甲基 化，是指从活性甲基化合物上将甲基 催化 转移到其他化合物的过程，可形成各种甲基化合物，或是对某些 蛋白质 或 核酸 等进行 化学 修饰形成甲基化产物。在生物系统内，甲基化是经酶催化的，这种甲基化涉及重金属修饰、基因表达的调控、蛋白质功能的调节以及 核糖核酸 加工。
释义
甲基化是指从活性甲基化合物上将甲基催化转移到其他化合物的过程。
类型
甲基化包括 脱氧核糖核酸 甲基化和蛋白质甲基化。
（1） DNA 甲基化： 脊椎动物 的DNA甲基化一般发生在CpG位点（ 胞嘧啶 磷酸-鸟嘌呤位点，即DNA序列中胞 后紧连鸟嘌呤的位点）。经DNA 甲基 转移酶 催化 胞嘧啶转化为 5-甲基胞嘧啶 。人类基因中约80%-90%的CpG位点已被甲基化，但是在某些特定区域，如富含胞嘧啶和鸟嘌呤的CpG岛则未被甲基化。这与包含所有广泛表达基因在内的56%的 哺乳纲 基因中的 启动子 有关。1%-2%的 人类基因组 是CpG群，并且CpG甲基化与 转录 活性成反比。
（2） 蛋白质 甲基化：蛋白质甲基化一般指 精氨酸 或 赖氨酸 在蛋白质序列中的甲基化。精氨酸可以被 甲基 化一次（称为一甲基精氨酸）或两次（精氨酸甲基 转移酶 （PRMTs）将两个甲基同时转移到精氨酸 多肽 末端的同一个 氮 上成为 非对称 性甲基精氨酸，或者在每个氮端各加一个甲基成为对称性二甲基精氨酸）赖氨酸经赖氨酸转移酶的 催化 可以甲基化一次、两次或三次。在组蛋白中，蛋白质甲基化是被研究最多的一类。在组蛋白转移酶的催化下， 腺苷甲硫氨酸 的 甲基 转移到组蛋白。某些组蛋白 残基 通过甲基化可以抑制或激活基因表达，从而形成为表观遗传。 蛋白质 甲基化是 翻译后修饰 的一种形式。
功能
甲基化是蛋白质和 核酸 的一种重要的修饰， 调节基因 的表达和关闭，与癌症、衰老、 阿兹海默症 等许多疾病密切相关，是 表观遗传学 的重要研究内容之一。最常见的甲基化修饰有 脱氧核糖核酸 甲基化和组蛋白甲基化。
DNA甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。 DNA 甲基化能引起 染色质 结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。研究证实，CpG二核 酸中 胞嘧啶 的甲基化导致了人体1/3以上由于 碱基 转换而引起的遗传病。DNA 甲基 化主要形成 5-甲基胞嘧啶 （5-mC）和少量的N6-甲基腺嘌呤（N6-mA）及7-甲基鸟嘌呤（7-mG）。在 真核生物 中，5-甲基胞嘧啶主要出现在CpG序列、CpXpG、CCA/TGG和GATC中。
DNA甲基化是指生物体在DNA甲基转移酶（DNA 甲基 transferase， DMT )的 催化 下，以 腺苷甲硫氨酸 （ 腺苷甲硫氨酸 ）为 甲基供体 ，将甲基转移到特定的碱基上的过程。 脱氧核糖核酸 甲基化可以发生在 6-氨基嘌呤 的N-6位、鸟嘌呤的N-7位、 胞嘧啶 的C-5位等。但在 哺乳纲 中DNA甲基化主要发生在5’-CpG-3’的C上生成 5-甲基胞嘧啶 （5mC）。
DNA 甲基 化主要是通过DNA甲基 转移酶 家族来催化完成的。研究人员在 真核生物 中发现了3类DNA甲基转移酶（Dnmt1、Dnmt2、Dnmt3a、Dnmt3b）。Dnmt1一种是维持性甲基化酶；Dnmt2可与DNA上特异位点结合，但具体作用尚不清楚；Dnmt3a和Dnmt3b是重新甲基化酶，它们使去甲基化的CpG位点重新甲基化，即参与 脱氧核糖核酸 的从头甲基化。在 哺乳动物 的生殖 细胞 发育时期和植入前胚胎期，其 基因组 范围内的甲基化模式通过大规模的去甲基化和接下来的再甲基化过程发生重编程，从而产生具有发育潜能的细胞；在 细胞分化 的过程中，基因的甲基化状态将遗传给后代细胞。由于DNA甲基化与人类发育和肿瘤疾病的密切关系，特别是CpG岛甲基化所致抑癌基因 转录 失活问题，DNA甲基化已经成为 表观遗传学 和表观 基因组学 的重要研究内容。
组蛋白 甲基 化是指发生在H3和H4组蛋白N端 arg 或Lys 残基 上的甲基化，由组蛋白甲基 转移酶 介导 催化 。组蛋白甲基化的功能主要体现在 异染色质 形成、基因印记、X染色体失活和 转录调控 方面。除了存在组蛋白甲基转移酶以外，还发现了去甲基化酶。先前人们认为组蛋白的甲基化作用是稳定而不可逆的，使这种去甲基化酶的发现使组蛋白甲基化过程更具动态性。
检测方法
(1)甲基化特异性的PCR（Methylation-specificPCR，MSP）
用 亚硫酸氢盐 处理 基因组 脱氧核糖核酸 ，所有未发生甲基化的 胞嘧啶 被转化为 尿嘧啶 ，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的 引物 进行PCR。通过 电泳 检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化；反之，说明被检测的位点不存在甲基化。
(2)亚硫酸氢盐测序法（BisulfitesequencingPCR，BSP）
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR，在扩增过程中 尿嘧啶 全部转化为 胸腺嘧啶 ，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BSP-直接测序方法。将PCR产物 克隆 至载体后进行测序，可以提高测序成功率，这种方法称为BSP-克隆测序法。
(3)高 分辨率 熔解曲线法（HighResolutionMelting， 人力资源管理 ）
在非CpG岛位置设计一对针对 亚硫酸氢盐 修饰后的 脱氧核糖核酸 双链的 引物 ，这对引物中间的片段包含感兴趣的CpG岛。若这些CpG岛发生了甲基化，用亚硫酸氢盐处理后，未甲基化的 胞嘧啶 经PCR扩增后转变成 胸腺嘧啶 ，而甲基化的胞嘧啶不变，样品中的GC含量发生改变，从而导致熔解温度的变化。
(4) 基因组 直接测序法
基因组直接测序法是过去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam— Gilbert 化学 裂解法对基因组DNA进行处理，并以连接介导的PCR来放大信号强度，然后进行序列分析。此法是基于5mC在标准的Maxam—Gilbert胞嘧啶化学裂解反应中不被裂解，故5mC可通过在测序胶上缺少对应于胞嘧啶降解反应产物的一个条带而得以鉴定。如采用 MnO4 啶法，结果则反之因此在检测5mC时，此两法可提供完全互补的检测信息。该法与LM-PCR结合后，大大降低了对 基因组 脱氧核糖核酸 的需要量（1～2ng）。当5mC和C同时处于不同 DNA分子 上的同一位点时，该位点至少要有25%的5mC才能被N2H4法检测到；MnO4法比N2H4法更灵敏。因为这两种基因组DNA 化学 修饰法均有抑制DNA 聚合酶 延伸的特性，无须进行DNA 哌啶 裂解就可通过基因组直接测序技术进行甲基化分析。