卧龙国家级自然保护区是中国国家级第三大自然保护区，为四川省面积最大、自然条件最复杂、珍稀动植物最多的自然保护区，主要保护西南高山林区自然生态系统及大熊猫等珍稀动物。其位于四川省阿坝藏族、羌族自治州汶川县西南部， 邛崃山脉 东南坡，距四川省会 成都市 130千米，交通便利；并横跨卧龙、 耿达镇 两乡，东西宽60公里、南北长63公里，总面积20万公顷。
1963年四川卧龙成立大熊猫保护区，开启大熊猫保护事业；1978年卧龙国家级自然保护区晋升为首个国家级大熊猫自然保护区；1980年卧龙国家级自然保护区加入联合国教科文组织“世界人与生物圈保护区网络”，并与世界野生生物基金会合作建立中国保护大熊猫研究中心，是践行“人与自然和谐共生”的先行者。 其地理条件独特、地貌类型复杂，风景秀丽、景型多样、气候宜人，集山、水、林、洞、险、峻、奇、秀于一体，还有浓郁的藏、羌民族文化。
卧龙国家级自然保护区以“熊猫之乡”“宝贵的生物基因库”“天然动植物园”响誉中外，有着丰富的动植物资源和矿产资源，区内建有相当规模的大熊猫、小熊猫、金丝猴等国家保护动物繁殖场；还有世界著名的“五一棚”大熊猫野外观测站以及中国以单一生物物种为主建立的大熊猫博物馆，为中国和 四川省 命名的“科普教育基地”和“爱国主义教育基地”。
历史沿革
1963年，建立自然保护区。面积20万公顷。
1980年1月，四川卧龙自然保护区加入联合国教科文组织“人与 生物圈 ”保护区网（Man and Biosphere Reserve; MAB Reserve），并与世界野生生物基金会合作，建立中国保护大熊猫研究中心。
1983年，加入国际“ 人与生物圈计划 ”。主要保护对象是大熊猫等珍稀动物及森林生态系统。
1983年3月，经国务院批准，将卧龙保护区内 汶川县 的卧龙、 耿达 两个公社划定为汶川县卧龙特别行政区，实行部、省双重领导体制，由林业厅代管；7月，省政府、原林业部联合作出了将 四川省 汶川县卧龙特别行政区改为四川省汶川卧龙特别行政区的决定，与卧龙自然保护区管理局 合署办公 的综合管理体制。
2008年5月12日，距离 5·12汶川地震 震中不到20千米的卧龙国家级自然保护区，遭受前所未有的损失。 香港特别行政区 主动承担了卧龙自然保护区23个援建项目，包括11个 生态保育 项目和12个民生基建项目。不仅如此，援建剩余的1.9亿元，也全部用于优化特区援建的卧龙项目；6月， 香港特别行政区 提出援建卧龙国家级自然保护区的意向。当年10月，双方正式签署重建合作协议，共援助资金14.22亿元。
2009年，在香港专家帮助下《卧龙国家级自然保护区总体规划(2008-2020)》正式完成。
地理环境
地理位置
卧龙自然保护区位于 四川盆地 西缘， 邛崃山脉 东南坡， 阿坝藏族羌族自治州 东南部， 岷江 上游 汶川县 映秀镇 西侧， 成都平原 向 青藏高原 过度的高山深谷地带，东经102°52'─103°25'，北纬30°45'─31°25'，东西宽60千米，南北长63千米。东与汶川县映秀镇连接，西与 宝兴县 、 小金县 接壤，南与 大邑县 、芦山两县毗邻，北与 理县 及汶川县 草坡乡 为邻。
地质构造
卧龙地区位于龙门山中南段， 邛 崃 山的东南坡，为四川盆地向 川西高原 的过渡地带，其地貌形态以高山深谷为主。区内最高峰 四姑娘山 是邛崃山的主峰， 平均海拔 6250米。以 四姑娘山－ 巴朗山 为界，以东为 四川盆地 边缘山地，以西进入川西高原。
1、构造格局
卧龙地区大地构造上属于 龙门山 褶断带的中南段，由一系列北东向平行的 褶曲 和断裂组成。构造带总体方向为北40－50度东。褶曲均为紧密的倒转腹 背斜 、腹 向斜 ，自西北向东南有：总棚子倒转复背斜、三道卡子倒转复向斜、牛头山倒转复背斜、铜槽倒转复向斜，这些褶曲轴面走向为北30－60度东，轴面倾向在不同地段变化很大，忽而倾向西北，忽而倾向东南，呈一弯曲的扭 曲面 ， 倾角 40－60度不等。腹背斜和腹向斜的两翼均被次一级同向倾向的小背斜和小向斜复杂化。
