14—17世纪由蒙古 察合台 汗后代在天山南北建立的 中国 新疆地方政权，又称亦力把里（并非“ 别失八里 ”）。1347年为蒙古都格拉特部贵族拥戴 察合台汗 后代所建。初以 阿克苏 为治，不久迁阿力麻里（今 霍城县 ），后又以鸭儿看（今 莎车 ）、 吐鲁番 诸地为统治中心。
秃黑鲁·帖木儿汗 时期，一度发兵占领 中亚 大城 撒马尔罕 。统治范围西达撒马儿罕，东迄 哈密市 ，北与 瓦剌 为邻，南同 于 等地接壤，势力空前强盛。由于蒙兀儿汗王之倡导， 伊斯兰教 在汗国内部得到广泛传播。1363年秃黑鲁帖木儿汗死后，汗国陷入混乱之中。1378年前后，汗权重归秃黑鲁帖木儿汗之子 黑的儿火者 手中。黑的儿火者汗时期，积极与 明朝 改善关系。重开两地经济交往。15世纪中叶， 歪思汗 卒后，儿子羽奴思和 也先不花二世 争夺 汗位 ，汗国分裂成东西两部分。东部以 吐鲁番市 及汗国北部草原为中心，西部则以 天山 南部的哈实哈儿（今 喀什 ）等地为中心。此时大批 蒙古族 逐渐定居，伊斯兰教得到深入传播。17世纪以后，汗国内争权夺利，日益走向分裂。1680年，由于汗国内部 伊斯兰教 两派 和卓 争权， 白山派 和卓阿帕克邀北部强邻 准噶尔汗国 部贵族 噶尔丹 率军南下，攻克首府鸭儿看，掠杀汗室成员。东察合台汗国灭亡。
东察合台汗国时期，新疆的社会经济有一定程度发展，各民族之间的联系和融合得到加强，文化艺术的发展尤为引人注目。
历史
汗国兴起
察合台汗国 后期，其政治中心从草原地带移至 中亚 地区繁华的城镇乡村，但仍有一部分坚持游牧传统的蒙古部落依然活动在 伊犁 等草原地带。察合台汗国分裂后，东部地区最具实力的是蒙古都格拉特部，该部首领早先因功而被授予所谓“曼 赖·苏雅”（意为“向阳地”）地区。曼尕赖·苏雅地区东境是 库车市 和 轮台县 ，西与 费尔干纳盆地 接壤，北面是 伊塞克湖 ，南部则同 塔里木盆地 南缘的 且末 诸地相连。下属的城镇主要有哈什哈儿（ 喀什噶尔 ）、鸭儿看（ 莎车县 ）、于 阗 、 阿克苏市 、库车以及 中亚 的 安集延 等地。还在汗国即将分裂前夕，为了维护本家族在汗国东部的既得利益，都格拉特部异密就派人四处奔忙，寻觅合适的 察合台 汗后裔，以防突变。1345年，他们终于在草原地带找到一位名叫秃黑鲁帖木儿的察合台汗后代，并将他带回该部当时的治府——阿克苏。两年后， 察合台汗国 灭亡，诸侯割据，不相统属， 中亚 各地处在极度动荡之中。都格拉特部立即拥立秃黑鲁帖木儿为汗，东察合台汗国由此创立。
东察合台汗国的建立不仅使天山南北地区免于政治动乱，而且由于都格拉特部异密遵从蒙古传统，扶立 黄金家族 后代为汗，进而博得广大蒙古诸部的拥戴，迅速使该汗国填补了察合台汗国覆灭后的 权力真空 。秃黑鲁帖木儿在巩固内部统治后，积极扩充实力，力图征服河中地区，实现重建 察合台汗国 的梦想。为此，他除了强迫下属交纳地租赋税以增强 军事实力 外，还在 中亚 地区东来传教的沙黑·扎马鲁丁及其子额什丁毛拉的劝解感召下，亲率16万部属 皈依 了 伊斯兰 教 。军事实力的增强和宗教信仰的一体化进一步加强了汗国的整体实力。于是，从1360年至1361年，秃黑鲁帖木儿带兵两次西征，其结果不仅占据了中亚大城—— 撒马尔罕 ，而且使阿富汗、 兴都库什山脉 等广大地区都归其所属。《 拉失德史 》中称，河中地区都被收入其版图，那里所有的王公贵族都效忠于他。征服河中 诸城 后， 秃黑鲁·帖木儿汗 委派长子 也里牙思火者 驻守撒马尔罕城，监理当地事务，他本人则仍东回到首府——阿力麻里，不久病逝于此地。
秃黑鲁帖木儿汗在位时期，无疑是东察合台汗国最为强盛的阶段。他终于实现了统一 察合台汗国 的愿望，并且建立了一个东连 哈密市 ，西至 撒马尔罕 ，北抵瓦剌，南接 金玉国 的容纳众多民族部落的庞大的汗国。
恢复统一
