《史记索隐》是由 唐朝 司马贞 撰写，是较早以“索隐”命名的著作，共三十卷， 是对《史记》的重要注释。司马贞在《 史记集解 》的基础上，对《史记》中的疑难问题进行了深入的探讨和解释。他注重音韵训诂，对《 史记 》中的古字、古音进行了详细的考证，为理解《史记》的语言特点提供了重要的参考。 《史记索隐》今有明末 毛晋 汲古阁单刻本三十卷， 清华大学图书馆 藏。《索隐》单刻本保存大量《史记》及《索隐》异文， 张文虎 校刊金陵 书局本 《史记》，《索隐》主要依据此本。
创作背景
据《太史公自序》和《汉书·司马迁传》，《史记》写成后，“藏之名山，副在京师”，司马迁殁后，其书稍出，“ 汉宣帝 时，迁外孙平通侯杨恽祖述其书，遂宣布焉”。 魏晋 ，《 史记 》流传稍广。晋末 徐广 ，研核众本，兼作训释，作《史记音义》。 刘宋 裴骃 ，增演徐氏，采经传百家并先儒之说，作《 史记集解 》；至 唐朝 ， 司马贞 作《史记索隐》， 张守节 作《 史记正义 》，二人在裴骃《集解》基础之上探求异文，考证史实，训释音义，《史记》三家注由此具备，奠定了《史记》通行文本的基础。
作者简介
司马贞，字子正，自号小司马。新旧唐书无传，生平事迹不详。据《史记索隐序》自题“ 朝散大夫 国子博士弘文馆学士 河内 司马贞”，可知他是河内(今河南沁阳)人。据《 唐书经籍志 》，他还做过润 (今江苏镇江) 长史 。司马贞撰《史记索隐》30卷，今三家注合刻本通行于世。
史记索隐序
朝散大夫国子博士弘文馆学士河内 司马贞 。
史记者，汉太史 司马迁 父子之所述也。迁自以承五百之运、继 春秋 而 是史。其裹贬 实，颇亚于 左丘明 之书。于是上始 黄帝 ，下讫 天汉 ，作十二本纪、十表、八书、三十系家、七十 列传 ，凡一百三十篇。 【考证】司马贞 华人 ，讳世作系，下文系本亦世本也，全文仿之。 始变左氏之体。而年载悠邈，简册阙遗，勒成一家，其勤至矣。又其属橐，先据左氏《 国语 》《 世本 》《 战国策 》《 楚汉春秋 》及 诸子百家 之书，而后贯穿经传，驰骋古今，错综隐括，各使成一国一家之事。故其意难究详矣。比于《班书》，微为古质，故汉晋名贤，未知见重，所以 魏文侯 听古乐，则唯恐卧， 【考证】事见礼乐记，史记乐书。 良有以也。逮至晋末，有 中散大夫 东莞市 徐广 ，始考异同，作《音义》十三卷。
宋外兵 参军 裴 ，又取经传训释作集解，合为八十卷，虽 见微意，而未穷讨论。 南齐 轻车 录事 邹诞生，亦作《音义》三卷，音则微殊，义乃更略，而后其学中废。 贞观 中， 谏议大夫 崇贤馆学士 刘伯庄 ，达学宏才，钩深探 ，又作《音义》二十卷，比于徐、邹，音则具矣，残文错节，异音微义，虽知独善，不见旁通。 乾隆 四年经史馆校刊本，音作旨。 欲使后人从何准的，贞 闻陋识，颇事钻研。而家传是书，不敢失坠，初欲改更舛错，裨补疏遗，义有未通，兼重注述。然以此书残缺虽多，实为古史。忽加穿凿，难允物情。今止探求异闻，采摭典故，解其所示解，申其所未申者，释文演注，又重述赞。凡三十卷，号曰《史记索隐》。虽未敢藏之书府，亦欲以贻厥孙谋云。
考证