断裂带为北东向挤压性逆冲大断裂，自 西北 向东南有皮条河断裂带、耿达断裂带、映秀断裂带。主断裂的倾向为北300－330度西，倾角50－60度，因为是挤压性的逆冲断裂，所以断裂破碎带非常发育。同时发育了一组与主 断裂带 垂直 相交 的张性断裂及与主断裂斜交的扭性断裂。
这些断裂和 褶曲 基本上控制了卧龙地区的地貌格局
2、 地层
卧龙地区前 古生代 至中生代 三叠纪 地层发育齐全，缺失中生代 侏罗纪 、 白垩纪 和 新生代 第三纪的地层。地层的分布大致以皮条河为界，东南部为古生代地层，西北部以中生代三叠纪地层为主。
东南部大面积出露 志留纪 茂县 群的变质 碎屑岩 ，其 岩性 为灰绿色 绢云母 千枚岩 ，银灰色砂质千枚岩夹有薄层 石英岩 及薄层状、 透镜 状结晶 大理石 。靠近皮条河条带状分布有 泥盆系 及石炭─二叠系地层。前者为未变质的灰色、深灰色薄层状灰岩，含泥质灰岩夹炭质面岩及 砂岩 ；后者为中厚层状灰岩夹千枚岩、炭质千枚岩、结晶灰岩夹砂砾岩。 三江口 一带零星出露 奥陶系 灰色中厚层 长石 石英 砂岩、石英砂岩及砂质 板岩 。
西北部大面积分布三叠系 地层 ，其岩性为 长石 石英砂岩、 板岩 、炭质 千枚岩 、薄层灰岩及细粉砂岩等， 背斜 轴部出露 泥盆纪 地层，其岩性为炭质千枚岩、砂质千枚岩夹 石英岩 、碎屑灰岩等，邓生一带有少量石炭──二叠系地层分布，其岩性以炭质千枚岩、结晶灰岩夹砂岩为主。
第四系的松散堆积主要有河流相堆积物、 泥石流 堆积物及冰 物。河流相堆积物主要分布于皮条河河谷及各支流河谷。花红树沟、龙岩沟、大魏家沟等泥石流沟沟口分布有大量泥石流堆积物。皮条河上游向阳坪一带的古冰川谷、正河上游古冰川谷内分布有古冰 碛 物，而现代冰川谷中发育有现代冰碛物。
另外，卧龙地区东北部大面积分布有 澄江 ── 晋宁 期的 闪长岩 、 花岗闪长岩 。西部 四姑娘山 一带有 燕山 期 花岗石 出露。
地貌特征
地势： 卧龙自然保护区大的地貌单原属于 四川盆地 西缘山地，处于 邛崃市 北部的东南麓，整个地势由 西北 向东南递减，皮条河从保护区的西南向东北将保护区分为两大块，河的西北部山大峰高、河谷深切，大部分山峰的 平均海拔 超过4000米。在西北部边缘沿 巴朗山 至四姑娘山、以及北部与 理县 接壤的山地，海拔高度均在5000米左右，构成了一道天然屏障。超过5000米的山峰近百座，境内最高峰－ 四姑娘山 高达6250米，为 四川 省 第二高峰，皮条河的东南部，地势相对平缓，除个别山峰外，海拔一般不超过4000米，东南部中河及西河流域的大部分地区海拔在2000米以下，东部的木江坪海拔最低仅1150米。
河谷形态： 受地势的影响，保护区内的河流大体由 西北 向东南流，河谷形态多样，主要河流：皮条河、耿达河的河谷沿挤压性 断裂带 发育，两岸 基岩 松散，易被侵蚀，河谷不断加宽，形成阔谷，并常发育有五段阶地。其部分支流如英雄沟、 银厂沟 等由于河流沿张性断裂垂直下切，两岸基岩陡峭、形成峡谷，在海拔3000米以上的上游 谷地 ，沿 冰川 谷发育，上部形成"U"形谷，而下部受河流溶蚀切割，形成"V"形谷，组合成"︸"形得合谷。区内各主要河谷以上的山坡和山腰上，分布有四级剥蚀 夷平面 ，其 海拔高度 分别为2000－2200米、2400－2500米、2800－2850米、3000－3100米，这些削蚀面虽面积不大，但地势平缓，有较厚的风化残坡积层，表层发育有黄棕色粉砂质厚土层，竹林生长茂密，形成多数大熊猫活动的核心区域。
山地形态： 保护区内在海拔4000米以下的山地，属流水作用的中低山，由于受 岩性 的影响，山地形态多变，由结晶 大理石 组成的，多形成峰林状山地；由砂 质子 板岩 组成的，则形成典型的梳状山地；以脊呈锯齿状，远看似龙背，卧龙即因此得名。海拔4000－5000米的山地为寒冻 风化作用 的高山，岩基裸露，多悬崖峭壁，其下部形成碎屑坡或倒石堆，并有古冰川遗迹分布，古冰斗亦分为四级，按海拔分别为4000－4200米、4350－4450米、4500－4540米、4620－4660米。部分地区 冰川 退却后， 冰斗 积水成湖，形成海子。 海拔高度 超过5000米的山地为终年被冰雪覆盖、现代冰川作用强烈的极高山，主峰 四姑娘山 及 大姑娘山 、 二姑娘山 、 三姑娘山 均为 金字塔 形 角峰 ，巍然屹立于保护区的 西北 边缘。
