杂菌是在微生物的分离、及纯培养过程中出现的与分离培养菌种不同的其他菌种。在食用菌栽培过程中，常常会出现多种多样的 有害生物 和非生物的干扰的情况。
食用菌生产中常见的杂菌主要有： 木霉 、 青霉 、 毛霉 、 根霉 、 链孢霉 、 曲霉属 、 镰刀菌属 、酵母菌、鬼伞、竞争性杂菌（包括褐轮韧革菌、牛皮 、红栓菌、 绒毛栓菌 、野生革耳）、细菌性病害、病毒性病害、 线虫 病害、粘菌病害、 藻类 病害和生理性病害等。
分辨
在食用菌栽培过程中，常常会发生出现杂菌的情况。菇农们都认为杂菌是生产中的大敌，必须提前认识预防，并有针对性的防治，才能保丰收。
1、竞争性杂菌主要是一些腐生性真菌，在培养料中与食用菌争夺养料、水分和 氧气 等，尤其是在栽培管理中的早期阶段更易侵占菌块，分泌毒素，抑制食用菌体的扩展和蔓延。
2、侵染性与非侵染性病害侵染性病害包括真菌、细菌病害和线虫病害等，它们都可以侵染食用菌体，造成 菌丝 萎缩和子实体腐烂。非侵染性病害主要是由一些不适宜的 物理化学 因素，如 营养不良 、水分供应失调、温度过高或过低、日照过强或不足及有害物质引起的中毒所造成的生理紊乱。
3、竞争性杂菌包括 青霉 、 木霉 、 曲霉属 、 链孢霉 、 毛霉 和 根霉 等。在栽培过程中可以从杂菌的颜色、气味、拮抗线三个方面来识别。
污染
杂菌侵入的途径不外乎是原料、菌种、空气、设备、操作等五个方面。
(1) 培养基 原料方面产酶发酵用的原料，如水和天然农产品中，含有多种微生物。如果培养基灭菌不彻底，就会从原料中带入杂菌。
(2)菌种方面发酵用的微生物种子，都是从保藏的 纯种 开始，经过多次扩大培养而得。如果保藏的菌种不纯，本身就有杂菌；或者在几次扩大培养过程中带有杂菌；或者种子和接种管道灭菌不彻底等都是导致种子带菌的原因。
(3)无菌空气方面天然空气中经常带有各种各样的微生物，空气中的微生物大多是 霉菌 、酵母菌的孢子，杆菌的 芽孢 以及某些 球菌 。若无菌空气制备不严格，油水分离不净，造成过滤介质潮湿，或者设备有 渗漏 等现象，都会引起空气除菌不彻底而带菌。
(4)设备方面若 发酵罐 的结构上死角多， 管道 安装不合理，这些都是可能导致杂菌污染的途径。
(5)无菌操作方面 培养基 的灭菌不彻底，接种操作不严格，或者在种子培养、发酵时误操作等，都会造成杂菌污染。
识别方法
颜色
从颜色上来识别：不同的微生物颜色是不同的，特别是常见的 霉菌 ，者惧有不同颜色的 分生孢子 ，这是简易区分的方法。常见的 青霉 为青绿色，是发生最多的丝状菌，25℃以上均能生长，初期 菌丝 呈白色，逐渐成熟而出现绿色孢子，主要是接种时操作不严密或棉塞过湿所致，在高湿不通气环境中培养最易发生。 木霉 为绿色，初期呈白色斑块，以后逐渐产生绿色孢子，菌块中央是深绿色，向外逐渐变浅，边缘呈白色，多发生于偏酸的环境中，25℃以上生长迅速。 曲霉属 与青霉相似，初期为白色，随成熟而呈黑、黄、绿色，28℃左右生长迅速。 根霉 开始呈灰白色 蜘蛛 状菌丝，以后产生黑色 孢子囊 ，繁殖力很强，在 培养基 上全面繁殖，多发生于空气湿度大，料内含水量大，通风不良时。毛霉 菌丝 白色较长，有的长达3～10厘米， 菌落 稀疏，易与食用菌相区别，菌丝生长较陕，多在高温、高湿、通气不良的条件下生长。 链孢霉 的菌丝疏松，较长，白色， 分生孢子 梗双叉分枝；分生孢子单细孢，球形 成链 ，红色或粉红色，常发生在淀粉基质上如玉米、 玉米棒 上。链孢霉经常发生在制种时的菌瓶内棉塞上，或培养料上，尤其在30℃以上高温高湿条件下发生最快。其他常见的细菌都是不具菌丝结构，一般在培养料面呈浓状物。
气味
从气味上来识别： 平菇 菌一般都具有菇香味或杏仁香味。而各种杂菌都具有各自的气味，多数表现为酸、臭、霉和氨味， 霉菌 多为大同小异的霉气味，而酵母菌多呈酸臭味。其他产氨细菌则多表现为 氨水 味。
拮抗线
从培养料表面的拮抗线来识别：平菇 菌丝 和杂菌在生长过程中，两种菌丝的交界处，常出现一条洁白的白线，如同地图上的分界线，这条线就叫做拮抗线。通过这条线和接种部位、颜色、气味等条件即可识别哪一方是平菇菌丝，哪一方是杂菌，发生的杂菌是属于哪种类型。
危害