秃黑鲁帖木汉汗创立的东察合台汗国是以 成吉思汗 “ 黄金家族 ”后代为王统，蒙古诸部落为主体并联合 西域 其他各族组成的松散的政治联合体。其内部经济形态不一，部落组成复杂，各种社会矛盾交织在一起。其中，王室与都格拉特部异密间的矛盾尤其显著。 秃黑鲁·帖木儿汗 在任后期，为限制该部异密在汗国中的权势，未将历来都由该部担任的汗国权力甚重的 军政 首领一职交给继任的异密怯马鲁丁，从而激起怯马鲁丁的不满。秃黑鲁帖木儿死后，异密怯马鲁丁举兵叛乱，杀死王室成员十八人，汗权因此旁落在都格拉特部异密控制下。内部局势的动荡导致了外部强邻的觊觎，在 中亚 地区活动的蒙古巴鲁剌斯家族成员 帖木儿 趁机纠集其旧部起事，以反抗 察合台 汗后裔对中亚地区的统治。帖木儿率兵不仅打败了 也里牙思火者 ，占领了 撒马尔罕 城等中亚各地，并且发兵向东部地区发动了六次东征行动。河中诸地的丢失和汗国政局的动荡削弱了怯马鲁丁的军事实力。1389年，异密怯马鲁丁最终为帖木儿所打败，其本人也在战斗中失踪。同年， 秃黑鲁·帖木儿汗 幼子、逃脱异密怯马鲁丁劫杀的 黑的儿火者 在草原上为部属拥立为汗。汗国的控制权重新回到察合台汗后裔手中。
1391年（明洪武二十四年），黑的儿火者汗即位后不久，就派遣使臣千户哈马力丁等至 明朝 贡马和方物，从而开启与中央政府交往联系先河。但是因为受到西部 帖木儿帝国 的军事压力，黑的儿火者汗同帖木儿的政治关系比较密切。他不仅将其女儿嫁给 帖木儿 为妻，还为帖木儿王朝的东征活动准备粮饷。此间，伴随着 伊斯兰教 在汗国内部的进一步传播， 黑的儿火者 用军事手段强力传播伊斯兰教，他以“圣战”的名义向东部 吐鲁番市 一带扩张 势力范围 的同时，也将伊斯兰教传到这一带地区。 吐鲁番地区 当时被称为“达尔·伊斯兰”，意为“ 伊斯兰 教统治地区”。15世纪初， 黑的儿火者 本人死于对这一带地区的“圣战”中。1414年， 明朝 出使 西域 的使者 陈诚 路经吐鲁番地区，还见到他的陵墓。
黑的儿火者 死后，其子沙米查干嗣汗位。在任期间，励精图治，北与瓦剌作战，还试图西征 撒马尔罕 ，以恢复先世失地，同时强化与明朝的联系。1408年，沙米查干卒，弟马哈麻继立为汗。明朝派使者以玺书、文绮衣数袭相赐表示祝贺。 马哈麻 在位期间，继续在蒙古各部落中推进 伊斯兰 教 传播，所辖地域有所扩大。境内较大的城镇主要有火州、鲁克沁、 吐鲁番市 、哈实哈儿、阿力麻里等。马哈麻一度把汗帐从阿力麻里迁到裕勒都斯草原的忒勒哈纳（今 新源县 ）。
马哈麻死于1416年，其侄纳黑失只罕受 明朝 册封为汗。纳黑失只罕在位仅两年就被其表弟 歪思汗 所杀。之后，汗国政局动荡，马哈麻孙子歪思同 叔父 失儿 马黑麻 之间为争夺汗位征战不休。1420年，失儿马黑麻卒，歪思获胜，并登上汗王宝座。其在位期间，多次率兵西进，曾攻入 帖木儿帝国 属地，又还打着 伊斯兰教 “圣战”的旗号，北与瓦剌作战，又于1422年前后发兵东征，驱逐 吐鲁番地区 酋长尹吉儿察，再度将该地区置于自己的统辖之下。为了提高汗室权威，他竭力削弱都格拉特部异密的权力。并迫使侍奉六位蒙古汗的异密忽歹达逃往河中地区，使该部实力受到很大削弱。1428年前后， 歪思汗 在伊塞克湖畔同帖木儿王朝作战时中箭身亡。 歪思汗 死后，统一的东察合台汗国分裂为东、西两部分。
再度分裂
歪思汗遗下两子：长子 羽奴思 、幼子 也先不花 ，两人其身后都拥有一批蒙古异密显贵支持者。在这场权力角逐中，也先不花得到了大多数贵族的支持，尤其是都格拉特部异密的拥戴。羽奴思被迫带领部属投奔 帖木儿帝国 。1434年， 也先不花 登上汗位。也先不花即位后，发兵南征，从帖木儿王朝手中收复哈实哈儿，交给都格拉特部异密管辖，以报答他们拥立之功。此外，他在位期间，还比较稳妥地处理了同草原上的月即别人的关系，并将首府移迁至农牧兼宜的 阿克苏地区 。在统一汗国内政之后， 也先不花 又发兵数次西征，给帖木儿王朝多次打击。为了遏制东察合台汗国势力的西进，时在 撒马尔罕 城的 帖木儿 曾孙米儿咱·速檀·卜赛因将此时正在 中亚 地区流浪的 羽奴思 找了回来。在取得羽奴思永世效忠的承诺后，配以精兵武器，派其东征以牵制 也先不花 。羽奴思率领 雇佣军 进入东察合台汗国后，最初获得一些进展，但是在攻打哈实哈儿城时遭到惨败，狼狈逃回 帖木儿帝国 。1456年，米儿咱·速檀·卜赛因将其安置在 安集延 附近一个名叫哲得干的城镇驻守，伺机东征。