河流水系
邓生沟卧龙自然保护区的水系呈相对独立状态，各主要河流及其支流均发源于保护区内，呈树叉状分支，并自西向东流出保护区，河流量及水质完全取决于区内的自然条件和人为活动影响。皮条河发源于 巴朗山 东麓，自西南向东北从保护区的中心地带穿过，全第约60千米，近河位于保护区的北训，发源于四姑娘山东坡，全长约45千米，至磨子沟口与皮条河汇合，称耿达河（又叫渔子溪）。经耿达于映秀注入 岷江 ，全长约34千米，区内长22千米。中河位于保护区东南部，发源于齐头岩和牛头山，全长约30千米。西河位于保护区南部，发源于马鞍山，全长约37千米，至三江口与中河汇合后，称郡江（又叫寿溪河），于漩口注入岷江。该区内河水主要靠降水、森林蓄水和冰雪融水补给。四季长流，终年不断。
气候类型
卧龙自然保护区属 青藏高原 气候区的东缘，由于本身的地理位置和地形的影响，形成了典型的 亚热带 内陆山地气候，西风 急流 南支和 东南季风 控制了区内的主要天气过程，冬半年（11月至翌年4月）在干冷的西风急流南支影响下，天气多晴朗干燥，在冷气流的进退过程中，也常形成降雪或雨，夏半年湿润的东南季风顺河而上，遇到高山冷 气流 而形成丰富的迎坡 降水 ，因而温暖湿润。随着海拔的增高，从山谷到山顶形成了亚热带（2000米以下） 温带 （2000－2600米） 寒温带 （2600－3600米） 寒带 （3600－4400米）高寒带（4400－5000米）极高山寒冻冰雪带（5000米以上）等不同的气候垂直带谱。"一山有四季，十里不同天"这句话充分反映了卧龙的气候特征：保护区管理局沙湾气象站（海拔1920米）的观测资料显示出，该地区的年均 相对湿度 为80.3%，冬半年（11月至翌年4月）为75.5%，夏半年（5至10月）为84.8%，无霜期180－200天，年均气温8.5±0.5℃，7月平均温17.1±0.8℃，1月平均温-0.9±2℃，年日照数950±100小时，年降水量890±100mm。
土壤类型
卧龙自然保护区的土壤发育条件多变，受气候与 植被 的垂直变化影响，从河谷到山顶，形成了从 亚热带 到冰缘环境的各种土壤类型。
1、山地黄壤： 发育在亚热带常绿阔叶林下，分布海拔1150－1600米，成土母质为 砂岩 、石英砂岩，有机质含量15－20%，PH为5.8－6.5， 阳离子 交换以Ca、Mg为主，交换量为40－50毫克当量/100克土，土壤表层枯枝落叶厚3－6厘米。
2、 山地黄棕壤：发育在常绿落叶阔叶混交林下，分布海拔1600－2000米，成土母质为沙岩、 千枚岩 、石英沙岩，有机质含量10%，PH为5.8－6.5，阳离子交换以Ca、Mg为主，交换量为20－50毫克当量/100克土，土壤表层枯枝落叶厚10厘米。
3、山地棕壤： 发育在次生阔叶林及针阔混交林下，分布海拔1900－2300米，成土母质为砂 板岩 、千枚岩、 石英砂 ，有机质含量2－8%，PH为6－6.5， 阳离子 交换以Ca、Mg、Na为主，交换量为20－40毫克当量/100克土，枯枝落叶层厚10－15厘米。
4、山地 暗棕壤 ： 发育在针阔叶林及针阔混交林下，分布海拔2100－2600米，成土母质为 千枚岩 、 砂岩 、 板岩 ， 土壤有机质 含量5－15%，PH为 5.2－5.7，阳离子交换以Ca、Mg、Na、Pb为主，交换量为15－20毫克当量/100克土，表面枯枝落叶层厚达20厘米。
5、山地棕色暗针叶林土： 发育在针叶林下，分布海拔2600－3600米，成土母质为砂岩、 板岩 、千枚岩，有机质含量为8－24%，PH为4－6.0， 阳离子 交换以Ca、Mg、Na、Pb为主，交换量为10－40毫克当量/100克土，表面枯枝落叶层厚达25厘米左右。
