郑成功 抗清之战是1646年（清顺治四年， 永历 元年）至1661年（清顺治十八年，永历十五年）郑成功在明亡后，退守 金门县 、 厦门市 一带，在东南沿海坚持抗清的斗争。
1646年（清顺治四年，永历元年）八月，清军入闽，九月十八日 福州市 陷落， 朱聿键 出奔江西汀州被杀。郑成功背父而坚持抗清。他以厦门、金门两岛为抗清基地，北上攻打 同安区 、 泉州市 、 福清 等地，以扩大 地盘 。
1658年（清顺治十五年，永历十二年）五月，为了扩大抗清战果， 郑成功 在福州率大军北上，翌年攻取 镇江市 ，包围 南京 。这是他抗清运动的高潮。但是关键时刻，郑成功犯了轻敌的错误，结果清兵突然反攻，郑军损失严重。郑成功只好退出 长江 ，回到 厦门市 。
1661年（清顺治十八年， 永历 十五年）开始， 郑成功收复台湾 ，开启了明郑时期。郑成功的抗清斗争告一段落。
郑成功在 福州市 抗清的斗争中，纪律严明，秋毫无犯，严禁焚烧淫掠，不准擅动民间一草一木，禁止宰杀耕牛等，深受百姓欢迎。
战争背景
1644年（崇祯十七年，清顺治元年），闯王李自成攻破 北京市 ， 崇祯 自缢于 煤山 ， 明朝 灭亡；随后明 山海关区 总兵 吴三桂 引 清军入关 ，击败 李自成 进驻北京城。明朝遗臣遂于 南京 拥立 弘光帝 弘光帝 登基，翌年（1645年）改元“ 弘光 ”。
1645年（清顺治二年，弘光元年）五月十五日， 清代 爱新觉罗·多铎 多铎 率军南下，破 扬州市 ，攻占南京， 兵部尚书 史可法 等人殉国， 弘光帝 被俘，遭到杀害，弘光政权灭亡。弘光政权覆灭后，当时 郑芝龙 手握重兵，成为 朱聿键 依靠的主要军事力量。郑芝龙、 郑鸿逵 兄弟于福州拥戴 朱聿鐭 朱聿键 称帝，1645年（清顺治二年，弘光元年）七月改元“ 隆武 ”。不久，鲁王 朱以海 亦在 绍兴市 称“ 监国 ”，改年为“鲁监国元年”。隆武、鲁监国两政权虽皆“矢志恢复”，却彼此矛盾、冲突不断，各行其是。隆武政权成立后，郑芝龙将 郑成功 引荐给隆武帝，隆武帝非常赞赏郑成功的才华，隆武帝将当朝最尊崇的 朱姓 赐给郑成功，并将原名森改为成功。从这时起， 郑森 的名字就成了 朱成功 。 自是，朝廷内外都称朱为 国姓 ，普通百姓尊称他为 国姓爷 。
1646年（清顺治三年， 隆武 二年）起，郑成功即开始领军，多次奉命进出闽、赣与清军作战，颇受 朱聿键 器重。然而真正握有 军政 大权的 郑芝龙 ，却无意全力抗清，甚至在清军南下 福建省 的时候，命令 仙霞关 守将 施福 （又名施天福， 施琅 族叔）将军队撤回 福州市 （隆武政权所在地）。此举导致清军攻入 南平市 时几乎没有遭受抵抗。 清代 大学士 洪承畴 为 泉州南安 人，郑芝龙同乡，在其承诺给予三省王爵的利诱下，郑芝龙不顾 郑成功 、 郑鸿逵 等人的反对，决意带着其他几位儿子北上向清朝投降。郑成功劝阻父亲不成，只好带着部分士兵出走 金门县 。 郑芝龙 本以为降清之后不但得保家业，还能加官晋爵；不料 清军 征闽主帅 爱新觉罗·博洛 背约，不但将 郑芝龙 与诸子一同挟往燕京，更出兵攻打郑家的故乡闽南南安。郑成功之母 田川松 当时已从 日本 搬至 南安 定居，不幸碰上此次劫难，于战乱中自杀身亡； 郑成功 得知母亲死后，更加坚定了抗清的决心。成功乃率领父亲旧部在中国东南沿海抗清，成为 南明 后期主要军事力量之一。
