国本之争，是 万历 年间明神宗与廷臣围绕册立太子一事进行的持久的博弈，又被称为 “争国本”，时间大约从万历十四年（1586）起直到万历四十二年（1614）。
万历十一年（1583）， 淑嫔 郑氏封为 郑贵妃 ，次年又 越礼制，成为地位高于 皇长子 生母的 贵妃 。万历十四年（1586）正月， 显肃皇后 生皇三子 朱常洵 ，由此 神宗 对郑氏更是喜爱有加，同年三月加封她为地位仅次皇后的 慧贤皇贵妃 ，明神宗此举颇有夺嫡之意。万历十四年（1586），二月初三，内阁首辅 申时行 率同列建言立储，神宗不听。万历十八年（1590）正月， 大学士 申时行复请立储，朝中诸臣也跟着屡次复请。同年十月 甲午 ，申时行、 王锡爵 、 许国 、 王家屏 四位内阁大学士更是同时上疏乞休，以去留要挟神宗立储，君臣关系陷入僵局。 万历 二十二年（1594）， 皇长子 朱常洛 出阁讲学，君臣关系才有所缓和。万历四十二年（1614）， 朱常洵 朱常洵 离京 前往封地，这场名为 “国本之争” 的政治 风波才落下帷幕。
“国本之争”是继 嘉靖 朝“ 大礼议 ”后又一次大规模的皇帝与大臣的冲突，给明代后期的政治生活带来了极深远的影响。
背景
偶得长子
朱翊钧 的长子 朱常洛 原为他与宫女 孝和皇后 在偶然之下所生的，明神宗因为朱常洛为宫女所生，所以不喜欢他。
王氏原为 慈宁宫 宫女，在 万历 九年（1581年）的某一天， 明神宗 往慈宁宫向慈圣皇太后请安。当时太后不在，王氏端水让他洗手，他一时兴起，就宠幸了王氏，按规矩，在私幸之后就该赐一物件给王氏，作为临幸的凭证，但由于王氏是母亲宫中的宫女，虽然没有人会因为这件事去指责他的不轨，但年轻皇帝却感到此事不大光彩，穿衣束带后径自走出慈宁宫。
王氏身怀有孕，几个月后就因体型的变化被慈圣太后识破并盘问出来。这位老太后面对此情此景，想起自己作为宫女时的苦难与辛酸，对王氏的景况深表理解，同时也为自己有了抱孙子的机会而大为高兴。一日， 朱翊钧 陪李太后酒宴，席间，太后向明神宗问及此事，他起先不承认是他的作为。对明神宗一向管束严厉的李太后立即命左右太监取来《内起居注》，叫明神宗自己看。事实面前，明神宗窘迫无计，只得如实承认。李太后望着明神宗失魂落魄的样子，好言相劝：“吾老矣，犹未有孙。果男者宗社福也。母以子为贵，宁分差等耶！”至此明神宗方勉强承认，后封王氏为 恭妃 。 王恭妃 果然不负众望生下一个男孩，这个男孩就是一生遭 明神宗 冷遇和歧视的短命皇帝—— 朱常洛 。当时宫中称宫女为“都人”， 朱翊钧 因此称 朱常洛 为都人子。
皇帝首次得子，自然是一件喜事。由此，明神宗下诏全国 减税 免刑，派使节通知和本朝关系友好的域外邦国。
宠爱郑氏
明神宗嫔妃众多，其中最宠爱郑氏， 万历 十年（1582年）封为 淑妃 ，次年进为 郑贵妃 。 郑贵妃 之所以能赢得万历的欢心，并不只是因为她的美貌，更多的是由于她的聪明机警、通晓诗文等他人少有的才华。如果专恃 色相 ，则宠爱绝不可能如此历久不衰。别的 妃嫔 对皇帝百依百顺，心灵深处却保持着距离和警惕，唯独郑妃是那样天真烂漫、无所顾忌。她敢于挑逗和讽刺皇帝，同时又能聆听皇帝的倾诉，替他排忧解愁。在名分上，她属于姬妾，但在精神上，她已经不把自己看成姬妾，而 朱翊钧 也真正感到了这种精神交流的力量。她不但不像别的妃嫔一样跟皇帝说话时低首弯腰，反而公然抱住皇帝，摸他的脑袋。这种在当时来看“大不敬”的行为，除她之外，是无人敢做的。也正是她表现的不同， 万历 才把她引为知己而更加宠爱，不到三年就把她由 淑嫔 升为 郑贵妃 再升为 贵妃 。