也先不花二世 卒于1462年左右，其子笃思忒 马黑麻 嗣父汗位。笃思忒马黑麻昏庸无能，又待下属苛刻，1469年左右病死于 阿克苏市 ，境内即刻动荡不定。 羽奴思 乘机再次发动东征，攻占了 阿克苏 ，继而又占领了 吐鲁番市 。同年，羽奴思遣使前往 明朝 进贡。羽奴思汗曾长期居住生活在农业和商业比较发达的 中亚 诸地，受过系统的 伊斯兰教 文化教育，因此喜欢城镇和定居生活。取代 也先不花 汗成为东察合台汗国的汗王后，依 蒙古习俗 ，他将汗帐设在草原地带。但是为了满足个人的生活享受，使流徙不定的 蒙古族 成为真正的穆斯林，羽奴思汗极想把汗帐迁到 阿克苏 等地。然而，其主张遭到汗国内部固守蒙古游牧传统的贵族异密的强烈抵制与反对。其下属曾于 阿克苏市 和塔失干城两次起兵叛变，抵抗迁居农业地区。羽努思汗不得不让步，然而这场内部斗争并没有因此而停止，哈实哈儿城等地归属都格拉特部异密阿巴巴吉儿，后者 筑城 自保，不听从羽奴思汗管辖，俨然独立于汗国之外。所以，羽奴思汗时期的汗国内部并不稳固。
1478年（明成化十四年）， 帖木儿帝国 内讧，羽奴思汗乘机率部众西征，企图拓展 势力范围 。中途一部分贵族和异密以不愿到农业区和城镇生活为名，挟持羽奴思汗幼子速檀 阿黑麻 返回到草原地区。羽奴思汗西征获得成功，塔失干（即 塔什干 ）、赛兰等地皆归其属下。他本人则以塔失干为府治，自此再无东归。1487年，羽努思汗病亡于塔失干城，伴随西征的长子速檀马哈木继承汗位，但实际控制范围仅限于塔失干附近地区，包括 蒙兀儿斯坦 草原地带在内的原汗国东部地区都为速檀阿黑麻所属，辖内有 吐鲁番市 、察力失（今 焉耆 ）、库车、 阿克苏市 等城。东 察合台汗国 分为东、西两部分。
公元15世纪，东察合台汗国分裂的主要因素是社会经济形态的分歧。随着政治局势的变化，这种东、西分裂的局面不断加剧。占据汗国东部地区的 速檀 阿黑麻汗 坚守蒙古“札撒”，保持浓厚的草原 游牧生活 习俗；占据塔失干附近地区的速檀马哈木继承其父衣钵，热衷于繁华的城镇定居生活。相比之下，汗国西部政权由于同 帖木儿帝国 的关系错综复杂，没有巩固的社会基础，局势一直处在极度动荡之中。先是速檀马哈木为了对付帖木儿王朝的进犯，同草原地区的 穆罕默德·月即别汗 首领沙亦即汗联盟。月即别人则在驱逐 帖木儿 后裔进犯并占据 撒马尔罕 城后，随着实力的增强，野心膨胀，反过来围攻塔失干城，妄图反噬速檀马哈木政权。1501-1502年，驻扎在 吐鲁番市 的速檀 马黑麻 获知其兄被围攻的讯息，便将政事交给长子 满速儿 监理，在幼子萨亦德的陪伴下，带领部众前往支援。虽然塔失干城之围解除。但兄弟两人的联军则在 中亚 地区一个名叫阿黑昔的地方落入月即别军队的重围中，最终全军覆灭，两兄弟皆成为沙亦即汗的阶下囚。沙亦即汗念及故情，释放速檀马哈木兄弟，并允其东还。东察合台汗国西部政权因此瓦解。次年，速檀马黑麻汗病死于 阿克苏市 城。而速檀马哈木回到阿克苏后由于同几个侄子关系不睦，愤而西奔投靠月即别人，1508年被沙亦即汗杀死于阿姆河畔。
叶尔羌汗
塔失干城的丢失与 速檀 阿黑麻 汗 的过世，使 满速儿 继承汗位，并且成为整个汗国的 大汗 。但是，因为内乱不止，又有外部哈实哈儿都格拉特部异密的围攻，致使汗国政局不稳，满速儿在阿克苏登基，但迫于异密阿巴巴吉儿的凌厉攻势，最后被迫放弃该城，向东撤至 吐鲁番市 一带固守。此时东察合台汗国衰败之迹昭然可见。
就在这时，早先跟随速檀马黑麻前往塔失干城的萨亦德经过若干年经营，逐渐发展成为 中亚 地区一支不容忽视的政治势力。萨亦德在阿黑昔战役中腿部受伤被俘，曾在月即别帐中充任了一段时期 师爷 ，后来在一次战斗中乘机逃出来，投奔了此时驻扎在哲得干的 伯父 速檀马哈木麾下。不久，他又逃出来投靠了草原上的吉利吉斯人，在那里培植势力，组建了一支军队。但不久就被 满速儿 的 远征军 打散，萨亦德先是逃到 费尔干纳 投靠月即别人，后又仅带领随从抵达今天阿富汗的 喀布尔 ，投奔同属于蒙古王族后裔的巴布尔汗。在此，萨亦德受到热情款待，并被安置在 安集延 一带驻守。经过数次战斗，萨亦德终于在自己周围聚集了一批亲信，并通过击败来自异密阿巴巴吉儿的进攻，收服数千名俘虏而组成了一支自己的 武装力量 。不久，巴布尔汗军队被月即别人打败，河中地区成为月即别人的天下。1514年（明正德九年）春，月即别人发兵进攻安集延。