1646年（清顺治三年， 隆武 二年）八月， 清军 攻克 浦城县 、 霞浦县 ； 朱聿键 出奔 江西省 ，在 长汀县 遭清军俘虏，之后绝食不屈而亡。南明帝系旋由桂王 朱由榔 继承，改元“ 永历 ”。
隆武政权灭亡后， 郑成功 避走 金门县 ，然后开始于沿海各地招兵买马、收编 郑芝龙 旧部，更在 南澳县 募集了数千兵力。
战争过程
金门起兵
• 积蓄力量
1647年（清顺治四年，永历元年）一月， 郑成功 在 烈屿乡 （今日 金门县 烈屿乡 ），以“忠孝伯招讨大将军罪臣 国姓 ”之名誓师反清。七月，郑成功会同郑彩部队攻打 海澄县 ，失败；八月，郑成功又与 郑鸿逵 部合围泉州府城，清漳州副将王进率援军至，郑军不敌败退。
1648年（清顺治五年， 永历 二年）， 南明 浙江巡抚 卢若腾 等人来归， 郑成功 蓄积实力后再次出击。郑成功的部将主要来自四个方面：一是跟随他起兵的少数将领，如 洪旭 等人；二是 福建省 沿海应募而来的有志之士，如海澄人 甘辉 、 漳浦 人蓝登等；三是跟随 郑芝龙 降清，拨归 佟养甲 、 李成栋 部下进攻两广，1648年李成栋反正后由粤返闽的将领，如 施琅 （当时名 施郎 ）、洪习山、 黄廷 等；四是清方派驻东南沿海的少数仍怀故国之思的将领自拔来归。 郑成功 对于这些不同出身的将领大体上能做到一视同仁，惟才是举。特别是在 军事组织 上作了精心的改编，防止了将领拥兵自雄、飞扬跋扈的局面。这是他总结了 弘光 、 隆武 以来朝廷姑息养奸教训而采取的坚决措施。正是由于建立了极为严格的军事组织和纪律， 郑成功 才成为一位真正的统帅，而不是虚有其名的盟主。
• 同安之役
1648年（清顺治五年、 永历 二年）四月初十日，郑成功率领部将洪习山、 甘辉 等进攻福建 同安区 。清军副将廉彪、游击折光秋引兵出城迎敌，被击败退入城中。十八日，郑军直抵城下， 清代 知县张效龄和廉彪、折光秋带着残兵败卒弃城而逃。 郑成功 入城后出令安民，委任 叶翼云 为 同安 知县， 陈鼎 为教谕，号召诸生起义勤王，劝谕百姓缴纳粮饷。正在这时，原先奉 朱聿鐭 朱聿键 入 广州市 建立 绍武 政权的总兵林察从 广东省 逃回，报告了 广西壮族自治区 、湖广等地拥立永历帝的消息。 郑成功 举手加额说：“我有可以效力的君主了！”排设香案望南而拜，从此遥奉 永历 正朔 。他派 隆武 朝 中书舍人 江于灿、黄志高携带表文乘船由海道前往广东，向永历朝廷报告自己在 福建省 沿海抗清的情况，表示愿意在永历朝廷领导下东西配合，共谋复兴。
五月，郑军围攻 泉州市 ；七月， 清代 靖南将军 陈泰 、浙闽 总督 陈锦 、福建提督 赵国祚 等转而攻击 同安区 ，郑军不敌，守将、军民死伤无数。不久，清朝援军抵达泉州， 郑成功 就去解泉州之围，怆然退回海上。同年，清朝 江西省 总兵 金声桓 、 王得仁 于江西起兵反清，清朝 广东省 提督 李成栋 亦投向 永历 政权，使 反清复明 的声势一时大涨；只可惜各方反清势力在彼此没有默契、各自为政的情况下，大多沦为地方性的抗争。不久后，清廷压制了江西的金声桓、王得仁势力；广东李成栋军亦于次年灭亡。
1649年（清顺治六年， 永历 三年）， 郑成功 改奉永历年号为 正朔 ； 永历帝 即册封其为“ 延平 王”（郡王），从此亦有人称成功为“郑延平”。
内部矛盾
• 潮州之战