到万历十四年（1586年），郑氏生子，即 朱常洵 。明神宗大喜，有意进封为 慧贤皇贵妃 ，这对 恭妃 冷落的态度有鲜明的对比。长达几十年的国本之争由此揭开了帷幕。
过程
朝臣拥护太子
有流言说明神宗与郑贵妃曾到大高玄殿祷神盟誓，相约立朱常洵[xún]为太子，并且将密誓御书封缄在玉匣内，由郑贵妃保管。 朱翊钧 的承诺，违背了祖制和封建礼制，势必引起重大的政治危机。
朝中大臣受到流言影响，纷纷建议尽早册立 皇长子 朱常洛 为太子，以破除流言。他们争相提及皇储问题，奏折累计成百上千，无不是指责后宫干政，言辞之间矛头指向郑皇贵妃。还在 朱常洵 出生以前，万历十四年（1586年）首辅 申时行 上疏，列举 朱祁镇 两岁、 朱祐樘 六岁被立皇太子为例，要求册立皇长子朱常洛为太子，明神宗不愿把自己不喜欢的女人生的儿子立为帝位的合法继承人，便以皇长子年龄尚小为借口推托过去，等两三年后再举行。朱常洛5岁时，王恭妃还未受封，而朱常洵刚刚出生， 郑贵妃 即被封为 慧贤皇贵妃 ，这不能不令那些早就疑心重重的大臣们怀疑万历要废长立幼。他们不愿因对此事让步而被记入史册，让后世觉得朝中无忠君爱国之人。
就在册封郑贵妃的当天，户科给事中 姜应麟 、 吏部员外郎 沈璟 等人纷纷殊请册立 东宫 。其中姜应麟措词激烈，让 朱翊钧 激怒，将奏折扔在地上，对身边宦官说“册封贵妃，初非为东宫起见，科臣奈何讪朕！”遂降旨：“贵妃敬奉勤劳，特加殊封。立储自有长幼，姜应麟疑君卖直，可降极边杂职。”于是贬姜应麟为大同广昌 典史 。吏部员外郎沈璟、刑部 主事 孙如法 相继上言，都被处罚。但自明神宗处罚姜应麟的谕旨也指出立太子一定会依长幼顺序册立。接着又有南北两京数十人上疏申救，明神宗对此虽置之不理，我行我素，但心中却极其恼火。
明神宗怠政
自从册封 郑贵妃 为 慧贤皇贵妃 引起群臣几乎一致地反对以来， 朱翊钧 对临朝听政十分厌恶。这时候，慈圣太后已经在 慈宁宫 中安度晚年，五更时分不再到 万历 住所呼喊“帝起”并携之登 上朝了， 张居正 已死， 冯保 被贬，被称为“和事佬”的当权者 大学士 申时行 ，抱着明神宗有朝一日自会觉悟的幻想，对皇帝一再迁就。这样，明神宗逐步沉迷在六宫佳丽之间。
此后大臣仍然要求册立 皇长子 朱常洛 为太子，并于万历十八年（1590年）集体要求册立，并且杜门请辞，向明 神宗 施加压力。 明神宗 只好推至明年、或皇子十五岁时，之后又推说延至万历二十年春举行。到次年八月工部 张有德 提议需要动工准备，然而被 朱翊钧 以不准奏扰为由罚禄三月。首辅申时行与大臣等人上疏反对，明神宗大怒，然而申时行又暗中表明辩白。此事曝光后 申时行 名誉扫地，被弹劾后只得辞职返家。
既然大臣敢放胆抨击明神宗隐私，那么明神宗身边的 宦官 也就不再为向外廷传递一些秘闻而感到忐忑不安。 明神宗 日常生活放纵的消息不断传出，加上皇帝不时以“头眩”为由不举行早朝，那些大臣又发起新的一轮“攻击”。明神宗被激怒了，众大臣或被辞职，或被 廷杖 。上疏干涉皇帝“私生活”的 礼部尚书 洪乃春被拖到午门外廷杖60，然后削职为民，以致最后愤郁而死。众大臣或被辞职，或被廷杖。