面对 中亚 局势的突变，萨亦德为了保持实力，避免同月即别人正面作战，在月即别人进入安集延之前，带领部属进行战略大转移，向东行，辗转数地，撤人哈实哈儿境内。当时，统治这一带地区的是都格拉特部异密阿巴巴吉儿。因为阿巴巴吉儿数十年在 天山 南部各地的残暴统治，内部矛盾重重，局势极度不稳。萨亦德率领4000余众，采取各个击破的战略方针，先取 英吉沙县 ，哈实哈儿守军闻讯弃城逃跑，驻守在 叶尔羌汗国 的异密阿巴巴吉儿及其长子见大势已去，仓皇逃亡 金玉国 ，后在 拉达克 被追兵捕杀。这样，天山南 麓 各城基本都处在萨亦德统辖之下。因为萨亦德将其首府定在 叶尔羌 ，后人称其建立的政权为“ 叶尔羌汗国 ”。事实上，该政权是东 察合台汗国 歪思汗 后分裂为东、西两部分的继续。
叶尔羌汗国的建立，对以 吐鲁番市 为统治中心的满速儿汗政权构成极大威胁。但是，萨亦德汗在完成对 天山 南部诸地的政治统一后，再不向东部拓展 势力范围 ，并且主动派使臣与满速儿汗联络，图谋双方友好相处。满速儿汗为了维护自己摇摇欲坠的统治，不得不默许其弟对天山南部各城的统治。 1516年 ，兄弟两人在 阿克苏市 和 库车市 之间的一个名叫阿尔巴特的地方举行会晤。萨亦德汗在会谈中表示在虎图拜（ 伊斯兰教 祈祷仪式）中朗诵 满速儿 名字，并以其名字铸钱（伊斯兰教习惯法中表示崇拜最高统治者），以表示臣服。而满速儿汗则不追究萨亦德汗以往活动，承认现状。阿尔巴特会晤在形式上表明了汗国的政治统一，有利于汗国内部的社会发展。有史料认为，当时从 哈密市 到 安集延 广大地域，即便只身旅行，不仅无须准备干粮，并且沿途也无安全之虞。然而，汗国内部的种种矛盾依然存在，特别是伴随着蒙古贵族的伊斯兰化程度加深，以及蒙古汗不断地发动所谓“圣战”以拓展地盘，内争迭起， 西域 各地的政治局势更加错综复杂。
中兴时期
公元16世纪中叶 满速儿 、萨亦德兄弟的会晤事实上依然是汗国分裂的继续。表面上的统一不过为双方下一步的争夺 势力范围 提供了缓冲时间。因此，阿尔巴特会晤结束后，兄弟俩随即分别率领人马对周邻地区进行征伐，以拓展各自的势力范围。与他们以往发动的诸多征战不同的是，此次两人都是打着 伊斯兰教 “圣战”的旗帜，这反映了 伊斯兰教 此时在蒙古王公中的深刻影响。
满速儿汗由于西征无门，就将征服的重点移向东部，与 明朝 争夺对于 哈密 地区 的控制权，由于明朝衰落， 嘉峪关市 以西皆被满速儿占据。速檀赛则于1522年占据了北部的草原地带，留长子阿不都·拉失德驻镇那里。1524年至1525年间，乘河中的月即别首领去世、内部动荡之机，率军西征，克讹迹 、马都等城。1531年，萨亦德以“圣战”名义向西南方向进行扩张战争，吞并了 克什米尔 、 拉达克 等地。次年，遣部将领兵攻打 佛教圣地 西藏自治区 的 拉萨市 。1533年，萨亦德汗病死于南征途中。其子阿不都·拉失德嗣位。 满速儿 闻讯后，即刻发兵西征，企图乘机吞并其弟辖地，但以失败告终。1545年，满速儿汗卒，长子沙袭立其位。自后，汗国东西两地又陷入长时间的动荡中。
在西部地区，阿不都·拉失德汗为了巩固个人的政治统治地位，上台之初，便大肆捕杀宫中的老臣宿将，又竭力削弱都格拉特异密的权力，对外则联盟草原上的 月即别 ——昔班部来对付 哈萨克族 ，并数次将其击败。同时，他还陆续出兵，向西征伐 安集延 ，向东进攻 吐鲁番地区 ，且都取得一定战绩。经过一段时期的励精图治，西部地区在阿不都· 拉失德 汗的治理下，社会稳定，经济文化有很大进步。1559年，阿不都·拉失德汗去世，经过一场残酷的宫廷斗争后，二子 阿不都哈林 继承汗位。阿不都·哈林汗在位期间，西部地区军事实力不断稳固发展。与此相反，由于从政能力平庸，属众不服，沙汗在东部地区的统治地位则日渐衰微。管理各地事务的家族成员不听调遣，各称雄长。1566年，北征瓦剌时，沙汗死于流矢，沙汗的叔伯弟速檀马速继立为汗。东部地区的这一变故引起西部阿不都·哈林的不满，速檀马速刚刚上台，阿不都·哈林的弟弟锁非速檀、马黑麻速檀等借口速檀马速的出身问题（非 察合台汗国 后裔），于1570年出兵攻占 吐鲁番地区 ，俘获速檀马速，而扶立马黑麻速檀为吐鲁番地区的首领。同年，马黑麻速檀等兄弟以吐鲁番王名义遣使 北京 朝贡 ，建立了 叶尔羌汗国 与 明朝 的联系。这种局面的出现表明，东察合台汗国东部地区自此为 阿不都哈林 治下的叶尔羌汗国所统一。