6、五 高山草甸土：发育在耐寒灌丛及高山草甸 植被 带下 ，分布海拔3600－3900米，成土母质为 砂岩 、 千枚岩 、石英砂岩，有机质含量18%左右，PH为5.7-6.1，阳离子交换以Ca、Mg、Na为主，交换量为32毫克当量/100克土，土壤中石砾含量70%左右。
7、 高山草甸土：发育在高山草甸植被带下，分布海拔3900－4400米，成土母质为砂岩、千枚岩、石英砂岩，土壤有机质含量19%左右，PH为5.8－6.3， 阳离子 交换以Ca、Mg、Na为主，交换量为10－39毫克当量/100克土，土壤中石砾含量达70%以上。
8、 高山寒漠土：发育在高山流石滩稀疏 植被 带下 ，分布海拔4400－5000米，成土母质为 砂岩 、 千枚岩 、 石英 砂岩， 土壤有机质 含量1－3%，PH为6.8－7.0，阳离子交换以K、Ca为主，土壤中石砾含量达80%以上。
自然资源
植物资源
卧龙自然保护区森林覆盖面积达11.8万公顷，约占保护区总面积的56.7%，灌丛 草甸 覆盖面积约3.04万公顷，复杂多变的自然条件造成了植物种类与群落的多样性。
自然植被： 卧龙自然保护区的植物 区系 起源古老，具有较多的特有种属和子遗植物。根据植物种类组成和植被的外貌特征，卧龙的植被可化分为以下6种类型：
（1） 常绿阔叶林：分布在海拔1600米以下地段，建群种主要有 樟科 、 壳斗科 、 山茶科 和 冬青科 植物。林内有少量 桦木科 、 槭树科 和 胡桃属 科等的落叶阔叶树种，林下有大面积的 白夹竹 （Phyllostachys nidularia） 油竹子 （Fargesia angustissima）和 拐棍竹 （Fargesia rebusta），植被外貌四季常绿，季节变化不明显。
（2）常绿落叶阔叶混交林： 分布在海拔1600－2000米地段，建群种中，常绿的有山毛榉科、樟科等树种，落叶的有桦木科、胡桃科、槭树科等树种，局部地区有 连香树 （Cercidiphyllum japonicum） 珙桐 （Davidia involucrata） 水青树 （Te tracentron sinense） 领春木 （Euptelea pleiospermum）等珍稀的古老 孑遗植物 伴生，林下层以 拐棍竹 为主，植被外貌季节变化明显，春夏深绿与嫩绿相间，入秋则绿、黄、红、褐等诸色渗杂，冬季仅林冠有少量绿色点缀于白色世界中。
（3）针、阔叶混交林： 分布在海拔2000－2600米地段，建群种中，阔叶树种有 红桦 （Betul albo- 中华缺翅虫 ） 槭树 （Acer spp.）藏刺榛（ 榛属 forox） 椴树 （Ti lia 黑枕黄鹂普通亚种 ）等，针叶树种有 铁杉 （ 铁杉属 spp.）表吊杉（Picea brachytyla） 四川红杉 （Larix mastersiana） 松树 （Pinus spp.）等，林下广泛分布着 拐棍竹 ，局部地区有大箭竹（ 玉山竹属 ch ungii） 冷箭竹 （Bashania fangiana），植被外貌季节变化显著，春夏呈翠绿色，秋末冬初则 绿色野生七彩 斑阑，构成卧龙自然保护区的一大景致。
（4）寒温性针叶林： 分布海拔2600－3600米地段，建群种有表吊杉，多种 冷杉 （ 冷杉属 spp.）方枝柏（Sabina saltuaria） 四川红杉 等，林下有大面积的冷箭竹，约占全区竹类总面积的50%，局部地区还有大箭竹、 华西箭竹 （Fargesia nifida），植被外貌呈暗绿色，季节变化不明显。
（8）耐寒灌丛和 高山草甸：分布海拔3600－4400米，耐寒灌丛以紫丁杜鹃（ 杜鹃花属 violaceum）牛头柳（Salix dissa） 细枝绣线菊 （ 绣线菊属 myrtlloides）华西银露梅（ 委陵菜属 glabra）和 侧柏 （Sabina pingil）为主，高山 草甸 有：以 珠芽拳参 （ 萹蓄属 viviparum）为主的 禾本科杂草 类草甸，以 羊茅 （ 羊茅属 ov ina）为主的禾草草甸，以矮生 蒿草 （Kobresia humilis）为主的莎草草甸，夏季百花齐放，景色宜人。