1649年（清顺治六年， 永历 三年）十月，郑 成功决定挥兵南下，除打击 闽南地区 清军外，也打算沿路收服各地的城寨以为粮源。一个多月下来，从清军手上攻取 漳浦 、 云霄县 等地，亦平定了达 、 霞美镇 等寨；十一月，郑军攻 诏安县 不克，乃决定转入 粤东 ，经分水关至 潮州市 一带征讨不合作的零星势力；至隔年五月之间，又第次收服了 潮阳区 以及周边许多山寨。潮州守将 郝尚久 虽已于1648年（清顺治五年， 永历 二年）随 李成栋 反清，但曾袭击 施琅 、 郑鸿逵 等部，也曾拒绝 郑成功 “联军”的要求，并在郑军攻打新墟寨时派兵与之为难，与郑成功素有嫌隙。
1650年（清顺治七年， 永历 四年）六月，郑成功军队行抵潮州，便以郝尚久立场“不清不明”为由，出兵击之；郝部不敌，退守府城， 揭阳市 、 普宁市 、 惠来县 等县尽入郑军之手。不久，清军再次攻入 广东省 ；郝尚久背腹受敌，负气降清，引 清军 入潮州城以抗郑军。郑军围困 潮州市 城三月不克、士气低落，又面临粮饷接济问题，只得于八月解潮州围退回 闽南地区 。
• 丢失厦门
1650年（清顺治七年， 永历 四年）， 郑成功 族叔（一说族兄） 郑彩 、郑联的军队领有 厦门市 。郑成功退回闽南之后，为了拓展实力乃借口郑联在 厦门 横征暴敛、使民不聊生；采取 施琅 的献策，用计图取厦门。同年 中秋节 ，郑成功趁着郑彩离开厦门的时机，前往厦门拜访郑联，郑联大意并未设防，惨遭刺杀身亡。不久，郑彩得知郑联的死讯，更加不敢与郑成功作对，回到厦门便将兵权都交了出来； 郑成功 自此接收了郑彩、郑联大部分的部队，并且实际取得 厦门 、 金门县 作为根据地。农历十一月，清平南、靖南二王率数万铁骑攻入 广州市 ； 郑成功 奉敕南下勤王，令 叔父 郑芝莞留守 厦门市 。十二月，郑成功抵 揭阳市 ，与 郑鸿逵 会师；两人商讨后，决定由郑成功继续率军南下勤王，而郑鸿逵则移师往厦门协防。同年，鲁王在阁部 曾樱 等人陪同下，来到厦门投靠 郑成功 ，被安置在金门。
1651年（清顺治八年， 永历 五年）正月，郑成功抵 南澳岛 。二月二十五日，郑军舰队于盐州港附近遭遇风暴，郑成功的主船险些解体、翻覆，几乎所有船上器具，包括鼎灶都一并丢失；据记载当时船上甚至连食物都无法准备， 郑成功 本人也连饿两餐。直到隔天下午风雨渐歇，郑成功的主副座船才得以回到岸边与舰队会合。此乃 郑成功 本人于海上遭遇最大的一次凶险，事后郑成功也重赏主副中 军船 的两位驾驶。
1651年（清顺治八年，永历五年）三月，郑军抵达广东大星所（今广东惠东）。另一方面，清 福建巡抚 张学圣得知郑成功的主力军队已经前往 广东省 ， 厦门市 防务松散，似有可趁之机；乃命令 马得功 、王邦俊等趁虚攻击厦门。马得功挟持身在 南安市 的 郑芝豹 ，命其交出船舰渡载清军往厦门，并且顺利在海面上击败郑军。面对清军来袭，负责厦门防务的郑芝莞未战先怯，只顾著将财物搬运至私人船上逃亡；使得清军相当轻松就攻破厦门，并将郑家的积蓄、装备掠夺一空。由于事出突然，董夫人与 郑成功 长子 郑经 只来得及携带祖宗 牌位 避于海上逃过一劫。清军侥幸偷袭得逞之后，却没打算留在 厦门 与郑军决战，于是满载战利品即返回内陆。这时赶赴 厦门市 支援的 郑鸿逵 ，正好于海面遭遇返航之 马得功 部队，将其围困，却被马得功威胁将害其母、兄（ 郑芝龙 ）性命，无奈之下只好放走马得功。不久，郑成功于广东得知了厦门遭袭击的讯息；原本他仍坚持继续南下勤王，但终因上下将士思归，哭声遍闻，乃不得已班师回厦门。收复厦门后， 郑成功 追究起责任，将怯战以逃的 叔父 郑芝莞斩首；而放走马得功的郑鸿逵则交出兵权、自请退隐 东石镇 白沙，不再过问政事。同年农历五月， 郑鸿逵 麾下大将 施琅 再度降清。