1591-1592年间，阿不都·哈林汗死，其弟马黑麻速檀继位。他在任期间，将其弟阿都剌因派驻吐鲁番地区，又分其诸子孙镇守哈实哈儿、 英吉沙尔 、 阿克苏 等地，从而建立了自己的家族统治。政令的统一有助于社会经济的发展， 葡萄牙 传教士 鄂本笃 记载，当时的 叶尔羌 城“商贾如鲫，百货交汇”，一派繁荣景象。但是，至1610年左右， 马黑麻 速檀死，其子 阿黑麻 速檀继承汗位后，形势急剧发生逆转。由于阿黑麻速檀非汗长子，进而同蒙古传统的“长者为汗”的原则相背离，汗国政局开始动荡不定。阿黑麻速檀为了平息各地此起彼伏的叛乱而耗尽精力，汗国遭到严重削弱。在此期间，东部的阿都剌因火中取栗，向西扩张，获取了焉耆等地的 实际控制权 ，并公开称汗，同汗国对峙。
亡于准部
1618-1619年，阿黑麻速檀在狩猎时被杀，经过一番宫廷争斗，阿黑麻速檀的次子阿不都·拉提甫被异密们拥立为汗。汗国政治危机日益严重，异密势力得到进一步增强， 伊斯兰教 和卓 势力的兴起和发展深刻影响汗国的政局走向。阿不都·拉提甫在位12年死去。1630~1631年间，阿不都·拉提甫侄子、时任 阿克苏 总督 的速檀阿黑麻继立为汗。然而很快就为其兄、哈实哈儿总督速檀·马合木取代，速檀·阿黑麻于战乱中逃到阿克苏。在西部地区政局动荡之际，东部地区则在阿都拉因汗的治理下显得比较稳定，特别是他竭力维持与 明朝 间的 政治经济 往来联系，使其域内社会经济状况数十年保持平稳发展的趋势。阿都拉因汗在位40年，于1635年左右去世。长子阿布伦·木汉默德·阿济汗继位后，利用雄厚的经济和军事实力，率兵西征，攻占了 阿克苏 城，而后又继续南下占领了哈实哈儿、 叶尔羌 等城镇，再度统一了汗国全境。随后，阿布伦·木汉默德·阿济汗打败了北部强敌瓦刺的进攻，同时向西部发兵远征并大获全胜，又摆脱了长期受吉利吉斯人控制的局面。阿布伦·木汉默德·阿济汗在位期间，继续其父与中央政府交好的原则，内地正值明清鼎革之时，1655年，阿布伦·木汉默德·阿济汗直接向 清代 遣使纳贡。清朝规定：“自此以后，每五年一次来贡。” 朝贡 关系的确立对于之后 西域 政局的变化有重要的作用。
这一时期， 伊斯兰 教 “ 和卓 ”势力的壮大和变化也是影响汗国局势的一个重要因素。 和卓 家族在汗国内部的勃兴始于阿不都·哈林汗时期，先是 黑山派 势力逐渐成为蒙古贵族依靠的主要精神力量。但是，随着形势的发展，和卓由 汗王 的支持者变为政权的操纵者。到了阿布伦·木汉默德·阿济汗统治时期， 白山派 和卓势力兴起。白山派与黑山派作为 穆罕默德 “ 圣裔 ”的 玛哈图木·阿杂木 的后代，二者在宗教教义上并没有太大的分歧和差异，只是两个教派而已。白山派进人汗国之前，黑山派 和卓 家族几乎控制着诸位 察合台汗国 汗王，阿布伦·木汉默德·阿济汗统一汗国后，白山派代表人物玛木特·玉素甫移居哈实哈儿城。他当时倚赖的政治靠山是太子、时任哈实哈儿城 总督 的尤勒巴斯。尤勒巴斯野心勃勃，在他的鼓励操纵下，白山派势力发展很快，这就自然同黑山派发生 利益冲突 。两大宗教派别之争加剧了汗国的政治危机。1667年（清 康熙 六年），尤勒巴斯外结 准噶尔汗国 势力进攻哈实哈儿、 叶尔羌汗国 等地，阿布伦·木汉默德·阿济汗兵败出逃国外，尤勒巴斯控制汗国大权。黑山派 和卓 不甘心失败，首领玛木特·阿不都拉率领信徒撤离叶儿羌城，聚居 阿克苏市 ，扶植阿布伦·木汉默德·阿济汗的弟弟伊斯马因汗。与此同时，尤勒巴斯在 白山派 和卓的支持下在叶尔羌城登基。为了统一汗国，双方大动干戈。
双方争斗过程中， 卫拉特 （瓦剌）准噶尔部参与了进来，致使问题更加复杂。由于尤勒巴斯汗得到势力强大的 准噶尔 部领袖 僧格 的支持，起初获得胜利。但是，因为尤勒巴斯汗不愿彻底依附僧格，后被废黜，其子阿不都·拉提夫被扶立为汗。不久，伊斯马因在僧格的政敌厄勒丹台什的支持下，乘机向 叶尔羌汗国 城发动进攻。至1670年，相继攻占了 叶城县 、叶尔羌和哈实哈儿等地。伊斯马因进入叶尔羌城后，遂宣布为大汗。黑山派得势， 白山派 遭到残酷镇压。白山派和卓首领 阿帕克和卓 （玛木特·玉素甫之子）逃出哈实哈儿城，途经 克什米尔 进人 西藏自治区 ，见到了 阿旺罗桑嘉措 ，获得其同情和支持，中经引荐，取得了实力雄厚的 准噶尔汗国 部首领 噶尔丹 的支持。1680年，在阿帕克 和卓 的引导下，准噶尔人攻占了 乌什县 、 阿克苏市 、哈实哈儿以及 叶尔羌 诸城，伊斯马因汗被俘，与其全家老小被解送到 伊犁哈萨克自治州 。由 察合台汗国 后裔建立的东察合台汗国最终灭亡。