（6）高山流石滩稀疏植被带： 分布在海拔4400－5000米地段，主要由多毛、肉质的矮小 草本植物 组成，如多种 凤毛菊 （ 风毛菊属 spp.）多种赀[zī]耳草（Saxifrag a spp.）多种 狮子七 （Rhodiola spp.）蚤缀（Arenaria spp.） 点地梅 （Andresace spp.），另外还有少量的 地衣 和 苔藓植物 。
动物资源
保护区内有各种 兽类 50多种，鸟类300多种，此外还有大量的 爬行纲 ， 两栖动物 和昆虫。区内分布的大熊猫约占总数的十分之一，被誉为“大熊猫的故乡”，区内有野生大熊猫数量149只，约占全国数量的10%。 除了大熊猫外，还有金钱豹、 金丝猴属 、 羚牛 、 白唇鹿 、 小熊猫属 、 雪豹 、 水鹿 、 猕猴 、 短尾猴 、 红腹角雉 、 白马鸡 、 石貂 、 大灵猫 、 小灵猫 、 猞猁 、 林麝 、 毛冠鹿 、 金雕 、 藏雪鸡 、 血雉 等几十种珍稀野生动物。鸟类种类繁多，占 中国 特种鸟类的50%。是世界上古老生物种保存最多最完好的地区之一。这些动物主要生活在2200～3600米之间的气候温凉的针阔叶混交林及箭竹林地带。
动物群落： 卧龙自然保护区的动物 区系 组成，随海友的增高， 东洋界 成分逐渐减少，而古北界成分逐渐增多，根据区内的各种自然因素及动物的区系和种类组成，动物的地理分布可划分为以下5种类群：
（1） 亚热带 南方嘉湿动物群：分布于海拔1150－2000米的常绿阔叶林及常绿落叶阔叶混交林带，区系组成主要是东洋界的种类，有少量的古北界种类和广布种。生态地理动物群落是由季负区亚热带阔叶林和林灌动物群组成。半树栖生活的有南亚热带的 云豹 ，暖温带的 猕猴 ， 中亚 热带的 藏酋猴 ，亚 热带 的 红腹锦鸡 ，广泛分布的鸢，以及古北界的 雀鹰 、 松雀鹰 、 红脚隼 、 领鸺鹠 、斑头 等 猛禽 类，林灌型动物有季风区的豹、 黄喉貂 ， 北亚 热带的 金猫 ，中亚热带的 大灵猫 、 小灵猫 ，南亚热带的豺和 水鹿 。山溪水栖的有以鱼类为食的 水獭亚科 ，游 鸟纲 的鸳鸯和珍贵稀有的凶猛鱼类－川陕 哲罗鱼 。
（2）适温性南北动物群： 分布于海拔2000－2600米的针阔混交林带。动物的 区系 组成与上带比较， 东洋界 种类开始减少，而季风区古北界种类有所增加，生态地理动物群落是由适温性针阔混交林灌动物群组成，树栖种类有西南特有的古老动物 金丝猴属 ，猛禽类除 金雕 和鸢等广布种外，主要是古北界种类，如 雀鹰 、 松雀鹰 、 普通鵟 、 棕尾鵟 、 秃鹫 、 乌雕 、 红脚隼 、 雕鸮 、 灰林鸮 等，半树栖的有南亚 热带 的 云豹 ，中温带的 熊瞎子 和 北亚 热带的 金猫 等 食肉目 ，东洋界的 红腹角雉 ，古北界的 勺鸡 、 血雉 等。林灌生活的主要是喜马拉雅横断山脉型的大熊猫、 小熊猫属 、 林麝 等，还有南亚热带的 水鹿 ，季风区的 黄喉貂 等，林缘峭壁活动的主要是北 亚热带 的 鬣羚 。
（3）寒温性北方动物群： 分布于海拔2600－3600米的针叶林带。 区系 组成中， 兽类 的 东洋界 成分与古北界成分混杂掺半，而鸟类则主要是古北界种类，树栖种类主要是古北界种类，如 斑尾榛鸡 、血雉、雕 、 灰林鸮 、 松雀鹰 、 棕尾鵟 、 普通鵟 、 乌雕 等，另外还有少量的东洋界种类，如 金丝猴属 、 红隼 等和广布种 金雕 等。林灌生活的主要是大熊猫和小熊猫，林缘有高地型的 马熊 、 马麝 ，林缘峭壁、峰林和岩石间活动的有 羚、 斑羚 、 岩羊 等。