相持局面
• 漳州之役
1652年（清顺治九年， 永历 六年）农历正月，清海澄守将赫文兴向 郑成功 投降。二月，郑军攻长泰， 清代 派遣陈锦率大军前往救援；两军于江东桥展开大战。郑成功仗着对 闽南地区 地形较为熟识，在 江东桥 附近安排了许多伏兵，大败 陈锦 ，歼灭多数清军，取得 江东桥大捷 的胜利。不久即攻下 长泰区 。攻克 长泰 之后， 郑成功 集结大军进攻漳州府城，将之层层包围。四月，清朝为解 漳州市 之围，于是募集百艘船舰进犯 厦门市 ，攻郑成功所必救。郑成功遂派陈辉、周瑞等率领百余艘战舰迎击，于崇武大败清军，取得崇武战役的胜利。郑军在海上大捷，因而对漳州城的施压没有稍减；然而漳州守军亦相当顽强，使得围城的势态持续超过半年。几个月下来，漳州城内的水粮已竭，士卒、百姓饿死者不计其数。据说当时，城中军民互相争夺食物，即使家中有食物者也不敢烹调，因为一旦被发现燃起炊烟的人家就会被抢，更传说有人吃人肉的惨况发生，史载“城中人自相食，百姓十死其八，兵马尽皆 腹”。同年九月，清军将领固山额真金砺率领了万人大军开抵 福建省 ，进入泉州府； 郑成功 才下令解除漳州之围以待敌军。郑成功将部队布置于 江东 ，欲用击败 陈锦 的同样方式，来伏击金砺军，但却遭金砺固山识破，两军展开混战，郑军提督 黄山市 、礼武镇陈俸、右先锋镇廖敬、亲丁镇郭廷、护卫右镇洪承宠都在激战中阵亡。郑军于交战失利后，只能撤退以确保 海澄县 、 厦门市 的安全。清军趁胜收复 南靖县 、 漳浦 、平和、 诏安县 四县。
• 海澄之役
围攻 漳州市 失利后，郑成功命部将镇守海澄，自己在1653年（清顺 治十年， 永历 七年）回到厦门。 蒋贵 张名振 建议，乘 金砺 所统南下清军主力集中于 福建省 ， 浙江省 、 江苏省 兵力单薄的机会，由他带领原鲁监国舟师北上直入 长江 ，“捣其心腹”，使清方处于进退失据的困境。 郑成功 同意了这一建议，可能提供了一些船只、粮食和装备，这年秋天张名振、 张煌言 等带领 北洋水师 北上江浙。
四月，金砺调集水陆官兵，准备进攻 海澄县 和中左所（ 厦门市 ）。二十八日，金砺指挥的清军扎营于祖山头，摆开了进攻海澄的阵势。五月初一日，郑成功亲统大军到达海澄。初四日， 金砺 调集 铳炮 数百号集中火力轰击郑军阵地，郑军据守的 、木栅多被击坏。第二天，后进镇陈魁、后冲镇叶章见被动挨打不是办法，要求主动出击； 郑成功 同意了他们的意见。清军见郑兵出营，立即以密集 炮迎击。 郑成功 命人收兵固守。清军继续用铳炮轰击，镇远寨边新筑的籧篨等 防御工事 被夷为平地；郑军将士失去了屏障，官兵惊惶不安。郑成功下令挖掘地窝藏身，同时鼓舞士气。郑成功为了进一步增强将士的决心，亲自冒着密集的铳炮登上高耸的敌台观察敌军阵势。他判断清军在持续两日施放 铳炮 之后，即将发起全面进攻。当天夜里，他派神器镇何明、洪善等把大量 发射药 埋在两军相持的河沟边，准备好引线，待机而发。