三王并封之礼
万历二十一年（1593年）年正月， 朱翊钧 加快了改立进程，下手诏给 大学士 王锡爵 ，要将 皇长子 朱常洛 、皇三子 朱常洵 和皇五子 朱常浩 一并封王，以后再择其中善者为太子。王锡爵既怕得罪明神宗，又怕被朝臣攻讦，于是上疏请由皇后抚育长子，如此长子就是嫡子。然而明神宗只以前谕示朝臣，继续准备行三王并封之礼，顿时朝中大哗。因为王锡爵这么一说，等于明指朱常洛还需要补办手续，质疑了朱常洛做太子的合法性，因此大臣们纷纷指责王锡爵阿谀顺上，王锡爵无奈自劾请辞，而 朱翊钧 也迫于众议收回了前命。
结果
此立储事，前后纷争凡十五年之久，在李太后的干预下，明神宗终于在万历二十九年（1601年）让步，立虚龄已二十的 皇长子 朱常洛 为太子， 朱常洵 为福王、 朱常浩 为瑞王、 朱常润 为惠王、 朱常瀛 为桂王。朱常洛出阁读书时，正值寒冬，太监不给太子生火取暖。朱常洛冻得浑身发抖，讲官 郭正域 怒斥太监，太监们才给他生火。此后，福王又不赴封国长期逗留京师，于是大臣们又纷纷开始上书要求其按祖制离京赴封地居住，这其中以 大学士 叶向高 、礼部右侍郎 孙慎行 争执得最为强项。
万历四十二年（1614年），在朝臣的压力下，福王就藩洛阳。
万历四十三年（1615年）五月， 梃击案 发生， 郑贵妃 、 朱常洵 势力无法再对太子构成威胁。
这场万历年间最激烈复杂的皇储争议政治事件，共逼退内阁首辅四人（ 申时行 、 王家屏 、 赵志皋 、 王锡爵 ），部级官员十余人、涉及中央及地方官员人数达三百多位，其中一百多人被罢官、解职、发配充军，整治另外“东林党”。
后续
国本之争，演变成皇帝与士绅大臣的势力之争。到万历三十一年（1603年），就因为有谣言说明 朱翊钧 想要换太子，矛头指向郑皇贵妃，结果皇帝株连逮捕者甚众。
恭妃王氏仍旧寂居幽宫，见不到明神宗，整日以泪洗面，流泪度日，渐渐地双目失明了。万历三十九年（1611），王氏薨[hōng]逝， 大学士 叶向高 建议厚葬，可是皇帝居然不同意。再进言，明神宗才勉强同意追谥 慧贤皇贵妃 。
而 郑贵妃 一班人并不死心， 朱常洵 被封为福王，按道理应该离开京城，到属地 洛阳市 就任。但在郑贵妃的要求下，他却迟迟没有离京，总在伺机寻找机会。太子 朱常洛 的地位并不稳固，双方明争暗斗，终于爆发明朝立国以来最严重宫廷仇杀事件—— 梃击案 。
评价
明史研究学者 黄仁宇 在论述万历这一时期的生活和政见时，曾有过独特的见地： 万历皇帝 对于自己的“私生活”被人干预感到难以忍受，他觉得这如同把金银首饰、玉器古玩赏赐给一个自己喜欢的人，别人无权干涉。而此时的臣僚对万历皇帝越来越“出格”的作为同样感到困惑：贵为天子，怎好如常人那样感情用事、为所欲为呢？像历朝大臣一样，他们总是把希望寄托在一个好皇帝身上，而最要紧的就是那个“好皇帝”是他们辅佐之人。这样，他们获得赏赐时，不管是官阶或者财物，都会随着皇帝的声望而提高欣赏之物的价值。 张居正改革 社会的试验和培养皇帝的努力，虽然以身败名裂而告终，但大臣中仍不乏继续奋斗者，他们尤其不愿看到 万历 被一个女人“勾引”而误国误民。
影响
国本之争对万历政局产生了深远的影响，首先是造成皇权事实上的下降。 朱翊钧 不理朝政，以至于最后对内阁、地方官员的缺官现象视而不见，给晚明政治的正常运行造成极大的破坏，而他又大兴敛财之道，派用的矿监、税监为害百姓，以致激起民变。
