤打算趁远度南下的刘遐等军疲乏而攻击，于是领兵渡过 秦淮河 ，护 应詹 、赵 等领兵抵抗但不果。沈充和钱凤及后到达宣阳门，遭到刘遐和苏峻击破，刘遐及后又在青溪大破沈充。
当时 寻阳 知府 周光 因 王敦 兴兵而领数千人赶来，到后求见王敦，但王应以王敦患病而推却，周光于是推论王敦已死，更向哥哥 周抚 说：“王敦已死，你为何仍与钱凤等人一起做逆贼？”各部众听后都感到愕然。 王含 见多次战败，决定烧营逃走， 司马绍 回宫大赦，但王敦党众不赦，并命诸将追击王敦各党羽，如派 庾亮 督 苏峻 等追击 沈充 ， 温峤 督 刘遐 等追击王含、 钱凤 。王含当时想到 荆州市 投靠 王舒 ，但 王应 认为到 江州 投靠 王彬 更好，王含不听从王应所说而投奔荆州。王含与儿子乘船到荆州， 王舒 派兵迎接，但其实是命人推他们进江水中溺死。 王敦 尸首被起出，焚毁衣服并跪着斩下头颅示众。钱凤到阖庐洲时被周光杀死；沈充则误入旧将吴儒的家，被吴儒杀死，并传首至 建康 ，与王敦的头一同挂在 朱雀 桁上。至此王敦之乱正式结束。
影响
王敦之乱期间， 东晋 集中应付内斗，对于北方的侵扰都没有力量去应付，导致 后赵 在王敦之乱期间夺取了东晋 兖州 、 徐州 和 豫州 的大片土地。
苏峻 凭借协力平定王敦之乱而有功获封赏，并且威望渐长，军事力量强大。但同时苏峻亦骄傲自满，甚至有异心，最终导致了后来的苏峻之乱。
王敦 势力被消灭,并未使司马氏的权力得到加强, 东晋 政治依然是主弱臣强。那些南北士族纷纷扩大了权力, 填补王敦败亡之后政治上的空白。新的士族权臣间为扩大家族集团利益而争斗。