钱大昕 曰： 司马贞 注 高祖 纪母曰刘 云，近有人云母温氏。贞时打得 班固 泗河 亭长古碑文，其字分明作温字，云母温氏，贞与贾 复、徐彦博、 魏奉古 等执对反复，沈叹古人未闻。按膺复当作膺福，先天二年，为右 散骑常侍 昭文馆学士，以预 太平公主 逆谋诛。今 沁阳市 有大云寺碑，即膺福书也。徐彦博卒于 开元 二年，见《 旧唐书 》本传。而司马贞、 张守节 二人，《 新唐书 》《旧唐书》无传，守节《正义序》，称开元二十四年八月， 杀青 斯竟，而小司马两序则不载撰述年月。以此注验之，其与贾、徐诸人谈议，当在中睿之世，计 陈维崧 辈，似在张守节之前，补《 全本史记 》序自题“国子博士弘文馆学士”。
唐制，弘文馆皆以他官兼领，五品以上为学士，六品以下曰直学士，国子博士，系 正五品 上，故得学士之称。 神龙 以后，避孝敬皇帝讳，或称昭文，或称修文。 开元 七年，仍为弘文， 司马贞 充学士，盖在开元七年以后也。《唐书·刘知几传》：“开元初，尝议《 孝经 》 孝明皇后 学，非康成注，当以 文言文 为正；《易》无子夏传；《老子书》无河上公注。请存王弼学。宰相 朱璟 等不然其论，奏与诸儒辨质，博士司马贞等其黜其言，请二家兼行，唯 卜商 《 易传 》请罢。诏可。”又考《唐艺文志》称“开元润州 长史 ，盖由弘文馆出为别驾，遂蹭蹬以死也。”
史籍记载
《史记索隐》·三十卷（江苏巡抚采进本）
唐司马贞撰。贞， 河内 人，开元中官朝散大夫、弘文馆学士。贞初受《 全本史记 》於崇文馆学士张嘉会，病 褚少孙 补 司马迁 书多伤踳驳。又 裴骃 《集解》旧有《音义》，年远散佚。诸家《音义》 延笃 音隐，邹诞生、 柳䛒 等书亦失传，而 刘伯庄 、 许子儒 等又多疏漏。乃因裴骃《集解》，撰为此书。首注《骃序》一篇，载其全文。其注司马迁书，则如 陆德明 《 经典释文 》之例，惟标所注之字，盖经传别行之古法。凡二十八卷。末二卷为述赞一百三十篇，及《补史记条例》。
欲降《 秦本纪 》《 项羽本纪 》为世家，而《吕后》《孝惠》各为《本纪》。补《曹》《许》《邾[zhū]》《吴芮》《吴濞》《淮南》世家，而降《陈涉》於《列传》。《萧何》《曹参》《张良》《周勃》《五宗》《三王》各为一传，而附《国侨》《羊舌肸》於《管晏》，附《尹喜》《庄周》於《 道德经 》，附《韩非》於《商鞅》，附《鲁仲连》於《田单》，附《宋玉》於《屈原》，附《邹阳》《枚乘》於《贾生》。又谓《司马相如》《汲郑》传不宜在《西南夷》后，《大宛传》不合在《游侠》《酷吏》之间，欲更其次第。其言皆有条理。至谓 司马迁 《述赞》不安，而别为之，则未喻言外之旨。
终以《 三皇本纪 》，自为之注，亦未合阙疑传信之意也。此书本于《 全本史记 》之外别行。及明代刊刻监本，合 裴骃 、 张守节 及此书散入句下，恣意删削。如《 高祖本纪 》“母媪”“母温”之辨，有关考证者，乃以其有异旧说，除去不载。又如《燕世家》“启攻益事”，贞注曰：“经传无闻，未知其由。”虽失於考据《 竹书纪年 》（案今本《竹书》不载此事，此据《晋书·束晳[xī]传》所引），亦当存其原文。乃以为冗句，亦删汰之。此类不一，漏略殊甚。然至今沿为定本，与成矩所刊 朱熹 《 周易本义 》，人人明知其非，而积重不可复返。此单行之本，为 北宋 秘省刊板， 毛晋 得而重刻者。录而存之，犹可以见司马氏之旧，而正明人之疏舛焉。