（4）耐寒性高地动物群： 分布于海拔3600－4400米的高山灌丛草甸带。 区系 组成主要是古北界的种类，除少量 西南地区 和北方种类外，主要是 青藏高原 的高地型动物，西南山地的种类有 羚牛 、 绿尾虹雉 、 藏马鸡 等， 青藏高原 高地型的种类有 白唇鹿 、 白臀鹿 、 雪豹 、马麝、岩羊、 红喉雉鹑 等，北方型的有 石貂 ， 中亚 型的有兔猕等，另外还有古北界的普通鵟、 兀鹫 、 胡兀鹫 等大型 猛禽 。
（5）耐高寒的 青藏高原动物群：分布于海拔4400米以上的流石滩稀疏 植被 带。如雪豹、白唇鹿、白臀鹿、 岩羊 、 雪鹑 、 藏雪鸡 等。它们全属 青藏高原 向东延伸的种类。
重要物种
兽类
有86种，录属7目24科，其中 啮齿目 7科26种， 食肉目 7科23种， 食虫目 3科14种， 偶蹄目 3科12种， 翼手目 2科6种， 兔形目 1科2种， 灵长目 1科3种。
区系 组成复杂，它既有北方的种类（如全北界特有的 鼠兔科 、 跳鼠科 及主要分布于全北界的 鼹鼠科 ），也具有南方的种类（如旧大陆 热带 亚热带 特有的 竹鼠科 及主要分布于这一地区的 猴科 、 灵猫科 和 豪猪科 ），更具有 横断山脉 喜马拉雅山脉 特的有或主要分布于这一地区的 兽类 ，如大熊猫、 小熊猫属 、 四川 水麝 、蹼鼩等。
从 兽类 的区系从属关系来看，可以分为以下几个类型：
（1）古北种：主要或完全分布于古北界的种类，共26种，占保护区已知兽类种数的30.21%，如狼、狐、 藏鼠兔 和 岩羊 等。
（2）东洋种：主要或完全分布于东洋界的种类，共54种，占62.79%，台马铁菊头蝠、 短尾猴 、 猕猴 、 金猫 、 云豹 、大熊猫、小熊猫、 四川短尾鼩 和 毛冠鹿 等。
（3）广布种：广泛分布于古北界、 东洋界 的3种，即 香鼬 、野猪和 小 家鼠 ，占保护区的3.5%。
（4） 区系 从属关系不明者3种，占3.5%。
由于该区地势相对 平均海拔 变化大， 兽类 垂直分布差异明显。其趋势是随着海拔高度的增加，各垂直带的兽类种数递减，古北种逐渐增加，东洋种、广布种逐渐减少。除高山灌丛 草甸 带外，各带中占优势的是东洋种，占种数的75%以上，而古北种均在21%以上。
兽类中不少种类是我国特产或主产的珍稀动物，其中属于国家一类保护动物的有熊猫、 金丝猴属 、 牛羚 和 白唇鹿 等四种，其数量除白唇鹿外均较大；属于国家二类保护动物的有 猕猴 、 短尾猴 、 小熊猫属 、 兔狲 、 金猫 、 猁、 云豹 、豹、 雪豹 、 林麝 、 马麝 、 毛冠鹿 、 水鹿 、 白臀鹿 等14种；属于国家三类保护动物的有 石貂 、 大灵猫 、 小灵猫 、 斑羚 、 鬣羚 、 岩羊 等六种。
除国家规定的保护动物外， 毛皮兽 和 制革 用的动物种类共22种，如 黄鼬 、 赤狐 、 黄喉貂 、貉、 白面狸 、 豹猫 、小鹿、豺和 猪獾 等。药用动物的种类也较多，其中许多属于国家保护动物，如林麝、马麝、水鹿和 白唇鹿 等；此外如猴、豹、鬣羚和 斑羚属 等的角或骨均可入药。
鸟类
该区共有鸟类232种和另3 亚种 ，隶属13目38科，其中繁殖鸟212种，非繁殖鸟20种。在繁殖鸟中，其 区系 从属关系可分为三个类型：
（1）古北种：有113种，占繁殖鸟种数的53.3%；
（2）东洋种：有85种，占40.1%；
（3）广布种：有14种，占6.6%。
该区鸟类在区系组成上，古北界与 东洋界 的种类互相渗透，混杂十分明显。例如有属于古北界华北区的 雨燕科 ，有属于典型的 青藏高原 种类的 雪鹑 、 藏雪鸡 、 红喉雉鹑 、岩 、 林岭雀 、 高山岭雀 和多种 朱雀 等；有属于北方型的 欧亚旋木雀 、牛采 伯劳 等；有属于东洋界而为西南区特有的种类如 血雉 、 绿尾虹雉 、 斑尾榛鸡 等；也有在东洋界特别繁盛而分布在该区的 画眉 类、 山椒鸟属 和 花蜜鸟科 等；还有主要分布于华中区的 红腹锦鸡 。
各垂直带的鸟类其 种群 替代现象明显，从亚热带常绿阔叶林带到高山灌丛 草甸 带，古北种的种数及其占繁殖鸟类种数的百分率逐渐增加，各带东洋种的种数及其占该带繁殖鸟类种数的百分率随海拔的增高而降低；广布种的种数及其所占百分率也是随海拔的增高而明显地降低。