其次，国本之争是使得明末形成了党争的重要原因之一。明神宗对于储位的模糊态度，使得官场乃至地方的人，妄加揣测，政局混乱，出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派明争暗斗，之后东林党又与 阉党 斗争的局面，为一己之私不惜牺牲国家大义，使得晚明的政局混乱不堪，更是成为明末三大案的诱因，这种局面自然使得政府的行政效率下降。
再次， 朱翊钧 希望大权独揽，而又放任缺官不补，使得内阁势力被削弱；明神宗近三十年长居深宫不理朝政， 司礼监 因拥有“批红”的权利，在这种特殊的情况下地位自然会有所上升；因明神宗对 郑贵妃 的宠爱，此时外戚的实力也得到了发展，而且出现内监以郑贵妃为内主的现象；皇帝怠政昏晕，廷臣党争攻讦，政府机构涣散，此时 言官 因对朝政的不满争相上疏，抨击时政，实力也得到提高；而地方上仕途不再是衡量人生价值的唯一标准，出现了“山人”群体，之后又有了东林书院，文人关注时政，最后有东林党之称， 万历 末年的民变，乃至最后 后金 的兴起，又代表了地方势力的崛起。
在朝臣和 朱翊钧 长达数十年的斗争过程中，言官这一重要的政治力量以群体性的行动在维护 正统 的皇位继承原则，稳定统治秩序，制衡皇权以及弘扬官僚正气等方面发挥了极为重要的作用。
“国本之争”，决定了万历以后 明朝 政治的走向，成为晚明三大案的诱因，在一定程度上加剧了党争的形成，甚至加速了明朝的灭亡，是晚明最具影响的政治事件之一。
争议
曾经为明神宗付出过青春和爱情的 郑贵妃 ，一直为后人所唾骂。即使史学家也未必给予这个悲剧性女人公正的评价。“女人乃亡国之祸水”，同样是对郑贵妃的结论。在国本之争这个主题上，尚有为数众多的历史研究者，其观点依然站在 万历 一朝的臣僚一边。似乎郑贵妃天生就该安分守己地做任人宰割的 妃嫔 ，而不应有做皇后的非分之想； 万历皇帝 天生就该和 王恭妃 恩恩爱爱，不应有真正的爱情。这些有悖常情的论断大多出于一种僵化、保守、人云亦云的思想驱使，无疑有失公允，弄得是非渐已分明的历史，再度蒙上了一层难以辨认的锈迹。
轶事典故
郑贵妃 听到 朱翊钧 要立 朱常洛 为太子的消息，虽然感到大势已去，但她还是要作最后一搏。早在几年前，明神宗为讨郑贵妃的欢心，曾许愿将来封 朱常洵 为太子。郑贵妃施展聪明，让皇帝写下手谕，珍重地装在锦匣里，放在自己宫中的梁上，作为日后凭据。可是，当郑贵妃满怀希望地打开锦匣时，不禁大吃一惊：一纸手谕让 衣鱼目 （ 蠹虫 ）咬得残破不堪，“常洵”两字也进了衣鱼腹中！ 迷信 的明神宗长叹一声：“此乃天意也。”终于不顾 郑贵妃 的泪眼，而把 朱常洛 封为太子，朱常洵封为 福王 。
影视内容
2007年， 孔笙 指导电视剧《 明宫谜案 》以 明朝 晚期的“妖书案”、“诅咒案”、“ 梃击案 ”、“ 红丸案 ”、“ 移宫案 ”等几大疑案为线索，以立储、皇权交替为关键点，讲述了明朝 万历 、 泰昌 、 天启 年间二十年中围绕宫廷的权力斗争，表现出君臣、父子、夫妻、同僚在权力面前交错的党争关系及体现出来的复杂情感，描绘出明朝危在旦夕的夕阳晚景。
2007年， 尤小刚 ，李亚平指导历史电视纪录片《 前清秘史 》，其中涉及到了讲述了明朝国本之争。
2010年，骆超指导电视剧《大明太子府风云》也讲述了选太子的明争暗斗。