疆域
东 察合台汗国 的疆域分三部分：
一是亦力把里本部，东起 北塔山 ，西到 塔什干 ，北界 额敏河 至 巴尔喀什湖 一线，南包 天山 山脉；
二是杜格拉特部领地，包括 塔里木盆地 周围， 帕米尔高原 及其以西费尔干地区；
三是畏兀儿地，即 吐鲁番盆地 。
后裔
• 秃黑鲁·帖木儿汗 （1347－1362）
• 也里牙思火者 （1362－1363）
• 哈马儿丁（1363－1388之前）
宗主国
东察合台汗国奉 明朝 为宗主国。
黑的儿火者 登上汗位不久，便遣使到明朝称臣 朝贡 ， 朱元璋 盛情接待、赏赐，并派使臣回访。从此东察合台汗国历代汗，如沙迷查干汗、马哈麻汗、纳黑失只罕汗、 歪思汗 等奉明为宗主国，经常遣使进贡驼、马、 玉石 、皮货等特产；明朝则优厚回赐丝绢、金银等财物。
明为了统辖 西域 ，1406年在 哈密市 设卫。哈密卫是明朝在西域建立的行政、军事机构。明朝还册封西域各部首领为王，如 哈密 王、别失八里王、 吐鲁番市 王、瓦剌王等，并任命西域各部头目为中部的都指挥、都渐 事等官，管理本部行政事务。
东察合台汗国时期， 哈萨克族 在 楚河 、塔拉斯河流域形成，成为 华族 的一员，为开拓祖国边疆、发展西域经济作出了重大的贡献。
哈萨克族是 中国 古老的民族。公元前2世纪，生活在 伊犁 河谷 和七河流域的 乌孙人 ，融合了 塞种人 和月氏人成为哈萨克族的先世。此外，6—13世纪生活在这一地区的 西突厥 、突骑施、 葛逻禄 以及 康居 、 阿兰 、咄陆、 铁勒 等部落和部族也融合到哈萨克中。
13—14世纪，哈萨克部落处于 钦察汗国 和 察合台汗国 的统治之下。1456年， 克烈汗 和贾尼别克汗率领 哈萨克族 在楚河流域建立了 哈萨克汗国 ， 首都 为土尔克斯坦城。汗国的建立对 哈萨克民族 的形成具有决定性的作用。1589年，哈萨克人及其分布地区分三个玉兹， 大玉兹 分布于巴尔喀什湖南部及 伊犁 河 到 锡尔河 之间的广阔地区； 中玉兹 分布在大玉兹之北，即 巴尔喀什湖 西北 草原地带； 小玉兹 分布在今 哈萨克 斯坦 西部。后来，大、中玉兹服属于 准噶尔汗国 部，小玉兹被 沙俄 侵并。
宗教信仰
东 察合台 汗国是 伊斯兰教 在新疆获得重大发展的时期。 察合台汗国 后王在境内强制推行伊斯兰教，蒙兀儿人亦逐步改宗伊斯兰教并融合到 维吾尔 等民族中，以额什丁家族为代表的 和卓 宗教贵族在新疆南部兴起。 1354年 秃黑鲁·帖木儿汗 接受额什丁和卓父子的宣传，归信伊斯兰教，并带动16万 蒙兀儿 属下集体信教，随后，额什丁 和卓 又在 库车市 地区展开宣教活动，当地居民改宗伊斯兰教。 黑的儿火者 汗 则以“圣战”征服佛教占统治地位的 吐鲁番 地区。 优努斯汗 时，蒙兀儿人被承认为 伊斯兰 教 的成员。 艾哈迈德·曼苏尔 及其子曼苏尔长期对 明朝 控制的 哈密市 进行争夺，终使其成为伊斯兰教地区。在推行伊斯兰化的过程中， 察合台汗国 后王与伊斯兰教上层教职人员紧密结合，支持伊斯兰教的社团组织，对不愿改宗伊斯兰教的民众进行镇压，流放佛教僧侣，拆毁佛寺，焚烧 佛教经典 ，用 刑罚 迫使人民遵守伊斯兰教法教规。16世纪， 伊斯兰教 在新疆确立了统治地位，成为 维吾尔族 全民信仰的宗教。
国号
对于公元14世纪至17世纪的 新疆历史 ，学术界并没有统一称呼，大致有如下几种：
“蒙兀儿斯坦”是当时 中亚 地区最流行的称呼，而明代汉籍则使用地名“ 别失八里 ”或“亦力把里”来称呼。 叶尔羌 汗国是现代出现的概念，仅限于称呼1514年到1680年以叶尔羌为中心的新疆地方政权， 察合台汗国 后王政权也是现代出现的概念，但过于笼统，凸显不出当时 中亚 地区众多地方政权各自的特点。使用“东察合台汗国”这一称呼的理由，第一是王统上，该汗国由源出察合台汗后裔的秃黑鲁帖木儿家族统治；从区域上看，原 察合台汗国 东部地区一直处于秃黑鲁帖木儿家族的后代的统治之下；从年代上看，该汗国始于1347年秃黑鲁帖木儿被立为汗，终于1680年蒙古 准噶尔汗国 贵族 噶尔丹 占领汗国首府，历史分界十分清楚。也有观点认为，东察合台汗国和 叶尔羌汗国 “到底是两个不同的政权”，1570年 叶尔羌 汗国占领 吐鲁番市 ，就归并了东察合台汗国。