在保护区内珍稀鸟类也不少，属于国家二类保护动物的有 红腹角雉 、 绿尾虹雉 、 藏马鸡 等三种；属于国家三类保护动物的有 金雕 、 蓝马鸡 、 血雉 三种。区内有我国特产的鸟类29种，占全国特产鸟类的50%，如 斑尾榛鸡 、 红喉雉鹑 、绿尾虹雉、 橙翅噪鹛 、 酒红朱雀 等。羽用鸟类有20种，主要是雉类、 鹰雕 类，尤其是 雉科 鸟类达11种之多，数量也较大，它是重要的狩猎鸟类。在保护区内，仅食虫鸟类就达69余种，另外还有 苍鹰 、鸮类等。
该区 爬行类 共有14种，隶属于2目5科，其中蜥蜴类三种即 蝘蜒 、 康定滑蜥 和 白条草蜥 ；蛇类11种即 美姑脊蛇 、 横斑锦蛇 、 紫灰蛇 、颈槽 游蛇 、 大眼斜鳞蛇 、 翠青蛇 、 福建颈斑蛇 、 乌梢蛇 、 中华珊瑚蛇 、菜花 烙铁头 、山烙铁头等。其中美姑脊蛇、横斑锦蛇仅见于 四川省 ，可能是 四川盆地 西缘山地的 特有种 。区内爬行类均属 东洋界 成分。
大部分蛇类均分布于海拔2500米以下的地区，菜花烙铁头是有毒蛇，在保护区内为优势种。 蜒、斜鳞蛇、颈槽游蛇等为常见种。
该区 两栖纲 共有10种，隶属于2目4种，其中 有尾目 一种即 西藏山溪鲵 ； 无尾目 九种，即 沙坪角蟾 、多顶齿突蟾、 宝兴齿蟾 、华西 蟾蜍 、 沼水蛙 、 日本林蛙 、 花臭蛙 、 理县湍蛙 、四川湍蛙等。
就上所述两栖类的 区系 成分来看，均为东洋界成分，其中 沙坪隐耳蟾 、 金顶齿突蟾 和理县湍蛙是 四川省 特有种 。沙坪角蟾在二十一世纪初仅分布于 四川盆地 西缘山区， 金顶 齿突蟾早在三十年前首次在 峨眉山 金顶发现，这里是它的第二个分布区。 北方山溪鲵 、华西蟾蜍、四川湍蛙主要分布于西南区；宝兴齿蟾在2012年时仅分布于四川、 甘肃省 ；其余种类主要分布于华在区、华南区。
鱼类
有6种，即 齐口裂腹鱼 、 重口裂腹鱼 、 细尾 条鳅 、 石斑鱼 鮡及两种未定名的条鳅，隶属于2目3科。
六种鱼都是定居型鱼类，就其区系从属关系看，两种 裂腹鱼 和三种 条鳅 属于 中亚 高原山区 区系 复合体，是高寒冷水性鱼类，属古北界成分； 石斑 鮡属于中印山区区系复合体，是适应 急流 水域的典型代表，属 东洋界 成分。所以保护区的鱼类应属古北界，但有个别东洋界的种类渗入。
保护对象
植物
物种多样性：卧龙自然保护区曾与 四川省 南充师范学院生物系合作考察、收集 植物标本 达5000多号、20000多份，记录在案的高等植物有217科、814属、1989种，其中， 苔藓植物 174种，约占四川种数的8.29%，蕨类植物191种，约占全国种类数的8.3%，四川种数的20.0%，被子植物1604种，约占全国种数约6.6%，四川种数的18.98%。
珍稀濒危植物：卧龙自然保护区内有国家重点保护的珍稀濒危植物245种，其中属国家一级保护有珙[gǒng]桐（Davidia involucrata Baillon） 水杉 （Metasequ oia glyptostroboides Cheng），二级保护的有 伯乐树 （Bretschneidera sinensis）连香树（Cercidiphyllum japonicum） 光叶珙桐 （Davidiainvolucrata var. vilmoriniana）香果树（Emmenopterys henryi） 杜仲 （Eucommia ulmoides）银杏（Ginkgo biloba） 胡桃 （ 胡桃属 sp.）四川红杉（Larix mas tersiana） 水青树 （Tetracentron sinense），三级保护的有：黄蓍[shī]（Astrgal us menbranaceus） 黄连 （Coptis chinensis）金线槭（Dipteronia sinensis） 八角莲 （Dysosm a versipellis） 领春木 （Euptelea pleiospermum） 天麻 （Gastrodia elata） 厚朴 （Magnolia officinalis）扇蕨（Meocheiropteris palmatopedata）黄薜（Phelloclendron amurense）垂枝云杉（Picea brachytyla） 筇竹 （Qiongzhuea tumidinoda） 大叶柳 （Salix magnifica） 延龄草 （ 延龄草属 tschonoskii）。