入夜以后，清军铳炮不绝。初七日五鼓， 金砺 下令以空炮掩护，派绿营兵打头阵，随后是满洲兵，填河攀栅蜂拥而来，直抵城下，箭如雨下，企图一举登城。天亮以后， 郑成功 望见满兵大半过河，当即下令何明等点燃引线，沿河埋设的火药同时爆发，烟焰蔽天，刚过河的清兵大部烧死。 甘辉 乘机挥军扫荡，残存清军狼狈而窜。金砺见败局已定，急忙督令士兵强迫民夫抬运火炮连夜逃回 漳州市 。郑成功海澄战役的胜利，沉重地打击了金砺部清军，恢复了因漳州失利造成的士气不振。
海澄战役以后， 金砺 被清廷召回 京师 。清、郑双方再次处于相持局面。
清廷招降
1653年（清 顺治 十年， 永历 七年）农历五月，清军两度大败后， 顺治帝 敕封 郑成功 为“ 黄梧 ”，郑成功不接受。八月，双方与泉州府安平报恩寺内议和，郑军得以休兵筹措粮饷，稍事整顿。十一月，顺治帝再度敕封，并承诺给予一府（泉州府）之地安置兵将，郑成功仍不接受。
1654年（清顺治十一年，永历八年），定 西侯 张名振 见清军已将军力集中于 福建省 ，则江、浙等地防务势必空虚；于是乃向郑成功请师，率领百艘战舰北上，图取 江南 地区。张名振的北伐之师沿 长江 进攻，直达金山寺，威胁 南京 城；但因后援接济不及，只得回师。二月，清廷再遣使与 郑成功 ，承诺给予 莆田市 、 泉州市 、 漳州市 、 潮州市 四府地方；郑成功以“兵马繁多，非数省不足安插”为由，再拒绝之。八月，清又遣使往议；郑成功的亲弟郑渡、郑荫也在使节之中。郑成功称“ 清代 没有诚意”，并谓“我一日未受诏，父一日在朝荣耀”，又一次拒绝清朝提出的条件，坚持抗清。南明西宁王 李定国 与郑成功联系，希望从东、西合力进攻 广东省 ，则 明朝 势力得以合流；若再沿 长江 北伐 ，攻赣、皖、苏各省，则复兴大业有望矣。 郑成功 派林察、周瑞督军西进，却因故延误了与李定国的约期；致使李定国孤军奋战，虽克复 肇庆市 ，却于广州城外大败而回。李定国本来对与 郑成功 会师北伐，抱有很大期待，甚至促成李、郑连姻来巩固盟谊；但却因郑成功屡 军期而误了大事， 李定国 对此相当失望。同年 清朝 漳州协守 刘国轩 向郑成功投降，引郑军进入漳州府城；漳州总镇张世耀见大势已去，与以下官员尽皆向郑军投降。十二月，郑军分兵进击，拿下 同安区 、 南安县 、 惠安县 、 安溪县 、 永春县 、 德化县 诸县，军队进入 莆田市 地方。
1655年（清顺治十二年， 永历 九年），因为 永历帝 和 郑成功 势力相隔遥远，特准郑成功设置六官及察言、承宣、审理等官方便施政，同时允许他委任官职，武官可达一品，文职可达六部 主事 。 郑成功 每次拜封官员，都请 朱术桂 朱术桂 等明朝宗室在旁观礼，以示尊重体制。郑成功同时将 厦门市 （当时称 中左所 ）改名为“ 思明县 ”，并建造演武亭，以便亲自督察官兵操练。九月， 清代 定远县 大将军、 爱新觉罗·济尔哈朗 世子 爱新觉罗·济度 率三万大军入闽，会同驻闽清军，准备进攻厦门。 郑成功 巩固 金门县 、厦门的防御。与此同时，还派遣部将率领舟师两路进击，一北上 浙江省 ，一南下 广东省 ，令清军腹背受敌、难以兼顾头尾。北上郑军 连战 皆捷，攻入 舟山市 ；南下郑军虽一度攻取 揭阳市 ，却遭到清援军击溃，死伤惨重。
1656年（清顺治十三年， 永历 十年）四月，济度调集各路 北洋水师 进攻 厦门市 ，于围头海域遭郑军痛击，清军大败而归。郑军取得泉州战役的胜利。十二月，郑成功部队又在闽东北取得护国岭战役的胜利。