政治
东察合台汗国依然大体上继承了 察合台汗国 的体制，以其定都叶尔羌时期（叶尔羌汗国）为例，主要有：
经济
畜牧业与农业
东察合台汗国时期，在以 天山 北部草原地带为中心的畜牧业经济持续发展的同时，南部诸地为主的农业 种植业 经济也有不同程度的发展，但在新疆经济史上，特别是农业的发展，东察合台汗国时期没有出现令人注目的经济成就和繁兴景象。此间原因很多，主要有以下两点：一是作为统治民族的蒙兀儿人本身生产力比较落后，社会经济发展水平低，特别是汗国初期蒙兀儿诸汗及诸部落首领、异密坚守传统的以游牧为主的生产生活方式，天山北部社会经济与以前相比，甚至出现退耕还牧现象；二是这一时期政治上的不稳定和连绵不断的社会动乱也阻碍了当地经济的正常发展，如公元16世纪 满速儿 汗时期汗国内部发生的都格拉特部异密札八儿叛乱以及米儿咱·阿巴· 乞儿派兵对 阿克苏市 、 拜城县 和库车诸城的劫掠。 米尔咱·海答儿 书曰：他们将居民赶出城外，劫走所有的牛羊家畜和财物，致使那里相当一段时期“昔日的城堡村庄只落得由 鹰 为王，而原野则成了 蒙原羚 的世界”。社会动乱对社会经济的摧残破坏由此可见。
手工业与商业
东察合台汗国时期， 天山 南北诸地虽然战乱频仍，社会时常处于动荡之中，但是其地手工业和商业却仍有一定程度的发展。手工业方面，位居 天山 北部的 别失八里 亦力把里诸地，出产铜铁、铅、白 布矾砂诸物。 吐鲁番市 、火州等地则产有盐、 砂、白毡布。天山南部鸭儿看、 金玉国 、哈实哈儿的 玉石 更是闻名于世，手工业也很繁荣。
东 察合台 汗国时期，已经开始并且能够铸造钱币了这显然也是为了适应当时经济流通和商品交换的需要。东察合台汗国所辖地域范围皆位处 丝绸之路 中界，自古以来商胡贩客不绝于途，贸易交往十分繁荣。蒙兀儿人占据此地后，特别是后来大批蒙兀儿人定居，经营农业、 手工业 ，遂与周邻各地的商业往来也频繁起来。据史籍记述， 天山 南部的鸭儿看城，“商贾如鲫，百货交汇，屹然为是方著名商场”。所有东往西来的商队，“咸至此休整编队，继续前往，商队首领亦俱为汗王以某人纳金数量多寡任命。公元15世纪下半叶，商业利欲使东察合台汗对位处“西北诸胡往来之衡要路”的 哈密市 甚为关注，他们“企图以占哈密为利价”、“以规贡利”。 哈密 卫的攻占使东察合台汗垄断了当时的中西交通要道。他们倚此贡路，取商队重税，获利甚巨，以致于他们称此为“金路”。除了垄断贡路、获取重利外，汗王们还常遣使臣商贾与周邻各地往来，直接进行商业贸易活动特别是东与中原内地的往来尤为密切。根据资料记载，从 黑的儿火者 汗始，迄汗国末叶的阿不都拉汗时期，蒙兀儿人与明、清两朝的贸易往来一直没有中断。当时 朝贡 商队人数之多、交换商品种类之多以及数额之巨皆属罕见。
军事
东察合台汗国的 军事组织 的突出特点是兵民合一，平时放牧，战时出征，部族首领平时是行政首脑，战时是军事长官。东察合台汗国的军事官员主要有异密（ 阿拉伯语 意义为首领、国王，东察合台汗国时意为军事长官或将军）、别吉（突厥语意为大本营长官，是汗国的最高军事长官）、伯克（与异密相同，指直接掌握一定军队的游牧军事贵族或实力人物）等。
文化
宗教
察合台汗国 时期，对各种宗教实行兼容并蓄的政策，但到东察合台汗国时期，就成了 伊斯兰教 一家独大，从而完成了新疆伊斯兰化的进程，对 新疆历史 产生深远影响。