（3）资源植物 ： 卧龙自然保护区森林茂密，木材蓄积量近两千万立方米，有药用植物870种，是 四川省 药材的重要产区， 天麻 、 川贝母 、水母雪莲、黄芪等名贵药材产量丰富。有油脂类植物80种，淀粉及糖类植物42种，纤维类植物60种， 单宁 类植物42种，芳香类植物28种，此外，卧龙还出产大量的可食菌类、 蕨苔 ，构成山珍野味的一部分。
动物
物种多样性 ：卧龙自然保护区曾与 西华师范大学 生物系珍稀动植物研究所合作考察，记录在案的动物有2200种左右，其中昆虫约1700多种， 脊椎动物 437种。有 兽类 7目23科109种或 亚种 ，占 四川省 种数的50%；鸟类13目43科281种3亚种，占四川种数的52%； 爬行纲 1目5科21种； 两栖动物 有2目5科18种；鱼类有3目5科11种。
珍稀濒危动物 ： 卧龙自然保护区由于特殊的自然环境与地理位置，保存了不少古老子遗动物，是我国大熊猫的主要分布区，大熊猫的数量约占全国总数的10%，列为国家重点保护的珍稀濒危的高等动物有57种，其中一级保护的有大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）、金钱豹、 金丝猴属 （Rhinopithecus roxellanae）等13种。二级保护的有 猕猴 、 藏酋猴 等44种。
发展规划
卧龙自然保护区始建于1963年，面积2万公顷，是 中国 最早建立的综合性国家级保护区之一。1974年3月面积扩大到20 万公顷。1980年加入联合国教科文组织“人与生物圈”保护区网，并与世界野生生物基金会合作建立中国保护大熊猫研究中 心。1983年7月，省政府，原林业部联合作出了将 四川省 汶川县卧龙特别行政区改为四川省汶川卧龙特别行政区的决定，与卧龙自然保护区管理局 合署办公 的综合管理体制。
国家和四川省命名卧龙自然保护区为“科普教育基地”“ 爱国主义教育基地 ”。
多年来，卧龙自然保护区着眼于建设一流的国家自然保护区目标，坚持保护和合理利用的方针，特别是大熊猫的研究取得了突破性进展，1990年至2001年已成功地人工繁殖大熊猫34胎，51仔、成活42仔，现已同 山东鲁能 信谊旅游集团签订开发协议，力争实现2005年前建成大熊猫 生态旅游 胜利的目标。在2012年当时，区内经济得到有效发展，人民生活水平显著提高。基础设施建设发生根本性改善，保护区的建设和发展向符合中国国情的良性循环方向发展。
设计理念
卧龙自然保护区的“中华大熊猫园”的规划设计，把生态资源、研究实践、拓展建设、长远发展结合起来，把就地取材、因势利导、顺应自然与生态建设结合起来。通过大熊猫野化驯养区、大熊猫产仔区、大熊猫野外放归过渡区、大熊猫野外放归试验区等互动一体的功能区的规划设计，成功的完成了“保护是前提，研究为中心，放归是目的”的指导思想。为提供更多更优化更合乎自然的物种研究大熊猫创造了更优秀的条件，使卧龙名符其实成为世界上最生态、最优秀、最先进、最前卫的保护、研究大熊猫的中心，进一步得到党和国家的领导人、世界野生生物基金会领导及有关专家、学者的瞩目和关心。
创造原生环境中的大熊猫生态景区，与一般意义上的 野生动物园 和 主题公园 有显著差别，它并不是简单地将不同生长环境中的动物集中到一处野生动物园或主题公园进行喂养；卧龙是大熊猫的原生地，将大熊猫放归野外，实行半野生放养的这一科学试验，为进一步将人工繁殖的大熊猫完全放归自然提供了探索性思路，真正实现自然生态原则。我们力图通过对此项目的规划设计，来凸现卧龙大熊猫资源的地域特征及生态景观的唯一性，打造出中国生态景区的一个世界级品牌"熊猫之乡"。