三入长江
1654年（清顺治十一年、 永历 八年），南明定西侯 张名振 、监军 张煌言 曾三次率军攻入长江口。一月，南明军乘船溯江而上，到达 镇江市 附近的 瓜洲 、金山等。四月，南明军再次入 长江 ，直至镇江、 仪征市 （今江苏仪征），离 江宁区 更近了一步。十二月，张名振等人率船400余艘一直抵达江宁城北的 燕子矶 一带。清军早有防备，一番激战后，明军退回 崇明岛 。三“探”长江虽然并未取得大的战果，但 南明 方面采取敌进我退、敌退我进的海上游击战，令清军完全处于被动挨打的不利态势，无可奈何。
为巩固江宁等地防务，1655年（清顺治十二年、 永历 九年），清廷将储藏在江宁仓库中的“杀手锏”武器—— 红夷大炮 搬出来安放到 镇江市 的炮台。清廷还没有料到，一次更大规模的 长江 战役即将来临。
出师不利
1658年（清顺治十五年、 永历 十二年），清军集中主力在 云贵高原 一带围剿南明永历政权，东南一带防守较为空虚。 郑成功 料想 江宁区 防御薄弱，决定利用这一有利战机，全力进攻江宁，并于八月率船队由 舟山市 北上。然而，郑成功的船队长期活动于 福建省 海域，对 浙江省 海域并不熟悉，再加上天有不测风云，船队航行至羊山（今 浙江舟山 大洋山岛 ）海域时，遭到台风袭击。从八月初九至十一，狂风暴雨一直没有停歇。
面对陌生的海域和未能预料的台风，郑成功的船队一下子陷入了绝境。舰船在巨大的风浪中不堪一击，有的直接葬身鱼腹，有的四散漂流，有的则在大陆海岸搁浅。郑军官兵和家眷伤亡惨重，仅溺水而死的就有8000余人，其中甚至还有 郑成功 的 妃嫔 和3个儿子。这次猛烈的台风阻止了郑成功北上的步伐，也暂时化解了清军面临的危局。
北伐失败
• 北伐 准备
1659年（清顺治十六年、永历十三年）四月十九日，郑成功在羊山之难以后经过半年多的整补恢复，听说 清代 于头年二月调遣三路大军进攻 云贵高原 永历政权，郑成功于是再次大举北征。五月十三，郑成功再次率领大军从浙江沿海出发北上。此时，郑军共有大小舰船三千余艘，兵马十余万，铁人八千。他首先攻占 定海区 （今 舟山市 ），全歼了清军定海水师，焚毁船只一百余艘，基本消灭了清军的海上力量，也解除了进军 长江 的后顾之忧。六月，为了牵制清军对南明 永历 政权的三路围攻， 郑成功 与 张煌言 配合，率领八十三营十七万水陆大军，北伐南京。
• 围困 南京
郑成功北伐军水陆并进，不久，攻陷 焦山 和 瓜州县 ，攻占了长江的重要门户 镇江市 及其所属诸县。六月二十六日，郑成功部前锋已至南京郊区，七月十二日，完成了对南京的包围。在此同时，张煌言率军沿江而上，占据太平、 宁国市 、 池州市 、 徽州 等四府三州二十二县。清廷知悉，举朝皆惊。
顺治帝 惊怒异常，惊慌失措，扬言下令亲征。七月初八，顺治帝命 内大臣 达素 为 安南将军 ，统兵增援江南。在 郑成功 兵临城下的时期内， 南京 城里空气紧张。
• 清军反击
郎廷佐 将南京城外靠近城墙的房屋烧毁，把近 城十里之内的居民全部迁入城中。其次，贴出告示，安定民心，派兵严密查访，杜绝内应，并严惩乘机盗抢作乱之徒。最后加紧储备粮草，置办武器，搜集整修船只。此外，增修 船桨 、绳索等物品，招募舵工、水手，为将来的水陆反攻做准备。