秃黑鲁帖木儿即位前夕，也就是在他18岁的时候，在 阿克苏地区 狩猎途中偶遇因逃荒流落此地的布哈拉穆斯林。经过一番耐心教诲，秃黑鲁帖木儿完全为沙黑·札马鲁丁折服，他最后向这位伊斯兰传教士表示，一当登基掌握最高权力，一定邀请沙黑到他那里，他将 皈依 伊斯兰教。此后不久，沙黑·札马鲁丁便于 阿克苏市 告别人世。临终前，将此事告诉他的儿子额什丁，叮嘱若这位蒙兀儿人作了大汗，一定不要忘记提醒他遵守诺言。后来，秃黑鲁帖木儿荣登汗位，额什丁闻讯，便由阿克苏起身赴东察合台汗国首府阿力麻里（ 伊犁哈萨克自治州 ），拜见 秃黑鲁·帖木儿汗 ，到那儿之后额什丁虽然竭尽全力，欲面觐汗王，然而都未能如愿。于是，他每日清晨就在汗帐附近高声地呼喊，最后终于获允面见了汗王。秃黑鲁帖木儿在得知沙黑·札马鲁丁的临终遗言后，表示一定兑现自己的承诺，接着由大毛拉黑的马特主持汗的入教仪式。秃黑鲁帖木儿诵读真主祷词，行过 割礼 ，成为一名穆斯林。随后在他的强制下，其属下达官贵人以及民众16万人剪掉长发 皈依 了 伊斯兰教 。
秃黑鲁帖木儿汗 及其部众虽然在公元14世纪初宣布改信了伊斯兰教，然而其属众成为真正的 虔诚 穆斯林却经历了一段相当长的时间，这里最重要的因素就是由于蒙兀儿人以游牧为主，常年过着流徙不定的生活，所以自然在开始时不能严守伊斯兰教教规,，完成教规规定的功课。
在促使广大蒙兀儿人伊斯兰化过程中，蒙兀几诸汗王起着关键作用。继承 秃黑鲁·帖木儿汗 后在任的所有蒙兀儿汗王大都是虔诚、狂热的 伊斯兰教 徒，诸如秃黑鲁帖木儿之子 黑的儿火者 ，称汗后不久便向东部异教徒地区发动“圣战”，《 拉失德史 》记载该汗曾经进攻 契丹 （中国）,并亲自攻占了契丹的两个边陲重镇哈剌 和卓 和 吐鲁番市 ，强迫当地居民 皈依 伊斯兰教。因此，这两个地方就被称为“达尔・阿勒・伊斯兰（Der al islam）”，意思是指在那里建立穆斯林权力，居民信仰 伊斯兰教 ，而不信仰伊斯兰教的居民在那里要服从穆斯林的统治，没有完全的自由。
至1473年羽奴思汗发兵攻占 哈密市 以后，直到16世纪初，历经半个世纪与中原 明朝 的争夺哈密终究落入东察合台汗国辖下，于是新疆全境遂处于 伊斯兰教 的影响和统治之下。
16世纪，额什丁家族势力衰亡，来自 中亚 的伊斯兰教苏菲派教团——纳合西班迪教团在东 察合台 汗国兴起，受到汗王的崇敬，主导了汗国的 意识形态 ，乃至深度渗透政治领域，直至汗国为 准噶尔汗国 所灭。
文字
东 察合台 汗国时期， 回鹘文 作为一种官方书面语言，只是流行于社会中、上层中。而且其使用范围也仅局限于 天山 北部 伊斯兰教 文化最初还不甚发展的地区，例如至今尚未发现有关哈实哈儿、鸭儿看诸地区应用回 鹘 语言的文献记述和实物资料。后来，随着蒙兀儿贵族的逐渐 突厥化 和伊斯兰文化的深入传播，回鹘文便渐趋为以阿拉伯字母为基础的察合台语言所替代。
除 回鹘 文外， 波斯语 当时在东 察合台 汗国域内也较为流行，尤其反映在文学诗歌中。这种情况之形成，与当时 波斯 文化比较发达有很大关系。官员学者皆以操波斯文进行创作为荣。出生于哈实哈儿的蒙古都格拉特部异密米儿咱・ 马黑麻・海答儿 于公元16世纪写成的 历史学 著作《 拉失德史 》即是用 波斯 文创作的。蒙兀儿诸汗，如 赛德 、 阿不都哈林 等都擅长于用波斯文进行写作，曾有诗文传世。当时许多波斯古籍也在民间广为流传。
文学
东察合台汗国时期文化的发展尤其反映在文学、诗歌的创作方面。王室贵戚们积极推崇，并且身体力行，有力地推动和促进了这一时期文学、诗歌的创作。伊斯兰波斯文化的东传和推广对于汗国内文化的影响殊巨，它起着一种 催化 和促进作用，不仅使中亚西亚其他信仰 伊斯兰教 国家和地区的文学创作深受其感染，即使是东 察合台 汗国境内的蒙兀儿人、 维吾尔人 也毫不例外。尽管如此，东 察合台 汗国时期文学、诗歌创作的主流是以“察合台文学”为其主要特征的。所谓“察合台文学”亦即用 察合台语 进行文学创作的文学、诗歌等。察合台语朴实、清新，极适宜于文学创作特别是在反映现实题材方面比 波斯语 更富有表现力。代表性文学家有阿塔依、 赛卡克 和 鲁提菲 。
乐舞
东察合台汗国时期，各族劳动人民在乐舞方面最大的贡献就是对畏兀儿族传统的民间古典音乐《十二木卡姆》进行的改革和整理。据考证，“ 木卡姆 ”为古龟兹语“Maka-ykne”，意即“ 大曲 ”。它的原始形式当是公元前2世纪流传在今新疆东部 天山 以南地区的“摩诃兜勒”。公元16世纪，木卡姆乐舞艺术在东察合台汗国时期又经历了一次很大的变革。阿不·都·拉失德汗及妃子 阿曼尼莎汗 乐师喀迪尔汉对它进行了系统的规范整理，使之成为一套集古代畏兀儿 传统音乐 、演奏音乐、诗歌舞蹈于一身的固定的规范化大型套。
统治者
亦力把里