杂菌对 天麻 危害很大，如不及时防治会造成很大损失。因此，只有防止杂菌侵染，才能保证天麻丰收。防治杂菌危害，首先必须会区分什么是 蜜环菌 ，什么是杂菌，因为它们都生长菌索而且都能危害木材。如果误用菌棒，就会造成减产。
防治方法
1、不要在杂菌窝栽植，可选 地黄 栽 天麻 ，减少重茬引起的杂菌污染。
2、杂菌种类较多，有的在土壤水分较大、通气不良的条件下容易生长，有的在浇不到水的地方易生长。如室内栽的天麻，由于浇水不匀，在浇不到的地方长杂菌。而水分适宜的地方蜜环菌生长旺盛，杂菌就可以受到控制。所以不管是田间栽培或室内用锯末配沙土栽植都应均匀浇水。
3、培养菌枝、菌棒、菌床时所选用的菌种一定要纯，如果培养出的三级固体菌种或菌枝本身就带杂菌，则由它们培养的大量菌材也都是杂菌感染的。
4、穴中培养菌棒的数量不宜过多，一般要控制在100—200根之内。利用菌棒数量较少的菌床栽培，也是防止杂菌污染的好方法；
5、应选用新鲜木材培养菌捧，同时应尽可能缩短培养时间。新鲜木材不宜晒干使用。如果实在没有新鲜木材，只有放置过久的干木材，那么应选择未朽烂、无 霉菌 的木棒树枝预先浸透水后再用。
6、菌坑不宜过大过深，特别是水位高的地方或降雨量大的地方，易造成过湿、淹窖、地温低等不利于 蜜环菌 生长的条件。土壤或填充物一定要干净未被污染。用土填空时应实而不紧，不可虚浮。
7、注意坑内湿度变化，保持坑内适宜的湿度。湿度过大，要去掉覆盖物通风，或周围挖渗水沟。
8、如发现苗棒上有杂菌，轻者刮掉，日晒1—2天，重者清除。
9、加大接菌量。菌枝或菌种放得多，密环菌长得快，就能抑制其它杂菌生长。
常见杂菌
现介绍如下:
木霉 又称绿 霉菌 ，其种类较多，主要有 绿色木霉 、康氏木霉、木素木霉等。木霉是普遍发生且危害最严重的杂菌，广泛分布于各种植物残体、土壤和空气中，在4-42℃范围内都能生长，孢子萌发喜高温高湿环境，具有适应性强，传播蔓延速度快等特点。在培养料上初期为纤细、密集的白色 菌丝体 ，呈棉絮状，几天后 分生孢子 大量形成， 菌落 为绿色粉状，边缘仍是密集的白色菌丝。如在子实体后期感染，则在菌盖或耳片上产生 褐色 病斑，以后出现深绿色分生孢子，引起子实体腐烂。
木霉 至今没有理想的根治性药物，常用的 杀菌剂 ，对木霉只起抑制作用，而不能杀死，加大药量就会杀死香菇、木耳等 有益菌 菌丝。因此，创造适合食用菌菌丝生长而不利木霉繁殖的 生态环境 ，是控制危害的根本措施。
一旦发现木霉为害，要立即通风降湿，以抑制木霉的扩展，同时，可用5%的 苯酚 、2%的甲醛、1：200倍的 多菌灵 、PH值为10以上的 石灰乳 注射或喷雾。
青霉菌
青霉菌 种类多，分布广，污染严重。适温20-30℃，空气 相对湿度 90%以上。多发生在高温高湿环境。
开始出现白色或黄白色绒毛状 菌丝 ，1-2天后，产生大量 分生孢子 。 菌落 呈灰绿色或蓝色粉状，分生孢子梗为 扫帚 状分枝。子实体感染，幼菇生长停止，呈淡黄色枯萎状，病部有粉状霉层，其下的菇体组织腐烂。
毛霉 菌
毛霉 又名长毛菌、 黑曲霉菌 。能生长在各种有机质上，高温、高湿、通风不良的条件下，发生率高。毛霉菌丝白色透明， 孢子囊 初期无色，后为灰褐色。毛霉广泛存在于土壤、空气、粪便及堆肥上。孢子靠 气流 、水滴等媒体传播。
发生的主要原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境含毛霉孢子多，在闷湿环境中进行 菌丝 培养等。
根霉菌
根霉 种类多，常见的为 葡枝根霉 。开始无明显的菌丝生长，只有平贴基物的表面匍匐生长的菌丝，后期在基质表面1-2毫米产生许多圆球形的孢子囊，初为灰白色或黄白色，成熟后变为黑色。
根霉经常生活在陈面包或霉烂的谷物、块根和水果上，也存在于粪便、土壤中；孢子靠气流传播；喜中温（30℃生长最好）、高湿 偏酸 的条件。培养物中 糖类 过多易生长此类杂菌。
分布广泛，污染严重，是食用菌生产中的毁灭性杂菌。 菌丝体 疏松， 分生孢子 卵圆形，红色或橙红色。在培养料表面形成橙红色或粉红色的霉层。大量分生孢子聚集成团时，外观与猴头均子实体相似。
链孢霉 主要以分生孢子传播，是高温季节发生的最重要杂菌。 菌丝 具有顽强有力，繁殖速度快等特点。因此，应尽量避免在高温季节生产。