而此时，郑成功在祭拜 明孝陵 的时候，也让将士们饮酒庆庆祝，被为一时的胜利冲昏头脑郑成功，被清军的诡计约降所迷惑，致使战事拖延了一月之久。而困守 南京 城里的清兵 总督 郎廷佐 抓住郑军将士庆贺 郑成功 生日、“饮酒卸甲”、战斗意志松懈的有利时机，指挥清军水陆进袭。1659年（清顺治十六年、 永历 十三年）七月二十四，清军南京最高指挥官 喀喀木 将八旗军和绿营军混合编队，陆上分为三路，水上另有一路，杀出城去，与郑军作最后决战，同时 江苏巡抚 蒋国柱 遣兵赴援。其具体进攻方向如下：第一路清军，从东北、正东、东南、正南、西南、西北六个方向围攻幕府山郑军主力。第二路清军，从西面攻击 幕府山 。第三路清军，从北面进攻幕府山，并伺机焚毁 长江 上的郑军船只，切断其退回江边的通路。第四路清军，从水路出发，由提督 管效忠 率领，攻击郑军江面上的船只。
• 北伐 惨败
清军以火炮轰击郑军营寨，然后便直接展开冲锋，骑兵也都下马步行作战。不到半天时间，郑军多处营寨阵地相继被清军攻破，剩下的人马纷纷向江边溃散。郑军水师指挥黄安所部一面拼死抵抗，一面掩护岸上逃来的败兵和随军家眷们撤退，先后从水中救起数千名跳入江中逃回的郑军士兵。激战中，郑军水师共损失了大小船只五百多艘。但他们最终抵挡住清军的水上攻势，掩护残余陆军撤到船上，避免了全军覆没的悲剧。
郑成功 匆忙率领部队退回 金门县 、 厦门市 ， 张煌言 孤立无援，也退走 浙东地区 ，北伐终告失败。
战争结果
1660年（清顺治十七年， 永历 十四年）， 清代 封 洛托为 安南将军 ，偕尚书 车克 、 内大臣 达素 、 都统 索浑同往。洛托与靖南王 耿继茂 合师进攻金门、厦门，使郑成功难以立足。
北伐 南京 失败后，郑成功所部元气大伤，并且面临军粮不足的问题；为了解决大军的后勤给养问题，郑成功决定听从 何斌 之建议收复由 荷兰 殖民 主义者侵占的 台湾岛 。
战争后续
郑成功 退回 厦门 没多久，清军就紧跟着杀来了，之后两年，清军 数次发动攻打厦门的战役，虽被郑成功击退，但抗清局面却一天不如一天了。
1661年（清顺治十八年，永历十五年） 清朝 康熙帝 即位，三月二十三，郑成功亲率将士2.5万、战船数百艘，自金门 料罗湾 出发，经澎湖，出敌不意地在鹿耳门及禾 港登陆。经过九个月的苦战，迫使殖民 总督 揆一 于同年十二月十三日在投降书上签字。 郑成功 祭告山川，颁屯垦令，开东宁王国，立郑家天下，拥有现在台湾南部以及一部份东部的土地。
康熙帝 即位后为了维护国家统一，任命 施琅 为 福建水师 提督，于康熙二十二年（1683年）武力统一 台湾 。收复台湾后， 清代 于 康熙 二十三年（1684年）在台湾设置一府三县，隶属于 福建省 。从此，台湾和大陆统一起来，其行政建制与内地划一。 台湾府 的设立，加强了台湾同内地的联系，促进了台湾的开发，巩固了祖国的东南海防。
历史评价
郑成功 抗清之战是郑成功自起兵以来，抗清复明事业最辉煌的高潮。此时，清军的重要精锐均投在西南战场，如果郑成功攻克 南京 ，其战略性的胜利可望改变往后的 中国历史 发展趋势。 但是在 金门县 、 厦门市 拥有根据地的郑成功虽然尽全力发动北伐，还是失败了，最优秀的将领阵亡了，再次 北伐 的本钱也输光了。北伐的失败使得 南明 最有力量的郑成功大军没有能够抓住机遇光复南京，彻底失去了光复 汉族 政权的最后机会。但是， 郑成功 转而向海上发展，从 荷兰 殖民者手里收复并大力开发台湾，成为海峡两岸都十分推崇的 民族英雄 。